4、水库工程
（1）、库区淤积
水库淤积严重。目前已淤积3.72亿m3，超过总库容一半还多，并侵占兴利和防洪库容0.72亿m3。
（2）、大坝主体工程
汾河水库投入运行四十多年来，除1977年对大坝进行加高和1995年完成8m泄洪洞初建工程以来，其他枢纽设施均未进行大的改造加固，尽管在水费不到位、水价很低的情况下，水库管理局每年仍拿出相应的资金进行工程岁修维护，但水库的工程设施老化、破损和水费与成本不符的现象十分突出，所以严重影响水库防汛及供水。
5、坝址下游河道
汾河水库坝址下游河道为天然河道，近年来由于干旱少雨，河道未进行过正常行洪，附近村民大搞开荒种地，再加上乱采、乱挖、乱弃，导致下游河道行洪能力明显降低，最大过水流量仅450m3/s，最小过水流量不足100m3/s，若遇水库大流量泄洪，将全线漫堤淹没，影响沿河公路、桥梁、城镇、厂矿企业等人民生命财产的安全。
6、管理设施落后
建库四十多年来，随着社会的快速发展，水库的各项管理设施日趋落后，和现代化管理要求相差甚远。
四、汾河水库“十一五”期间的发展规划和建议
（一）、尽快完善体制改革
根据汾河水库四十多年的运行状况，依据国办发（2002）45号文《水利工程管理体制改革实施意见》及晋政发（2003）16号文《山西省人民政府关于转发省水利厅〈山西省水利工程体制改革实施方案〉的通知》，汾河水库主要是保护省会太原市及下游晋中、吕梁等地20多个县市的防洪安全，防洪责任重大。因此，汾河水库应确定为准公益性事业单位，继续履行管理局的事业管理职能。但由于汾河水库还担负下游工农业、城市及生态环境用水任务，同时兼顾汾河水库库区周边工矿企业及农村人畜生活用水，故汾河水库有效益的供水部分可按公司制经营。
（二）、建立科学合理的供水价格机制
山西水资源十分紧缺，但汾河水库的有限水资源仍在廉价水价下运作，水价一直停留在计划经济时期的计划水价。虽说水是商品，但并未按成本到位，这样不利于有限水资源发挥效益，也不利于节约用水。同时水管单位的生存和发展受到了极大限制，所以应尽快解决汾河水库供水水价的上调幅度。
（三）、加快水库确权定界工作
汾河水库的确权定界问题一直是困绕水库发展的问题，也是一个较长的历史性遗留问题，为使省城最大的饮用水水源地能得到法律保护，实现省城安全供水，应尽快解决汾河水库库区的确权定界。
（四）、加大力度建设、改造工程设施
汾河水库是50年代后期兴建的水库，已运行半个世纪，工程陈旧，设施、设备老化不堪，靠汾河水库自身的能力改造极不现实，急需上级部门关心支持，加大投资改造力度，尽快使汾河水库成为现代化管理单位。
（五）、对水源地进行彻底保护
汾河水库作为我省最大的地表饮用水水源地，直接影响到太原市的用水安全，因此，对其水源进行保护具有战略意义。
1、优化汾河水资源配置，实现分质供水
根据中国水科院《黄河万家寨水库水质污染分析与防治对策》报告：近期内黄河上游水质难以改善。汾河水库水源及汾河上游100多公里河流水体，是目前汾河干流上水质最好的，但近几年来已有变差趋势。保护好汾河水库水源地，直接关系到省城太原市几百万人民的用水安全。确保太原市供水安全和汾河水库水质有所改善的最佳方案是：对黄河水、汾河水和太原市地下水进行优化配置，实行分质供水；同时加快水库水源地生态环境保护及建设。