稳定β-转角的作用力是第一个氨基酸残基羰基氧(O)与第四个氨基酸残基的氨基氢(H)之间形成的氢键。β-转角常见于连接反平行β-折叠片的端头。
5.无规卷曲(random coil)
多肽链的主链呈现无确定规律的卷曲。典型球蛋白大约一半多肽链是这样的构象。 6.超二级结构和结构域
超二级结构和结构域是蛋白质二级至三级结构层次的一种过渡态构象。
超二级结构指蛋白质中两个或三个具有二级结构的肽段在空间上相互接近,形成一特殊的组合体,又称为模体(motif)。通常有αα,ββ,βαβ等,例如钙结合蛋白质中的螺旋-环-螺旋模序及锌指结构。
结构域是球状蛋白质的折叠单位,是在超二级结构基础上进一步绕曲折叠有独特构象和部分生物学功能的结构。对于较小的蛋白质分子或亚基,结构域和三级结构是一个意思,即这些蛋白质是单结构域的;对于较大的蛋白质分子或亚基,多肽链往往由两个或两个以上的相对独立的结构域缔合成三级结构。 三、蛋白质的三级结构(tertiary structure)
指一条多肽链中所有原子的整体排布,包括主链和侧链。维系三级结构的作用力主要是次级键(疏水相互作用、静电力、氢键等)。在序列中相隔较远的氨基酸疏水侧链相互靠近,形成“洞穴”或“口袋”状结构,结合蛋白质的辅基往往镶嵌其内,形成功能活性部位,而亲水基团则在外,这也是球状蛋白质易溶于水的原因。1963年Kendrew等从鲸肌红蛋白的X射线衍射图谱测定它的三级结构(153个氨基酸残基和一个血红素辅基,相对分子质量为17800)。由A→H 8段α-螺旋盘绕折叠成球状,氨基酸残基上的疏水侧链大都在分子内部形成一个袋形空穴,血红素居于其中,富有极性及电荷的则在分子表面形成亲水的球状蛋白。 四、蛋白质的四级结构 (quaternary structure)
有些蛋白质的分子量很大,由2条或2条以上具有独立三级结构的多肽链通过非共价键相互结合而成,称为蛋白质的四级结构。构成四级结构的每条多肽链称为亚基 (subunit),亚基单独存在时一般没有生物学功能,构成四级结构的几个亚基可以相同或不同。如血红蛋白(hemoglobin,Hb) 是由两个α-亚基和两个β-亚基形成的四聚体(α2β2)。 五、蛋白质分子中的化学键
蛋白质的一级结构是由共价键形成的,如肽键和二硫键。而维持空间构象稳定的是非共价的次级键。如氢键、盐键、疏水键、范德华引力等。
第三节 蛋白质结构与功能的关系
一、蛋白质一级结构与功能的关系 (一)一级结构是空间构象的基础
20世纪60年代初,美国科学家C.Anfinsen进行牛胰核糖核酸酶的变性和复性实验,提出了蛋白质一级结构决定空间结构的命题。 核糖核酸酶由124个氨基酸残基组成,有4对二硫键。用尿素和β-巯基乙醇处理该酶溶液,分别破坏次级键和二硫键,肽链完全伸展,变性的酶失去催化活性;当用透析方法去除变性剂后,酶活性几乎完全恢复,理化性质也与天然的酶一样。
概率计算表明,8个半胱氨酸残基结合成4对二硫键,可随机组合成105种配对方式,而事实上只形成了天然酶的构象,这说明一级结构未破坏,保持了氨基酸的排列顺序就可能回复到原来的三级结构,功能依然存在。 (二)种属差异
大量实验结果证明,一级结构相似的多肽或蛋白质,其空间结构和功能也相似,不同种属的同源蛋白质有同源序列,反映其共同进化起源,通过比较可以揭示进化关系。
例如哺乳动物的胰岛素,其一级结构仅个别氨基酸差异(A链5、6、10位,B链30位),它们对生物活性调节糖代谢的生理功能不起决定作用。
