（五）负责参合农民医疗费用的审核、补偿，与定点医疗机构进行财务结算；
（六）与定点医疗机构签订医疗服务协议；
（七）监督检查定点医疗机构执行合作医疗管理政策的情况；
（八）负责全县新型农村合作医疗的业务管理和指导工作；
（九）对合作医疗运行情况提出改进意见和建议；
（十）负责全县定点医疗机构和参合农民违规案例的调查、核实和处理工作，协助民政部门做好农村大病医疗救助工作。
第十一条乡镇新型农村合作医疗管理领导小组负责辖区新型农村合作医疗的领导、组织、协调、管理工作。下设乡镇新型农村合作医疗管理分中心（简称“乡镇农合管理分中心”），为乡镇新型农村合作医疗管理领导小组的办事机构，接受县农合管理中心和乡镇合作医疗领导小组的双重领导。乡镇农合分中心设在乡镇卫生院，人员由县农合中心下派到乡镇的1人与乡镇财政所或农经站选调的1人和卫生院选调的1人共同组成。县农合中心下派人员负责乡镇农合管理分中心的工作。其主要职责：
（一）负责落实县管委会安排的各项工作任务；
（二）组织合作医疗宣传和农民筹资工作，确保领导到位、措施到位、宣传到位、参合目标到位、《就诊证》发放到位，证、册、人、款相符；
（三）协调解决合作医疗中存在的问题，并及时反馈意见和建议。
第十二条乡镇新型农村合作医疗监督领导小组负责辖区新型农村合作医疗的监督管理工作。其主要职责：
（一）落实县监委会安排的工作任务；
（二）对辖区定点医疗机构合作医疗工作实施监督。
第十三条村民委员会成立新型农村合作医疗管理和监督小组。其主要职责：
（一）宣传、动员、引导农民自愿参加新型农村合作医疗；
（二）负责筹集本村农民参合资金，并按规定及时上缴乡镇财政所；
（三）负责对参合农民进行登记、汇总、造册，并及时上报乡镇专管员；
（四）负责对本村参合农民医疗费用补偿情况进行公示；
（五）负责走访参合农民住院医药费的补偿情况；
（六）收集参合农民的意见和建议，并及时向乡镇合作医疗领导小组反馈。
第十四条各相关职能部门在新型农村合作医疗制度实施中的职责：
（一）卫生部门是全县新型农村合作医疗的主管机构，负责全县新型农村合作医疗组织、实施、联络、协调和医疗服务机构的行业管理；
（二）财政部门负责新型农村合作医疗经费和资金的拨付、管理、监督工作，以及对参合农民个人筹资的收缴审核工作，保证县级财政补助经费和参合农民补偿金及时足额到位；
（三）民政部门负责提供农村五保户、低保户和百岁老人逐人花名册，并代缴五保户、低保户和百岁老人个人参合资金部分；
（四）发改部门负责将新型农村合作医疗制度纳入国民经济和社会发展规划；
（五）广电部门负责新型农村合作医疗制度的宣传报道，开辟专栏、专题，广泛开展宣传，形成强大舆论氛围，以及公布合作医疗的重要信息；
（六）审计部门负责对新型农村合作医疗基金收支和管理情况进行年度审计；
（七）公安部门负责参合人员的户籍认定工作；
（八）食品药品监管部门负责药品的监管，依法查处非法制售假劣药品的违法行为，保证农村居民用药安全；
（九）农业部门负责新型农村合作医疗的宣传发动工作，加强信息反馈，协助资金管理，监督资金使用；
（十）人口和计生部门将新型农村合作医疗的政策、措施和相关知识纳入对育龄人群的宣传内容，配合做好相关宣传发动工作；
（十一）物价部门负责对定点医疗机构的收费项目、收费标准、药品价格进行管理，定期进行督查；