“堵塞漏洞”等财务审计为主导，往往把被审计对象看作自己的“对立面”，很少以积极的方式提出问题、分析问题和解决问题,起点和定位都不高。
（二）民营企业管理层缺乏现代管理理念和管理意识，导致内部审计机构人员不稳定
作为一个群体，民营企业家不可避免地被打上自己所处时代甚至先前历史的印痕，一些民营企业管理中的一个突出问题就是组织内部往往缺少详细的职务分工和职务分析体系，对建立内部审计机构的必要性认识不清。有些民营企业虽然在国内、国外都有一定的知名度，品牌打得很响，但管理层尚不知道内部审计是怎么回事，认为企业是私营的，财产是私有的，设立内部审计干什么？有些虽然设立了审计机构，但在实际工作中，审计机构和审计人员的稳定性也得不到保障，民营企业负责人随意撤并内审机构、精简内审人员，影响内部审计工作。至今还有相当一部分有规模的民营企业还没有设立审计机构，甚至还没有专职审计人员。
此外，有的民营企业内部审计仅靠单一的监督职能已远不能满足企业的现实需要。客观上说，监督力度的加大，企业自身管理的不断完善，审计“成果”呈逐渐递减的趋势，出现了“无为而无位”的不利局面。主观上看有的内审部门没有能够随着企业的发展而及时拓展，新的审计领域出现了“无为而无位”的不利局面，审计作用得不到正常发挥，一定程度上也影响了内审机构及人员的地位。
（三）民营企业的家族式管理模式，制约了内部审计工作的正常开展
家族式管理是民营企业的一大特点。民营企业集团公司分支机构很多，每一个分公司都有法人代表，且都存在着千丝万缕的亲情关系，财产所有者与经营管理者之间的经济责任关系分割不清，利益冲突时有发生，一旦家族成员的利益冲突超过了亲缘的维系力，企业就会分裂甚至破产。内部审计部门在审查各机构投资的可行性报告、处理母公司与子公司的关系，反映背离企业目标、损害所有者利益的行为等问题时，比较难以把握。家族式管理模式在一定程度上影响民营企业内部审计工作的正常开展，阻碍内部审计职能的正常履行和内部审计作用的真正发挥。
（四）民营企业内部审计工作的审计手段落后，审计方式过于传统、僵化
进入21世纪，全球经济的快速发展给国内的会计市场带来巨大的影响，尤其是知识经济作为世界经济发展的潮流正逐步对经济发展产生着革命性的影响，新知识、新技术、新思维对传统的理念形成强大冲击。电子信息技术、通讯技术的日益发达，对企业的外部经营环境和生产经营方式都产生重大影响。其中计算机会计信息系统的广泛应用和发展，对审计人员、审计技术及审计理念的要求也就越来越高。针对这种情况，一些西方发达国家已开始探索更有效的审计程序，开发新的审计软件，改进计算机审计系统等手段，来应对这种变化。
在我国，运用现代电子信息及通信技术等重要的会计电算化，在各个领域的应用和发展速度也惊人。但民营企业审计人员大多对计算机还不太熟悉，许多审计还停留在传统手工查账的基础上，在新技术方面前还有些无所适从。审计手段落后，不但增加了审计难度，而且效率低，准确率差，严重影响了审计作用的发挥。
民营企业内部审计还没有从传统审计的“阴影”中走出来，尽管形式上有“经济效益审计”、“内部控制审计”等，但基本上都是财务审计的翻版，主要职能仍然是“监督”，还停留在“查错防弊”的阶段上，而以财务审计为重点的内部审计并不能直接协助企业提高经济效益，增强竞争能力。因此，在资源稀缺性程度日益严重和市场竞争日趋激烈的这种严峻经营环境的挑战下，内部审计应逐步将工作内容从以前的财务审计转向富有建设性的参与式，导向型等经营管理审计上来，转变单一的监督职能，及时掌握新知识、新技术，并与国际接轨，只有这样，才能把握内部审计未来的发展方向。