从各种生物的细胞色素C(cytochrome c ) 的一级结构分析,可以了解物种进化间的关系。进化中越接近的生物,它们的细胞色素c的一级结构越近似。 (三)分子病
分子病是指机体DNA分子上基因缺陷引起mRNA分子异常和蛋白质生物合成的异常,进而导致机体某些功能和结构随之变异的遗传病。在1904年,发现镰刀状红细胞贫血病。大约化费了40多年才清楚患病原因,患者的血红蛋白(HbS)与正常人的(HbA)相比,仅β-链的第6位上,Val取代了正常的Glu。目前全世界已发现有异常血红蛋白400种以上。 二、蛋白质空间结构与功能的关系
蛋白质的空间结构是其生物活性的基础,空间结构变化,其功能也随之改变。肌红蛋白(Mb)和血红蛋白(Hb)是典型的例子。 肌红蛋白(Mb)和血红蛋白(Hb)都能与氧进行可逆的结合,氧结合在血红素辅基上。然而Hb是四聚体分子,可以转运氧;Mb是单体,可以储存氧,并且可以使氧在肌肉内很容易地扩散。它们的氧合曲线不同,Mb为一条双曲线,Hb是一条 S型曲线。在低p(O2)下,肌红蛋白比血红蛋白对氧亲和性高很多,p(O2)为2.8torr(1torr≈133.3Pa)时,肌红蛋白处于半饱和状态。在高p(O2)下,如在肺部(大约100torr)时,两者几乎都被饱和。其差异形成一个有效的将氧从肺转运到肌肉的氧转运系统。
Hb未与氧结合时,其亚基处于一种空间结构紧密的构象(紧张态,T型),与氧的亲和力小。只要有一个亚基与氧结合,就能使4个亚基间的盐键断裂,变成松弛的构象(松弛态,R型)。T型和R型的相互转换对调节Hb运氧的功能有重要作用。一个亚基与其配体结合后能促进另一亚基与配体的结合是正协同效应,其理论解释是Hb是别构蛋白,有别构效应。
第四节 蛋白质的理化性质
蛋白质的理化性质和氨基酸相似,有两性解离及等电点、紫外吸收和呈色反应。作为生物大分子,还有胶体性质、沉淀、变性和凝固等特点。要了解和分析蛋白质结构和功能的关系就要利用其特殊的理化性质,采取盐析、透析、电泳、层析及离心等不损伤蛋白质空间构象的物理方法分离纯化蛋白质。 一、蛋白质的高分子性质
蛋白质的相对分子质量在1万~100万,其颗粒平均直径约为4.3 nm(胶粒范围是1~100nm)。准确可靠的测定方法是超离心法,蛋白质的相对分子质量可用沉降系数(S)表示。
在球状蛋白质三级结构形成时,亲水基团位于分子表面,在水溶液中与水起水合作用,因此,蛋白质的水溶液具有亲水胶体的性质。颗粒表面的水化膜和电荷是其稳定的因素,调节pH至pI、加入脱水剂等,蛋白质即可从溶液中沉淀出来。
透析法是利用蛋白质不能透过半透膜的性质,去掉小分子物质,达到纯化的目的。 大小不同的蛋白质分子可以通过凝胶过滤分开。又称分子筛层析。 二、蛋白质的两性解离
蛋白质和氨基酸一样是两性电解质,在溶液中的荷电状态受pH值影响。当蛋白质溶液处于某一pH时,蛋白质解离成正、负离子的趋势相等,即成为兼性离子,净电荷为零,此时溶液的pH称为该蛋白质的等电点。pH>pI时,该蛋白质颗粒带负电荷,反之则带正电荷。在人体体液中多数蛋白质的等电点接近pH5,所以在生理pH7.4环境下,多数蛋白质解离成阴离子。少量蛋白质,如鱼精蛋白、组蛋白的pI偏于碱性,称碱性蛋白质,而胃蛋白酶和丝蛋白为酸性蛋白。 三、蛋白质的变性、沉淀和凝固
