第二阶段：清理整顿阶段（2009年1月11日－3月10日）。
有关执法部门采取强有力措施，对重点产品、重点区域和重点单位开展突击检查行动，依法严厉查处无证生产、滥用食品添加剂、违法添加非食用物质和不履行添加物质备案、违法添加非饲料添加剂等违法行为。追溯非法食品添加物、非饲料添加剂、使用瘦肉精等违禁药物和滥用兽药源头，依法查处其生产、销售和使用的单位和个人。采取有效措施，切断非法食品添加物的供应链。规范食品添加物、饲料添加剂的生产、流通、使用。清理未列入食品添加剂卫生标准、饲料添加剂品种目录仍在违法使用的食品添加物、非饲料添加剂品种，严厉查处违法生产销售和使用食品添加剂、饲料添加剂的行为。
第三阶段：规范巩固阶段（2009年3月11日－4月10日）。
进一步严格食品添加剂、饲料添加剂生产许可和使用经营备案制度，规范食品添加剂、饲料添加剂的生产、流通和使用。各有关部门建立针对在食品中违法添加非食用物质和滥用食品添加剂，在饲料中违法添加非饲料添加剂以及兽药滥用的监管长效机制，建立非法添加物和不合格添加剂快速追查溯源机制。严格执行食品添加剂、饲料添加剂和兽药生产经营许可制度，严把食品添加剂企业条件审查关，严厉查处企业无证生产添加剂的行为。加大对食品添加剂生产经营活动的监督力度，督促销售单位严格落实采购食品添加剂索证索票、进销货台帐制度。对销售“三无”、过期变质、无证生产以及非法食品添加物充当食品添加剂行为依法查处。依法取缔非法食品添加物加工销售的黑窝点。严格食品添加剂运输、仓储管理措施，切断非法食品添加物的供应渠道。建立食品生产企业食品添加剂使用备案制度，加强并督促餐饮经营单位落实采购对食品添加剂索证索票制度，加大巡查和监督抽检，发现仍在食品中违法添加非食用物质和滥用食品添加剂以及制售非法食品添加物的单位和个人，依法从重处理。加强食品行业诚信和自律机制建设，组织开展诚信教育活动，强化食品生产经营者的守法意识。
四、工作要求
（一）强化领导，落实责任。各乡镇、各有关部门要认真吸取“三鹿奶粉”事件的教训，以高度的责任感和强烈的紧迫感对待此次专项整治工作，成立相应的专项整治领导小组，制定具体的实施方案，并将专项整治领导小组名单和专项整治方案上报县领导小组办公室。各乡镇、各有关部门严格落实责任，建立并完善“地方政府负总责、监管部门各负其责、生产经营者为第一责任人”的责任体系，强化责任追究。依法依纪查处专项整治中的失职渎职行为，确保专项整治取得实效。
（二）密切配合，形成合力。有关执法部门要集中力量，严格执法，重拳出击，加大对在食品中违法添加非食用物质和滥用食品添加剂、在饲料中违法添加非饲料添加剂以及兽药滥用的查处力度，对重大典型案件及时公布查处结果。加强协调配合，建立并完善部门沟通协调机制和联合执法制度，形成监管合力，切实解决食品添加剂、饲料添加剂中存在的突出问题，保证专项整治取得预期效果。同时，进一步加强食品、饲料生产企业的规范化管理，健全企业诚信和自律机制，促进食品行业健康规范发展。
（三）强化监管，严查违法行为。各乡镇、各有关部门要严格按照专项整治的部署和要求，加大对在食品中违法添加非食用物质和滥用食品添加剂以及在饲料中违法添加非饲料添加剂等行为的查处力度，尤其对以“高科技”名义从事非法生产、加工、销售用于食品加工的非食用物质、赚取非法利益的不法分子，要严肃查处，依法追究刑事责任。
（四）强化宣传，营造良好氛围。要充分发挥报刊、广播、电视、网络等媒体作用，向社会广泛宣传食品中违法添加非食用物质和滥用食品添加剂的危害，大力传播正确使用食品添加剂的知识，不断提高消费者识别真假的能力，增强自我保护意识和依法维权意识。加强对食品和食品添加剂生产经营者的培训，提高自身食品安全管理水平，形成专项整治的良好氛围。