面临的第二个挑战是国际公约的限制。由联合国环境规划总署、世界粮农组织等一些国际组织联合发起，如PIC公约（对某些危险化学品及农药在国际贸易中采用事先知情同意程序）、POPs公约（限制某些持久性有机污染物的具有法律约束力的国际文书）。目前列入PIC公约清单的农药品种有22种，列入POPS公约清单的农药品种暂定有9种。列入欧盟高毒、高残留禁用名单的农药品种多达450多种，其中涉及我国正在生产、使用和出口的品种有氧化乐果、丁草胺、稻瘟灵等60多个品种。这些国际公约的生效对我国农药工业将产生重大影响。此外，我国建设社会主义和谐社会、建设资源节约型和环境友好型企业的提出，以及国际社会的“责任关怀”理念不断得到国际国内企业的认可等，这些都对我国农药工业提出了新的要求和挑战。
忧2、产品结构不合理
我国农药产品的结构与前些年的“三个70％”相比，已经有了较大改善，但是产品结构不合理的状况还是比较严重。一是品种数量少。世界上已经注册的农药化合物有2800多种，其中商业化应用的有1300多种，常用的有500多种，而我国能够生产的不足300个品种，且产量较大的主要集中在十几个品种，大多还是老品种。二是杀虫剂、杀菌剂、除草剂的比例不尽合理。全球农药消费中，杀虫剂、杀菌剂、除草剂的比例是25％、24％、47％；而我国的消费比例是45.5％、26％、24％；我国的生产总量的比例是45％、13％、41％。由此可见我国农药的生产总量和消费总量中的比例是有差异的，从消费比例来看与世界水平也有差距，差别较大的是除草剂。三是部分高毒品种还在大吨位生产。除马上要禁用的5个农药品种之外，我国继续大吨位生产并使用的高毒品种农药还有：氧化乐果、水胺硫磷、甲拌磷、特丁硫磷、甲基异硫磷、甲基硫环磷、乙基硫环磷、克百威、灭多威、涕灭威、溴甲烷、磷化铝等，这些品种在水果、蔬菜等经济作物上已经开始限用或禁用，下步将逐步列入淘汰名单。四是农药制剂品种少，剂型不合理。总体上说发达国家农药制剂品种多达几千种，我国只能生产800多种。具体到一个原药品种，发达国家可制成30多种剂型，而我国只能做出5～6种。在剂型上，国外以无溶剂、水基、固体化为主，而我国仍以乳油、粉剂、可湿性粉剂和颗粒剂为主，其中乳油约占50％，大量的甲苯、二甲苯、纯苯以溶剂施于田间，不仅造成资源浪费，而且造成环境危害。
忧3、企业规模偏小
世界农药工业主要以美、日、德、英、法等发达国家为代表，其生产企业也多以这些国家的先正达、陶氏益民、孟山都、拜耳、氰胺公司等为代表。世界排位前八大公司的销售收入约占全球农药销售总额的80％，美国一个国家在全球的农药销售额约占全球销售总额的30％。我国2005年农药工业总的销售额约625亿元（合78亿美元，），与先正达（2005年73亿美元）、拜耳（2005年70亿美元）单个跨国企业相当。我国的销售总额若平均到2200家农药生产企业中去，平均只有2800万元人民币，我国只有中国化工农化总公司的年销售额超过50亿元，其余农药生产企业最大的销售额只有约20亿元。可见，我国农药生产企业规模小、布局分散的矛盾十分突出，难以参与国际竞争。
忧4、技术创新能力不足
农药工业由于技术含量很高、品种更新换代日益频繁，其新性很强。又加上农药产品知识产权保护日益严格，农药工业要实现持续快速发展，具有强的国际竞争力，必须具有很强的自主创新能力。通过国家科技攻关和创新计划，通过两个国家级工程中心的建设，我国农药工业自主创新的能力已大大提升，但与发达国家相比，与我国农业对农药的需求以及农药工业自身发展和参与竞争的要求相比，差距还是很大。一是科技投入严重不足。农药品种的创新是一项投入大、周期长的工作，目前创制一个农药新品种约需投入1亿美元以上，要合成筛选约2万个新化合物，需要8～10年时间。陶氏益民、先正达、孟山都、杜邦、拜耳等一些国际性农药公司，每年的技术创新投入都在5亿美元以上，占销售收入的比例高达10％以上。一个公司一年用于创新的投入比我国国家整个农药行业5年期总的科技投入还多，我国很多农药企业每年用于创新的投入占销售收入的比例很难达到2％。二是技术创新人才严重不足，特别是严重缺乏农药创新的学科带头人。虽然行业内有一批科技工作者为农药工业的发展作出了重要贡献，但大多数人员只具有模仿创新能力，自主原始创新的经验不足。另外农药创新工作涉及跨学科、跨领域的知识，不仅要求有化学合成和化学工程的知识和经验，还要有毒理学、药理学、遗传学等方面的知识，所以从事农药创新的综合型人才很少。三是研究开发与产业化脱节也制约了农药的创新工作，从事农药创新的人员大都工作在研究院所或大学实验室，农药生产企业从事创新工作的人员很少，这都造成创新成果不能及时转化。