5． 选择Add to Report自动把检测结果添加到当前报告中去，默认设置是把每个样品
都添加到报告中。要把样品数据保存到工作薄中，在检测前必须选上Add to report。 6． 选择Overlay spectra可以在同一时间显示多个光谱。
7． 使用合适的液体建立空白对照，空白对照液体是溶解目标分子的液体。空白对照
液体的pH值和离子浓度应和检测样品一样。
? 基座模式：取1-2ul空白对照加到基座上，放下检测臂，点击Blank键。
? 比色皿模式（仅ND2000c）：插入比色皿时注意仪器上箭头指示方向。光束（2mm
宽）位置再比色皿底部以上8.5nm的位置，请按照比色皿生产厂家的建议加入液体。 注意：对于所有模式检测，检测臂都必须放下。在做基座检测前，要把比色皿拿出来了，这样可以保证检测臂放到正确的位置。
8. 在指定的位置输入样品名称，按上面检测空白对照的操作进行样品检测。 注意：每次检测的样品都必须是新加的。
检测后
? 使用干净的无尘纸擦干净上下基座，这样仪器就可以进行下一个样品检测了。 ? 当使用比色皿时，取出比色皿，彻底清洗比色皿并晾干。
Oligo Calc
Oligo Calc 用来计算特定核酸序列的分子量，消光系数，浓度因子和溶点。选择这个任务栏将显示两个键：
? Oligo Calc－用来输入感兴趣的序列，并选择合适的样品类型。
? Melting Point－显示DNA序列熔点的结算结果。这个功能键仅在DNA序列检测时
出现。
要使用Oligo Calc：
1． 使用如下方法来输入一个碱基序列： ? 使用碱基序列显示框下的按键。
? 键盘（仅仅能使用A，C，G，T，和U来输入碱基）
? 复制和粘贴一个序列到显示框（仅仅能使用A，C，G，T，和U来输入碱基） ? 清除碱基序列框中的序列，点击序列框右侧的Clear键，单个可以手动来删除。 2． 选择磷酸化程度，可以选择：DNA单磷酸化，RNA单磷酸化和三磷酸化。 3． 如果需要可以选择双链，互补的双链序列能够包括在计算中。 4． 在下拉框中，选择检测的核酸类型，默认的为DNA。 5． 如果要添加序列选择Modification并输入相关的分子量。
Oligo Calc分析结果区域包括：
分子量－显示碱基序列计算得到的分子量。
消光系数－显示260nm波长依赖的消光系数，单位是ng-cm/ml。 浓度因子－基于消光系数的常数，用来计算碱基序列的浓度。 碱基数－显示输入多少个碱基。 %GC－显示序列中的G/C含量。
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要计算DNA序列的熔点：
1． 按上面说明输入序列，如果序列已经输入到Oligo Calc Tab中，序列框中将自动计
算序列的熔点。
2． 按下列说明在框中输入合适的数值：
? Oligo Molarity－输入样品序列的摩尔浓度，默认的值为10um，但是可以根据不
同的样品更改。
? Cation Molarity－输入样品的阳离子浓度，默认的值为50um，但是可以根据不同
的样品更改。
? ％Formamide－输入样品中的氨基浓度，默认值为0，但是可以根据不同的样品
更改。
熔点分析结果区域包括：
Salt Adjusted－计算序列的熔点，不考虑盐对相邻碱基的相互作用影响。 Nearest Neighbor－计算序列的熔点，考虑盐对相邻碱基的相互作用影响。
微阵列
总论
通过这个功能可以筛选有效的荧光标记杂交探针用于芯片试验，这样避免潜在的不好的探针，可以提高试验效率。NanoDrop 2000/2000c可以检测荧光染料的吸收光强度，最低可以检测0.2pmol/ul的荧光染料。软件可以自动应用相应的波长检测样品的吸光值。
检测浓度范围
NanoDrop 2000/2000c可以准确检测荧光染料标记的核酸浓度达：100pmol/ul的Cy3以及750ng/ul的DNA。
染料/发色团编辑
用户可以在NanoDrop 2000/2000c软件中选择预设好的染料，也可以使用染料/发色团编辑功能来添加新的染料。要添加一个新的染料，选择Show 栏（第一列），这将激活手动输入的区域，参照染料制造厂家的说明来填写合适的校准参数。当合适的染料被选择了，260nm的校准将被自动应用到核酸浓度计算中。当所有参数填写好后，保存这些信息。
要删除一个用户自定义的染料，点击左侧（＋）键旁边的灰色框选择要删除的染料，然后点击键盘上的Delete键或者使用鼠标右键来删除。预编辑好的那些荧光染料，在编制栏是被锁定的，不能被删除。默认的设定是染料1是Cy3，染料2是Cy5。
独特的屏幕显示
右侧栏显示Micro Array应用独特的功能键，左侧任务栏上的功能键参考“Software Overview”的描述。
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光谱显示了当前样本在1nm光程下的数据，光程信息显示在Y轴。 右侧的光谱显示栏包括下列部分：
Sample ID－输入样品名称的区域。应在样品检测前输入样品名称。 Type－用户可以在下拉菜单中选择检测的核酸类型。选项包括：DNA-50用于检测DNA，RNA-40用于检测RNA，ssDNA-33用于检测单链DNA，其他选项还有Oligo DNA和Oligo RNA，可以根据不同的序列使用合适的消光系数。Custom选项可以输入消光系数的范围是15－150。
Conc－使用特定的消光系数和260nm波长下的吸光值来计算浓度。浓度单位可以在下拉框中选择。使用Beer定律来计算核酸浓度，可以参考“Nucleic Acid Calculations”。
A260－显示校准到10mm光程下的260nm波长下的吸光值。 注意：显示的A260值并不同于样品在260nm下的吸光值（以750nm波长为参比波长）。A260值在计算核酸浓度时考虑到染料对吸光值的影响，采用染料校准因子对检测结果进行了校准，吸光值校准采用选择的校准波长和750nm基线。从而显示的A260值和用来计算的核酸浓度的吸光值不一样。
260/280－260和280nm吸光值的比值。这个比值用来判定DNA和RNA的纯度。对于DNA来说比值为1.8时认为是纯的DNA，对于RNA来说比值为2.0时认为是纯的RNA。如果比值偏低，表明核酸中存在蛋白，酚或其他在280nm 处有吸光的杂质。 Dye1（2）：选择染料，默认的选择是：染料1（Cy3），染料2（Cy5）。 ? Abs－每个染料在1mm光程下的吸光值。
? pmol/ul－基于每个荧光染料的消光系数计算出来的浓度，可以在下拉框中选
择浓度单位。
Analysis correction－在计算浓度前，减去参比波长下的吸光值。这仅仅影响报告的核酸浓度，默认的参比波长为340nm。
注意：对所有可见光检测，软件的校准波长为750nm，并自动以400nm和750nm吸光
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值为基线进行染料浓度计算。
进行微阵列检测
1． 在主菜单中选择Micro Array功能，如果显示了波长确认窗口，确保检测臂放下，
并点击OK。
2． 选择检测样品的类型，默认的设定为ssDNA-33。 3． 在下列框中选择浓度单位，默认的单位是ng/ul.