蛋白质在某些理化因素的作用下,空间结构被破坏,导致理化性质改变,生物学活性丧失,称为蛋白质的变性(denaturation)。 蛋白质变性的本质是多肽链从卷曲到伸展的过程,不涉及一级结构的改变(如加热破坏氢键,酸碱破坏盐键等)。变性作用不过于剧烈,是一种可逆反应,去除变性因素,有些蛋白质原有的构象和功能可恢复或部分恢复,称为复性(denaturation)。
蛋白质变性的主要表现是失去生物学活性,如酶失去催化能力、血红蛋白失去运输氧的功能、胰岛素失去调节血糖的生理功能等。变性蛋白溶解度降低,易形成沉淀析出;易被蛋白水解酶消化。蛋白质变性具有重要的实际意义。
蛋白质自溶液中析出的现象,称为蛋白质的沉淀。盐析、有机溶剂、重金属盐、生物碱试剂都可沉淀蛋白质。盐析沉淀蛋白质不变性,是分离制备蛋白质的常用方法。如血浆中的清蛋白在饱和的硫酸铵溶液中可沉淀,而球蛋白则在半饱和硫酸铵溶液中发生沉淀。乙醇、丙酮均为脱水剂,可破坏水化膜,降低水的介电常数,使蛋白质的解离程度降低,表面电荷减少,从而使蛋白质沉淀析出。低温时,用丙酮沉淀蛋白质,可保留原有的生物学活性。但用乙醇,时间较长则会导致变性。重金属盐(Hg2+、Cu2+、Ag+),生物碱(如三彔乙酸、苦味酸、鞣酸)与蛋白质结合成盐而沉淀,是不可逆的。
蛋白质变性不一定沉淀(如强酸、强碱作用变性后仍然能溶解于强酸、强碱溶液中,将pH调至等电点,出现絮状物,仍可溶解于强酸、强碱溶液,加热则变成凝块,不再溶解)。凝固是蛋白质变性发展的不可逆的结果。沉淀的蛋白质不一定变性(如盐析)。 四、蛋白质的紫外吸收和呈色反应
蛋白质含芳香族氨基酸,在280nm波长处有特征性吸收峰,用于定量测定。
蛋白质分子中的多种化学基团具有特定的化学性能,与某些试剂产生颜色反应,可用于定性、定量分析。如蛋白质分子中含有许多和双缩脲结构相似的肽键,在碱性溶液与硫酸铜反应产生红紫色络合物(双缩脲反应)。酪氨酸含酚基,与米伦试剂生成白色沉淀,加热后变红色。Folin-酚试剂与酪氨酸反应生成蓝色。色氨酸与乙醛酸反应,慢慢注入浓硫酸,出现紫色环。
第五节 蛋白质的分类
自然界蛋白质分布广泛,种类繁多,有1012~1013种。目前仍无法按蛋白质的化学结构进行精确的分类,一般按蛋白质的分子形状、分子组成、生物功能进行分类。
1.按分子形状分为球状蛋白质和纤维状蛋白质。 2.按分子组成分为简单蛋白质和结合蛋白质。
简单蛋白质完全水解的产物仅为α-氨基酸。这类蛋白质按其溶解度等理化性质分为7类。包括清蛋白、球蛋白、醇溶蛋白、谷蛋白、精蛋白、组蛋白和硬蛋白。
结合蛋白质由简单蛋白质和非蛋白质(辅基)组成。根据辅基的不同,这类蛋白质可分为5类。如核蛋白、糖蛋白、脂蛋白、色蛋白和磷蛋白。
细胞核中的核蛋白是DNA与组蛋白结合而成,细胞质中的核糖体是RNA与蛋白质组成的,已知的病毒也是核蛋白。免疫球蛋白是一类糖蛋白,由蛋白质与糖以共价键相连而成;脂蛋白由蛋白质与脂类通过非共价键相连,存在生物膜和动物血浆中。
3.按蛋白质功能分为活性蛋白质和非活性蛋白质。
活性蛋白质包括有催化功能的酶、有调节功能的激素、有运动、防御、接受和传递信息的蛋白质以及毒蛋白、膜蛋白等。胶原、角蛋白、弹性蛋白、丝心蛋白等是非活性蛋白质。
第二章 核酸的化学
教学目标:
1.掌握DNA和RNA在化学组分、分子结构和生物功能上的特点。
2.掌握DNA双螺旋结构模型和t-RNA二级结构的要点,了解核酸的三级结构。 3.熟悉核酸的性质(一般性质、DNA热变性、复性与分子杂交)。
4.掌握基因组的概念,原核生物和真核生物基因组的特点。了解DNA测序的原理。 导入:核酸是生物遗传的物质基础。它的发现和研究进展如何?
