-形态结构上，线粒体和叶绿体多类似于细胞和蓝藻 -线粒体、叶绿体和细菌、蓝藻大小相似。
-线粒体、叶绿体的核糖体（70S）比真核细胞质中的（80S）小而原核生物的高度相似。
-线粒体内膜与细菌质膜一样均是内褶的。线粒体嵴上的基粒类似于某些需氧细胞质膜上的颗粒。类绿体的类囊体与蓝藻都含有捕光色素。
-线粒体、叶绿体和原核细胞中的DNA均不与蛋白质相结合，而是附着在膜的内侧 -线粒体和叶绿体DNA环状，真核细胞的呈线形。 -生理功能上，线粒体和叶绿体具有半自主性
-线粒体和叶绿体的分裂方式与原核生物的繁殖方式一样，并且与其所在的细胞不同步。 -线粒体和叶绿体都含有DNA和核糖体，能独立合成某些组分。 -线粒体和叶绿体的核糖体对某些抗菌素和原核生物有相似的反应。
-真核细胞中，同时存在线粒体和叶绿体和细胞质三能不同的转移核糖核酸。 -现今的生物中，有些真核细胞存在有内共生现象。
-有的蓝细菌是变形虫、硅藻、鞭毛原生生物和无叶绿体的绿藻的内共生体，使宿主获得光合能力。 -在白蚁的消化道中有一种鞭毛虫，其运动靠身体表面上的一种螺旋体来推动，这被用来作为鞭毛是共生起源的例证之一。
-16S rRNA序列比较分析，红藻叶绿体从蓝藻演变而来的。23S rRNA，4.5S rRNA，5S rRNA序列及其同源性分析都说明叶绿体与蓝藻类或其它真细菌更为接近。对tRNA序列的分析也得到了以上类似的结果。 -同工酶与代谢途径研究的证据也支持内共生学说。 1，只注重形态学方面而忽略细胞生理和生化特征 2，内共生假说不能很好地解释细胞核的起源
真核细胞中核的基因成分比较复杂，至少有三种来源： 真细菌来的成分
古细菌来的成分（如核糖体A蛋白基因） 其它成分（细胞质中的核糖体RNA） 第三章生物发展史
重点内容：
生物进化史
冥古代(Hadean Era)(46-38亿年前)：地球形成最初的永久地壳，大气圈、海水开始形成。目前在地球表面尚未确认此一时期的岩石。
太古代(Archaeozoic Era) （38-25亿年）：形成了薄而活动的原始地壳，出现了水圈和气圈，蕴育和诞生了低级的生命。
元古代（Proterozoic Era）：25亿年前--5.42亿年前。相应的地层称元古宇。一般把分为古元古、中元古和新元古3个代。
显生宙(Phanerozoic Eon)：较高等生物开始大量出现的时代。 此时代代表地球最近5~7亿年以来的历史，分为古生代、中生代和新生代。
化石种类
按保存的特点分：遗体化石、模铸化石、遗物化石和遗迹化石。
遗体化石：保存在岩层中的古生物遗体，如动物的骨骼化石、植物的茎秆等。 模铸化石：生物体在底层或围岩中留下的各种印模和复铸物
遗物化石：古代动物的粪便、卵（蛋）、植物的汁液及人类祖先使用过的石器、骨器和装饰品等。
遗迹化石：古代动物活动时留下的痕迹。如恐龙的足迹。 按化石的大小分：大化石、微体化石、超微化石 大化石：用眼睛或借助放大镜
微体化石：光镜 如有孔虫、放射虫、细胞、孢子及花粉等的化石。
超微化石：<25μm、电镜 主要是指超微浮游生物。其形体极小、数量很多，分布也很广，不论在前寒武纪的古老岩层中还是最近的沉积岩层中均可找到，对研究前寒武纪地层及不含大化石的地层很有价值，也可用于对古环境的探索。
按化石的作用分：标准化石、指相化石、标记物化石
标准化石：种类分布广，生存时限短，仅保存在某一地质年代的化石. 指相化石：说明地层沉积环境的化石. 如贝类化石可指相为水。
标记物化石（化学化石）：指古代生物大分子留下的降解产物。植烷为叶绿素的分解产物，植烷的出现，表明已有光合作用的发生。因此对标记物化石进行分离、鉴定，可确定生物的存在和属性。 植物界系统的演化阶段
(1)藻类植物阶段：从前寒武纪至泥盆纪4. 05 亿年前，地球上的植物以藻类为主。多细胞藻类大约出现于9 ～ 7 亿年前。
(2)苔藓植物阶段：苔纲首次出现在古生代的泥盆纪(4～3.9亿年前),苔藓植物在植物界的系统演化中处于从水生向陆生过渡的阶段。其起源有两种看法:一是认为起源于藻类;另一种观点认为苔藓植物由裸蕨退化而来。