4． 使用染料1或者染料2后面的下拉框来选择染料，默认的染料设定：染料1（Cy3），
染料2（Cy5），如果仅标记了一个染料，在染料2类型上选择None。
5． 默认以340nm的吸光值为核酸校准值。通过取消选择Analysis correction框来选择
或者不选择参比波长校准。
? 在文件下拉条中选择Use current settings as default，这是一个便捷的方法来限定
每个心工作薄的设定时间。
6． 选择Add to report来自动把当前检测的结果添加到报告中去。默认的设定是把所
有的报告添加到报告中。为了把一个检测结果保存到工作薄中，必须在检测前把Add to report选择上。
7． 选择Overlay spectra 来同时显示多个光谱图。 8． 使用合适的buffer来检测空白对照：
? 基座模式：取1－2ul空白溶液加到基座上，放下检测臂并点击Blank。
? 比色皿模式（仅2000c）：按照比色皿生产厂家的建议加入适量的空白溶液，
按照仪器上标记的光路放心，插入比色皿。
注意：用任何模式检测时检测臂都必须放下，在用基座检测时，建议把比色皿从仪器上取出，以保证检测臂放到合适的位置。
9． 输入样品名称，按做空白一样加入样品点击Measure开始检测。
注意：每次检测的样品必须是新鲜加入的！
检测以后：
? 用干净的无尘纸擦拭干净上下基座，这样仪器就可以进行下一个样品的检测了。 ? 当使用比色皿模式时，取出比色皿，彻底清洗干净然后再进行下一个样品检测。
Oligo Calc
Oligo Calc软件功能可以用来计算特定核酸序列的分子量，消光系数，浓度因子和熔点。选择这个任务栏：
? Oligo Calc－用来输入感兴趣的序列并选择合适的样品类型。
? Melting Point－显示了DNA链计算的熔点，这个功能只有在DNA序列上有效。
要使用Oligo Calc：
1． 使用下列的方法来输入碱基序列： ? 碱基序列显示框下面的按键。
? 键盘（仅使用A，C，G，T和U来输入序列） ? 复制和粘贴序列。
? 要清楚碱基序列，点击显示框右边的Clear键。单个碱基可以使用手动来删除。
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2． 选择磷酸化程度，可以选择：单磷酸化（DNA），单，双或者三磷酸化（RNA）. 3． 可以选择双链，在计算时可以自动包含其互补的链序列。 4． 在下列菜单中，选择分析的核酸类型，默认的为DNA。 5． 对于额外的碱基序列，选择Modification并输入分子量。
Oligo Calc试验结果区域包括：
分子量－显示计算的碱基序列的分子量。
消光系数－显示260nm 处的消光系数，单位ng-cm/ul。 浓度因子－恒数，基于消光系数来计算检测序列的浓度。 碱基数－显示输入了多少个碱基。 %GC－显示序列的GC含量。
要计算DNA序列的熔点：
1． 按上面描述的方法输入序列。
注意：如果一个碱基序列已经输入到Oligo Calc中，熔点框的碱基序列框将自动输入那个序列。
2． 在每个框中输入合适的的数据：
? Oligo Molarity－输入样品的摩尔浓度，默认的值为10uM，可以针对样品更改
为更合适的数据。
? Cation Molarity－输入样品的阳离子浓度，默认的值为50mM，可以针对样品
更改为更合适的数据。
? ％Formamide－输入样品中的甲酰氨浓度，默认的值为0，可以针对样品更改
为更合适的数据。
熔点分析结果包括：
Salt-Adjusted－计算序列的熔点而不考虑相邻碱基序列的干扰。
Nearest-Neighbor－显示序列的熔点同时考虑相邻碱基序列的干扰。
UV-VIS
总论
UV-VIS功能使NanoDrop 2000/2000c可以想普通的紫外-可见分光光度计一样行使功能。可以显示从190到840nm的样品的吸光值。最多可以同时指定检测40个波长下的吸光值并把数据显示在报告中。
检测浓度范围
在使用自动光程模式下，NanoDrop 2000/2000c能够检测相当于10mm光程下300A的吸光值。
独特的屏幕特征
右侧栏显示UV-VIS独有的特征，左侧任务栏的说明参见“Software Overview”。
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