1868年瑞士青年医生Miescher从脓细胞核中分离出一种含磷量很高的酸性化合物,称为核素。其继任者Altman发展了从酵母和动物组织中制备不含蛋白质的核酸的方法,于1889年提出核酸(nucleic acid)这一名称。早期核酸研究因“四核苷酸假说”的错误进展缓慢。
1943年Chargaff等揭示了DNA的碱基配对规律,1944年美国Avery利用致病肺炎球菌中提取的DNA使另一种非致病性的肺炎球菌的遗传性状发生改变而成为致病菌,发现正是DNA携带遗传信息。Astbury、Franklin和Wilkins用X射线衍射法研究DNA分子结构,得到清晰衍射图。Watson 和Crick在此基础上于1953年提出了DNA双螺旋结构模型,说明了基因结构、信息和功能三者之间的关系,奠定了分子生物学基础。1958年Crick提出“中心法则”;60年代破译遗传密码,阐明3类RNA参与蛋白质生物合成的过程;70年代诞生了基因重组和DNA测序生物技术,90年代提出人类基因组计划,21世纪进入后基因组时代。核酸的研究成了生命科学中最活跃的领域之一。
第一节 核酸的化学组成
天然存在的核酸有两类,即脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)和核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)。DNA分子是生物体的遗传信息库,分布在原核细胞的核区,真核细胞的核和细胞器以及病毒中;RNA分子参与遗传信息表达的一些过程,主要存在于细胞质。
一、核酸的基本组成单位
核酸是一种多聚核苷酸,用不同的降解法得到其组成单位——核苷酸。而核苷酸又由碱基、戊糖和磷酸组成。 (一) 戊糖
DNA含β-D-2-脱氧核糖,RNA含β-D-核糖。这是核酸分类的依据。核糖中的C记为1'??5'。 (二)碱基(base)
核酸中的碱基有两类:嘌呤碱和嘧啶碱。有5种基本的碱基外,还有一些含量甚少的稀有碱基。DNA和RNA中常见的两种嘌呤碱是腺嘌呤(adenine,A)、鸟嘌呤(guanine,G)。而嘧啶碱有所不同:RNA主要含胞嘧啶(cytosine,C)、尿嘧啶(uracil,U),DNA主要含胞嘧啶、胸腺嘧啶(thymine,T)。
tRNA中含有较多的稀有碱基(修饰碱基),多为甲基化的。 (三)核苷
是碱基和戊糖生成的糖苷。通过C1'- N9或C1'- N1糖苷键连接,用单字符表示,脱氧核苷则在单字符前加d。常见的修饰核苷有:次黄苷或肌苷为I、黄嘌呤核苷X、二氢尿嘧啶核苷D、假尿苷Ψ等。注意符号的意义,如m5dC。
(四)核苷酸
是核苷的磷酸酯。生物体内游离存在的多是5'- 核苷酸(如pA、pdG等)。常见的核苷酸为AMP、GMA、CMP、UMP。常见的脱氧核苷酸有dAMP、dGMA、dCMP、dTMP。AMP是一些重要辅酶的结构成分(如NAD+、NADP+、FAD等);环化核苷酸(cAMP/cGMP)是细胞功能的调节分子和信号分子。ATP在能量代谢中起重要作用。
核苷酸是两性电解质,有等电点。核苷酸有互变异构和紫外吸收。(含氧的碱基有酮式和烯醇式两种互变异构体,在生理pH条件下主要以酮式存在)
二、核苷酸的连接方式
RNA和DNA链都有方向性,从5'→ 3'。前一位核苷酸的3'- OH与下一位核苷酸的5'位磷酸基之间形成3',5'-磷酸二酯键,从而形成一个没有分支的线性大分子,两个末端分别称为5'末端和3'末端。大分子的主链由相间排列的戊糖和磷酸构成,而碱基可看作主链上的侧链基团,主链上的磷酸基是酸性的,在细胞pH下带负电荷;而碱基有疏水性。