(3)蕨类植物阶段：裸蕨是最先登陆成功的植物(志留纪,4.4 亿年前)。 (4)裸子植物阶段 ：泥盆纪中晚期出现了最早的裸子植物（3.6-3.9 亿年前）。
(5)被子植物阶段：被子植物是植物界中最高等的一个类群，表现了对陆生生活更强的适应能力。被子植物出现于白垩纪（1 亿年前）。 动物界系统的演化阶段
(1)原生动物阶段：原生动物都是由单细胞构成的。
(2) 多细胞非脊索动物阶段：多细胞动物的起源一般倾向于群体学说中的吞噬虫学说。 中生动物是最原始的多细胞动物类群。
(3)脊索动物阶段：包括尾索动物亚门、头索动物亚门及脊椎动物亚门三个类群。半索动物是脊索动物和非脊索动物之间的过渡类群。 生物分界的几种学说
二界说 (1735年,林奈：植物界、动物界) 纲、目、属、科四个等级 植物类24纲，动物类6纲 双命名法
三界说 (1860年, Hogg和Haeckel： 植物界、动物界和原生生物界)
四界说 (1938年, Copeland：植物界、动物界、原生生物界和菌界（细菌和蓝藻）) 五界说
1969年,根据细胞结构和营养类型，惠特克: 植物界 动物界 原生生物界 原核界 真菌界 地质年代的划分
◇ 冥古代（46-38亿年前）
◇ 太古代（38-25亿年前）（38-37亿年前）原始生命出现 ◇ 元古代（25-5.7亿年前）（21亿年前）真核生物出现 ◇ 古生代
◆ 寒武纪（5.7亿年前）三叶虫时代 ◆ 奥陶纪（5亿年前）
◆ 志留纪（4.4亿年前）有颌的盾皮鱼类和棘鱼类出现
◆ 泥盆纪（4.1亿年前）泥盆纪晚期，两栖类登上陆地(总鳍鱼,肺鱼-〉鱼头螈)。 ◆ 石炭纪（3.6亿年前）晚期，原始爬行类动物出现(蜥螈) ◆ 二叠纪（2.9亿年前） ◇ 中生代
◆ 三叠纪（2.5亿年前）
◆ 侏罗纪（2.1亿年前）（2.6-2.1亿年前）哺乳动物(兽孔类?兽齿类) ◆ 白垩纪（1.5亿年前）（1.5亿年前）鸟类出现(始祖鸟)(1.35亿,中华龙鸟) ◇ 新生代
◆ 第三纪（6600万年前） ◎古新世 ◎始新世 ◎渐新世 ◎中新世 ◎上新世
◆ 第四纪（200万年前） ◎更新世 ◎全新世
基本概念：
化石：经过自然界的作用保存于地层中的古生物遗体、遗物和它们生活的遗迹。 从时间上看，必须是从全新世(1万年)之前的地层中挖掘出的才可称之为化石。
三放型腰带：组成髋臼的三块骨骼侧面观呈三射式：髂骨背向延伸，耻骨向前下方或下方延伸，而坐骨向后下方延伸。蜥臀类恐龙具有的腰带结构。
四放型腰带：组成髋臼的三块骨骼侧面观呈四射式：髂骨背向延伸，耻骨前突前伸，耻骨主干向后下方与坐骨主干平行延伸，形成与鸟类腰带相似的结构。鸟臀类恐龙具有的腰带结构。
应用：
生物界系统发展的规律 1，生物进化的进步性
生物在进化过程中，表现出由低级到高级、由简单到复杂的进化趋势。不管是生命起源的化学演化，还是生物进化都是如此。生物进化的结果是，生物体结构越来越复杂，机能越来越完善，对外界的适应能力也越来越强。在进化过程中，旧有物种不断灭绝，新的、进步性的物种不断出现。生物结构越复杂，出现的时间也越晚。 2，生物进化的阶段性
生物的进化是一个连续发展的过程，在这一过程中又表现出明显的阶段性。例如，植物的演化就经过了5个明显的发展阶段。生物进化的阶段性不但表现在演化水平上，而且也表现在时间顺序上。 3，生物进化的多样性
生物在进化过程中，多样性是不断增加的，特别是每次重大灭绝之后生物多样性增加都很迅速。 从总体上看生物的进化无疑是向着适应环境的方向发展的，生物进化的总趋势是由生物的自身因素，还有
环境因素以及二者之间的相互作用决定的。
第五章 生物表型的进化
重点内容：
新构造、新功能的起源及在进化中的地位 1，新构造的起源及其进化中的意义
生物的多功能性是器官系统发育变异的基础，基因的多效性是新构造、新器官形成的基础。基因多效性即一个基因控制若干性状的特征。随着环境的改变，某些原先没有多大适应意义的特征可能对新环境具有较大的适应性，因而会得到保存和加强。 2，新功能的起源及其进化中的意义
生物在进化中，随着环境的改变，一些适应新环境的功能也随之出现。在系统发展过程中功能是最活跃的因素．常常出现的矛盾是新功能与旧结构之间的矛盾．矛盾的结果往往是创造新的结构来满足新的功能。所以，新功能的出现具有重要的进化意义，使生物能够更好地适应环境。
