一般纳税人应通过增值税防伪税控系统使用专用发票。使用，包括领购、开具、缴销、认证纸质专用发票及其相应的数据电文。防伪税控系统包括金税卡、IC卡、读卡器、计算机、打印机、扫描器具和其他设备。
专用发票开具时限规定如下：
预收货款、托收承付、委托银行收款 交款提货 赊销、分期付款 将货物交付他人代销 设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送到其他机构用于销售 货物作为投资提供给其他单位或个体经营者 将货物分配给股东 货物发出的当天 收到货物的当天 合同约定的收款日期的当天 收到受托方送交代销清单的当天 货物移送的当天 3.增值税专用发票的申报抵扣期限
增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣，销售方不得为其重开专用发票。 4.增值税专用发票的最高开票限额及其申请
专用发票实行最高开票限额管理。最高开票限额由一般纳税人申请，税务机关依法审批。最高开票限额为十万元及以下的，由区县级税务机关审批；最高开票限额为一百万元的，由地市级税务机关审批；最高开票限额为一千万元及以上的，由省级税务机关审批。
一般纳税人申请最高开票限额时，需填报《最高开票限额申请表》，在领购专用设备后，凭《最高开票限额申请表》、《发票领购簿》到主管税务机关办理初始发行。 5.报税
报税，是纳税人持IC卡或者IC卡和软盘向税务机关报送开票数据电文。一般纳税人开具专用发票应在增值税纳税申报期内向主管税务机关报税，在申报所属月份内可分次向主管税务机关报税。因硬盘损坏、更换金税卡等原因不能正常报税的，应提供已开具未向税务机关报税的专用发票记账联原件或者复印件，由主管税务机关补采开票数据。 6.增值税专用发票的作废条件
增值税专用发票的作废条件如下：
a.收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
b.销售方未抄税并且未记账；
c.购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。 7.增值税专用发票的特殊事项的处理 （1）开票有误
一般纳税人在开具专用发票当月，发生开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
一般纳税人取得专用发票后，发生开票有误等情形但不符合作废条件的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。《申请单》对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。《通知单》应加盖主管税务机关印章。《通知单》应按月依次装订成册，并比照专用发票保管规定管理。
购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。 （2）票据被盗、丢失
纳税人丢失专用发票后，必须按规定程序向当地主管税务机关、公安机关报失。各地税务机关代收取“挂失登记表”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码，盖章与否等情况，统一传（寄）中国税务报社刊登“遗失声明”，传（寄）中国税务报社的“遗失声明”，必须经县（市）国家税务机关审核盖章、签署意见。 （3）丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
（4）开具专用发票后发生退货或销售折让
销售货物并向购买方开具专用发票后，如发生退货或销售折让，应视不同情况办理。 购买方在未付货款并且未作账务处理的情况下，需将原发票联和税款抵扣联主动退还销售方。销售方收到后，应在该发票联和税款抵扣联及有关的存根联、记账联上注明“作废”字样，作为扣减当期销项税额的凭证。未收到购买方退还的专用发票前，销售方不得扣减当期销项税额。属于销售折让的，销售方应按折让后的货款重开专用发票。
在购买方已付货款，或者货款未付但已作账务处理，发票联及抵扣联无法退还的情况下，购买方必须取得当地主管税务机关开具的进货退出或索取折让证明单（以下简称证明单）送交销售方，作为销售方开具红字专用发票的合法依据。销售方在未收到证明单以前，不得开具红字专用发票，收到证明单后，根据退回货物的数量、价款或折让金额向购买方开具红字专用发票。红字专用发票的存根联、记账联作为销售方扣减当期销项税额的凭证，其发票联、税款抵扣联作为购买方扣减进项税额的凭证。购买方收到红字专用发票后，将红字专用发票所注明的增值税额从当期进项税额中扣减。 （5）注销
一般纳税人注销税务登记或者转为小规模纳税人，应将专用设备和结存未用的纸质专用发票送交主管税务机关。主管税务机关缴销其专用发票，并按有关安全管理的要求处理专用设备。专用发票的缴销，是指主管税务机关在纸质专用发票监制章处按“V”字剪角作废，同时作废相应的专用发票数据电文。被缴销的纸质专用发票应退还纳税人。 （6）不得作为增值税进项税额的抵扣凭证的情况
经认证，有下列情形之一的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关退还原件，购买方可要求销售方重新开具专用发票。a.无法认证。b.纳税人识别号认证不符。c.专用发
票代码、号码认证不符。
经认证，有下列情形之一的，暂时不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关扣留原件，查明原因，分别情况进行处理。a.重复认证。b.密文有误。c.认证不符。d.列为失控专用发票。
专用发票抵扣联无法认证的，可使用专用发票的发票联到主管税务机关认证。专用发票的发票联复印件留存备查。