讨论:列表说明DNA和RNA在化学组成、分子结构和生物功能方面的主要特点。
第二节 DNA的分子结构
一、 DNA的一级结构 (primary stucture)
DNA的一级结构是指分子中脱氧核苷酸的排列顺序,常被简单认为是碱基序列(base sequence)。碱基序有严格的方向性和多样性。一般将5'- 磷酸端作 为多核苷酸链的“头”,写在左侧,如pACUGA( 5'→ 3') 。
在DNA一级结构中,有一种回文结构的特殊序列,所谓回文结构即DNA互补链上一段反向重复顺序,正读和反读意义相同,经反折可形成“十字形”结构,在转录成RNA后可形成“发夹”样结构,有调控意义。
→ GCTA GTTCA CTC TGAAC AATT → ← CGAT CAAGT GAG ACTTG TTAA ←
DNA分子很大,最小的病毒DNA约含5000b。1965年Holley用片段重叠法完成酵母tRNAala 76nt 序列测定;1977年Sanger利用双脱氧法(酶法)测定了φX174单链DNA5386b的全序列。1990年实施的人类基因组计划(HGP),用15年,投资30亿美元,完成人类单倍体基因组DNA3×109bp全序列的测定。该计划由美、英、日、法、德、中六国科学家合作,于2003年提前完成,生命科学进入后基因组时代,研究重点从测序转向对基因组功能的研究。
二、DNA的二级结构——双螺旋(double helix)
1953年,Watson和Crick根据Wilkins 和Franklin拍摄的DNA X-射线照片(DNA有0.34nm和3.4nm两个周期性变化)以及Chargaff等人对DNA的碱基组成的分析(A=T,G=C,A+G=C+T),推测出DNA是由两条相互缠绕的链形成。Watson-Crick 双螺旋结构模型如下图:
1.两条反向平行的多核苷酸链形成右手螺旋。一条链为5'→ 3',另一条为3'→ 5'。(某些病毒的DNA是单链分子ssDNA) 2.碱基在双螺旋内侧,A与T,G与C配对,A与T形成两个氢键,G与C形成三个氢键。糖基-磷酸基骨架在外侧。表面有一条大沟和一小沟。
3.螺距为3.4 nm,含10个碱基对(bp),相邻碱基对平面间的距离为0.34 nm。螺旋直径为2 nm。
氢键维持双螺旋的横向稳定。碱基对平面几乎垂直螺旋轴,碱基对平面间的疏水堆积力维持螺旋的纵向稳定。 4.碱基在一条链上的排列顺序不受限制。遗传信息由碱基序所携带。 5.DNA构象有多态性。
Watson和Crick根据Wilkins 和Franklin拍摄的DNA X-射线照片是相对湿度92%的DNA钠盐所得的衍射图,因此Watson-Crick 双螺旋结构称B-DNA。细胞内的DNA与它非常相似。另外还有A-DNA、C-DNA、D-DNA。
1979年Rich发现Z-DNA(左手螺旋、螺距4.5nm、直径1.8nm) 三、DNA的三级结构
DNA 双螺旋进一步盘曲所形成的空间构象称DNA的三级结构。
某些病毒、细菌、真核生物线粒体和叶绿体的DNA是环形双螺旋,再次螺旋化形成超螺旋;在真核生物细胞核内的DNA是很长的线形双螺旋,通过组装形成非常致密的超级结构。
1.环形DNA可形成超螺旋