新功能起源的几种基本方式 1．功能的强化
功能强化按结构水平，分为两种，即细胞与组织的功能强化和器官的功能强化。前者分泌细胞-〉腺体，后者眼点-〉眼睛 2. 功能的扩大
功能扩大是指结构功能范围扩大。某一器官原来仅有一种或少数几种功能，在进化过程中，该器官的功能得到扩大，由一种功能发展成具备多种功能。如动物的前肢，运动-〉多功能。功能的扩大，使得生物对组织器官的利用效率进一步提高。 3．功能的更替
功能的更替指动物在进化过程中，由于环境的改变，原先次要的功能逐渐转化为主要的功能，随着功能更替，器官也发生相应的变化。如海豚、海豹四肢，行走-〉游泳。
争斗中的“有产者”原则
在争斗中，资源（食物、空间、配偶等）占有者往往占优势。这种情况可称为“有产者”原则。 即入侵者往往取鸽式，打不过便逃走；而占有者则往往取鹰式，也许是因为本能促使它不肯轻易丧失已取得的东西，必须打到底。
因此，在许多动物中，资源占有权被作为解决争斗的一种“约定”的信号，也就是说，它可以左右争斗的结局
ESS理论：
进化稳定策略（evolutionarily stable strategy，ESS）指种群的大部分成员所采取某种策略，这种策略的好处为其他策略所不及。
性行为进化
1，性行为是繁殖行为的一个组成部分，它是生命的基本现象之一。性行为的进化经历了一个由无性繁殖到有性繁殖的过程。在有性繁殖中，由于配子来自不同的个体，携带着不同的遗传信息，两种配子的结合使不同的遗传物质组合到一起，会大大提高遗传的多样性，为生物进化和适应环境创造了条件，因而被自然选择所保留。
在有性生殖中，同配生殖：大小一致的动配子接合； 异配生殖：大小不一致的动配子接合，雄配子小，
雌配子大.
2，求偶是性行为的前奏。1，利于种间识别，防止异交。2，通过展示，提供异性个体的选择机会。 3，影响性行为进化的因素
性选择是影响性行为进化的主要因素。是一种特殊的自然选择，一般情况下，指由雄性为取得雌性而造成的选择。
利他行为及分类
利他行为是指对其他个体有利而对自身不利，甚至有害的行为。 1，有亲缘关系个体 (1)双亲利他行为 (2)社会性昆虫的利他行为 (3)质粒的利他行为
2，无亲缘关系个体 互惠利他行为
基本概念：
行为：动物体感受信息后的有规律的适应性活动，包括我们直接观察到的一切动物的状态。均与动物取食、繁衍、保护自身有关。
ESS： 进化稳定策略（evolutionarily stable strategy，ESS）指种群的大部分成员所采取某种策略，这种策略的好处为其他策略所不及。
亲缘选择：有亲缘关系的个体之间含有共同的基因，个体通过牺牲自己的生殖权力，而帮助种群其它个体增加繁殖成功率，得到被帮助者代为传送基因的补偿。
性选择：与性别相联系的动物的形态结构与行为特征等方面的进化压力来自异性之间的互相选择。
应用：
功能进化的实例（代谢途径，营养方式，免疫功能） 1、代谢途径
以精氨酸代谢为例，当精氨酸的前生命供给枯竭时，由于细胞对精氨酸的需要而产生了一种选择压力，从而有利于那些能够演化为以某种新的方式获取精氨酸的细胞生存。前生命浆液中既然有精氨酸存在，则在分子结构以及化学特性上与精氨酸相似的某些分子也完全有可能存在于前生命浆液中。这样，有些细胞便能以最小的能量消耗，将此类化合物分子转化为精氨酸。在精氨酸不足所造成的压力之下，此类携带有能够催化类精氨酸分子成为精氨酸的多肽分子便会保存下来。
将精氨琥珀酸催化成为精氨酸，所耗的能量不多，某些细胞能开辟一条供给精氨酸的新途径。然而，精氨琥珀酸也有最终耗尽的情况。最后，当生命浆液中基本的有机分子也耗尽时，那么唯有那些拥有依靠酶催化将无机分子变成有机分子代谢能力的细胞才能得以生存下去。借助遗传、突变和选择作用，随之带动着遗传信息量的增加，其结果则是酶功能和代谢能力的提高。 2、营养方式的进化 植物：
①具有含叶绿体的片状叶 ②利于接受阳光的空间格局
③根系吸收水分和无机盐，给光合作用提供原料 ④具备维管系统为植物体物质交流提供通道