机关党组织对党员领导干部监督存在的这些问题，原因是多方面的，主要有以下几个方面：
1、一些党员领导干部思想政治素质不高。在改革开放和经济建设的新形势下，一些部门和单位不能处理好政治和经济的关系，治党不严，放松了对领导干部的党性教育。一些党员领导干部也忽视了自己的党性锻炼。特别是近年来，不少党员领导干部沉湎于日常事务，放松政治理论的学习，所以在实际工作中往往记得自己是位领导，而忘记自己首先是一名共产党员、党的干部，是党组织委托来担负领导工作的，因而不能按照《党章》要求“自觉接受监督”，而是自然而然地游离于党组织之外，只要权力，不要监督。
2、忽视“硬约束”。现行机关党内监督偏重思想道德的“软约束”，而忽视强化权力制约的“硬约束”。一旦出现党内滥用权力等腐败现象，往往归咎于部分党员干部的思想觉悟问题，这些认识是不全面的。加强党内监督，应该坚持软约束与硬约束并举，形成约束网络。所谓“硬约束”，主要是指通过制度、法规等来制约权力。它与软约束相比，更具客观性、直接性、强制性的特点。然而。由于受“软约束”的思想支配，在实施党内监督的过程中，重视党员领导干部自觉性的提高，轻视靠制度去规范和约束党员领导干部言行的倾向比较明显。虽然在党内监督方面也制订了一些规章制度，但由于没有抓住强化权力制约这个关键，所制定出的制度弹性大，制约作用差，不能不说这是造成党内监督制度不健全、针对性不强、缺乏约束力的重要原因。
3、轻视“监督权”。监督的实质是制约权力，对权力的监督也必须依靠权力作后盾。以权力制约权力是监督工作的普遍法则。实现权力制衡，必须相应赋予监督者以必要的监督权。监督权并不等于同于领导权，赋予监督权并不意味着争地位争权力。对权力制约的目的，在于推动和保障多项权力的正常有序进行。从目前机关党内监督的体制看，监督权刚性不够，未能形成对权力制约的运行机制。没有权力的监督必然是无效的监督。尽管部门党组或行政领导班子与机关党组织在理论上是指导关系，但在实际上却成为事实上的领导关系。许多同志反映，无权的监督有权的，权小的监督权大的，就好比小孩子监督大人一样，大人自觉性强一些，有些事还能做，否则，监督只是皮毛。
4、监督环境不优。我国是一个封建社会历史悠久的国家，传统文化中官本位、权本位的特权思想、等级观念根深蒂固，潜移默化地影响监督工作，有的以领导自居，自视高人一等，认为不受监督是天经地义，有的习惯于服从“人治”，放弃监督权利；在从计划经济向市场经济转轨的过程中，少数领导干部消极地接受了市场经济开放性、自主性原则的负面效应，错误地认为“开放”就是“放开”，“自主”就是“自由”，可以不要纪律，拒绝来自各方面的监督。当前，社会上好人主义盛行，部门保护主义、小团体主义仍然存在，关系网，说情风也未根本好转。在问题的查处上，常常出现人情与原则的碰撞，权力与党纪的抗衡，以及本位主义和部门保护主义的干扰。如此这些，给机关党内监督带来了极大的困难。
三、发挥机关党组织对领导干部监督作用的若干对策
(一)强化监督意识，把机关党组织对领导干部监督工作落到实处。
加强机关党组织对领导干部的监督，首先是要解决思想认识问题，进一步增强监督意识。加强机关党内监督特别是加强对领导干部的监督，是机关党组织的重要职能。在党内，党组织的监督是最高最严的监督，机关党组织是党内监督的一支重要力量，必须担负起对本机关全体党员特别是党员领导干部实行严格监督的职责。要教育党员特别是党员领导干部对党内监督重要性的认识。通过教育，使党员领导干部明确：党内监督是双向性的，党员和党组织既是监督的主体，又是监督的对象，既有监督他人的权力，又有接受党组织和他人监督的义务，共同担负着维护纪律权威的责任和行使正当民主权力的义务，党员不接受监督是违反党纪的行为，党员不监督他人，则是党性不强的表现，而党组织不对党员进行监督，就是失职。这个道理必须在党内经常讲、反复讲，使所有的党员都能印在脑子里，主动把自己摆在被监督的位置上，置于党组织和党员群众监督之中，理解、欢迎、支持来自各方面的监督。