当将线性过旋或欠旋的双螺旋DNA连接形成一个环时,都会自动形成额外的超螺旋来抵消过旋或欠旋造成的应力,目的是维持B构象。过旋DNA会自动形成额外的左手螺旋(正超螺旋),而欠旋形成额外的右手螺旋(负超螺旋)。
一段双螺旋圈数为10的B-DNA连接成环形时,不发生进一步扭曲,称松弛环形DNA(双螺旋的圈数=链绕数,即T=L,超螺旋数W=0;L=T+W),但将这一线形DNA的螺旋先拧松一圈再连接成环时,解链环形DNA存在的扭曲张力,可导致双链环向右手方向扭曲形成负超螺旋(T=10,L=9,W = -1)。
在生物体内,绝大多数超螺旋DNA以负超螺旋的形式存在,也就是说,一旦超螺旋解开,则会形成解链环形DNA,有利于DNA复制或转录。
螺旋具有相同的结构,但L值不同的分子称为拓扑异构体。DNA拓扑异构酶切断一条链或两条链,拓扑异构体可以相互转变。W的正表示双链闭环的螺旋圈在增加,W的负表示减少。L和T的正负表示螺旋方向,右手为正,左手螺旋为负;L值必定是整数。
2.真核细胞染色体
真核细胞DNA是线形分子,与组蛋白结合,其两端固定也形成超螺旋结构。DNA被紧密地包装成染色体来自三个水平的折叠:核小体、30nm纤丝和放射环。
核小体是染色体的基本结构单位,是DNA包装的第一步,它由DNA结合到组蛋白上形成复合物,在电镜下显示为成串的“念珠”状。组蛋白是富含精氨酸和赖氨酸的碱性蛋白质,其氨基酸序列在进化中是高度保守的。组蛋白有5种,H2A、H2B、H3和H4各两分子组成的八聚体是核小体核心颗粒,DNA缠绕其上,相邻核小体间的DNA称为连接DNA且结合H1。200 bpDNA的长度约为68nm,被压缩在10nm的核小体中。压缩比约为7。30nm纤丝是第二级压缩,每圈含6个核小体,压缩比是6。30nm螺旋管再缠绕成超螺旋圆筒,压缩比是40。再进一步形成染色单体,总压缩近一万倍。典型人体细胞的DNA理论长度应是180 cm,被包装在46个5μm的染色体中。
四、DNA和基因组
1.DNA分子中的最小功能单位称作基因,为RNA或蛋白质编码的基因称结构基因,DNA中具调节功能而不转录生成RNA的片段称调节基因。基因组(genome)是某生物体所含的全部基因,即全部DNA或完整的单套遗传物质(配子中的整套基因)。
2.细菌、噬菌体、大多数动植物病毒的基因组即指单个DNA分子。最小病毒如SV40的基因组仅有5226b,含5个基因。大肠杆菌含4.6×106 bp,有3000~4000个基因,DNA完全伸展总长约1.3mm。
原核生物基因组的特点是:结构简炼,绝大部分为蛋白质编码(结构基因);有转录单元,即功能相关的基因常串联一起,并转录在同一mRNA(多顺反子mRNA)中;有基因重叠现象,即同一段DNA携带两种不同蛋白质的信息。
3.真核生物基因一般分布在若干条染色体上,其特点是:有重复序列(按重复次数分单拷贝序、中度重复序和高度重复序);有断裂基因(由不编码的内含子和编码的外显子组成)。酵母基因组有1.35×107bp,含6374个基因。人类基因组有3×109 bp,含4万个基因。
第三节 RNA的分子结构
RNA通常以单链形式存在,比DNA分子小得多,由数十个至数千个核苷酸组成。RNA链可以回折且通过A与U,G与C配对形成局部的双螺旋,不能配对的碱基则形成环状突起,这种短的双螺旋区和环称为发夹结构。
RNA的C2'位羟基是游离的,是一个易发生不良反应的位置,它使RNA的化学性质不如DNA稳定,能较DNA产生更多的修饰组分。RNA的种类、大小、结构都比DNA多样化,按照功能的不同和结构的特点,RNA主要分为tRNA、rRNA和mRNA三类。此外,细胞的不同部位还存在着另一些小分子RNA,如核内小RNA(snRNA)、核仁小RNA(snoRNA)、胞质小RNA(scRNA)等,分别参与mRNA的前体(hnRNA)和rRNA的转运和加工过程。
一、转运RNA(transfer RNA,tRNA)
1.分子量最小的RNA,约占总RNA的15%。主要功能是在蛋白质生物合成过程中,起着转运氨基酸的作用。
2.1965年Holley等测定了酵母丙氨酸tRNA的一级结构,并提出二级结构模型。一级结构特点:核苷酸残基数在73~95;含有较多的稀有碱基(如mG、DHU等);5'-末端多为pG,3'- 末端都是-CCA。
3.tRNA的二级结构为“三叶草”形,包括4个螺旋区、3个环及一个附加叉。各部分的结构都和它的功能有关。5'端1~7位与近3'端67~72位形成的双螺旋区称氨基酸臂,似“叶柄”,3'端有共同的-CCA-OH结构,用于连接该RNA转运的氨基酸。3个环是二氢尿嘧啶环(D环)、反密码子环、TΨC环。
4.1973~1975年S.H.Kim的X射线衍射分析表明,tRNA的三级结构呈倒L字母形,反密码环和氨基酸臂分别位于倒L的两端。 二、信使RNA(messenger RNA,m RNA)
1.细胞内含量较少的一类RNA,约占总RNA的3%。其功能是将核内DNA的碱基顺序(遗传信息)按碱基互补原则转录至核糖体,指导蛋白质的合成。
2.种类多,作为不同蛋白质合成的模板,其一级结构差异很大。真核细胞的mRNA有不同于原核细胞的特点:3'- 末端有多聚A(polyA)尾,5'-末端加有一个“帽”式结构,(m7 Gppp)。
3.代谢活跃,寿命较短。
三、核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)
1.约占细胞总RNA的80%。主要功能是与多种蛋白质组成核糖体,是蛋白质合成的场所。
2.核糖体在结构上可分离为大小两个亚基。原核细胞的rRNA有3种,23S与5S rRNA在大亚基,16S在小亚基。真核细胞有4种rRNA,其中大亚基含28S、5.8S、5S,小亚基只有18S。
3. 各种rRNA的一级结构中的核苷酸残基数及其顺序都不相同,且有特定的二级结构。
第四节 核酸的性质
一、一般理化性质
1.DNA为白色纤维状固体,RNA为白色粉末;都微溶于水,不溶于一般有机溶剂。常用乙醇从溶液中沉淀核酸。
2.具有大分子的一般特性。分子大小可用Da、b或bp、S、链长(μm)表示。一个bp相当的核苷酸平均分子量为660Da;1μm长的DNA双螺旋相当3000bp或2×106Da。
3.两性电解质。各种核酸的大小及所带的电荷不同,可用电泳和离子交换法分离。RNA在室温下易被稀碱水解,DNA较稳定,此特性用来测定RNA的碱基组成和纯化DNA。
4.紫外吸收,最大吸收峰在260nm处,核酸的变性或降解,吸光度A升高,称为增色效应。 二、核酸的变性和复性 1.变性的概念
在理化因素作用下,核酸的双螺旋区氢键断裂,空间结构破坏,形成单链无规线团状态的过程。变性的因素有热、酸、碱、乙醇、尿素等。变性的本质是次级键的变化。变性的结果是紫外吸收值明显增加(增色效应),DNA粘度下降,生物学功能部分或全部丧失。
2.DNA的热变性和Tm
DNA热变性过程中,紫外吸收值增高,有一个特征性曲线称熔解曲线,通常将熔解曲线的中点,即紫外吸收值达到最大值50%时的