4.认为证据不足不等于无罪。在有罪推定的思维定式中，追求的是“实体真实”而不是“法律真实”，所希望达到的结果是空中楼阁式的实体正义，而不是证据规则指引下的“法律正义”。因此，执法者常常认为某人据推断就是有罪，只是证据不能形成锁链，宁可错判、轻判，而不可错放。甚至认为，你确实有罪，只是我们目前还没有确凿的证据，但关押你，判你刑总是不会错的。表现在执法时就是有的案件久拖不决、严重超期嚣押，等等。
从“有罪推定”向“无罪推定”理念的转变，是一种思维方式的转变，更是一种认识方法的转变，需要一个比较长时间的过程。除刑事诉讼法作必要的修改，确立有限制性的沉默权外，在现有的法律框架内还要在认识上有所转变。
1.正确认识探索“反对自我归罪”的规则。在我国刑诉法修改之前，检察机关办理职务犯罪侦查案件时，可以尝试使用这一规则，一是在审讯中除嫌疑人自愿交代，不得使用任何方式、任何暗示，逼迫其供述有罪，我们的重点在于怎样使其自愿交代而不翻供；二是对刑讯逼供等非法方式获得的口供应当坚决排除；三是对嫌疑人自愿供述的，检察机关可以在公诉出庭时使用量刑建议，请求法院兑现“坦白从宽”的刑事政策。
2.正确认识“证据裁判主义”证明方法。证据裁判主义是“无罪推定”的核心内容之一。在这种证据方法指导下，一是必须坚持控方举证，任何证明被追诉者有罪或无罪的责任均应由控方承担。如果控方举证不能，则承担败诉后果，这一后果不能由被追诉者承担；二是任何事实的认定都要用证据加以证实，坚决杜绝推测、猜想、假设、想当然等方法证明；三是对证据不足的案件一律不准使用“疑罪从轻”、“疑罪高挂”的方法处理，而应有罪起诉、无罪放人。
3.正确认识口供的价值。口供的价值在于印证其他证据的真实性而不是相反，要将主要精力放在搜集口供之外的证据上。在初查阶段不得接触犯罪嫌疑人，一切围绕其他证据进行；在侦查阶段要将口供作为其他证据的补强证据而不是原始证据；在审查逮捕阶段主要不是审查口供，而是审查有无逮捕的必要性；在审查起诉阶段要有对每份证据的合法性、客观性、关联性进行怀疑的勇气，而不是重点审查构成何罪。
四、从重实体轻程序向实体与程序并重的理念转变
程序公正不但是依法治国的重要标准，也是人权保护的有效途径；既是文明社会的基本要求，也是司法权威的根本基础。只有程序公正才能保证实体正义，只有程序正义才能真正构建和谐社会，才能使民众对法律、对法治充满信心。为此，笔者设想树立实体与程序并重的理念应从以下几方面入手。
1.承认程序公正的独立价值。程序既不是虚无主义的表现，也不是绝对的工具主义价值体现。程序具有独立的价值，自身必须符合正义的要求，即具有程序内容合理性原则以及不明确即无效原则。同时程序的参与者地位应得到尊重，即嫌疑人的自主意志、人格尊严和道德信仰应受到保护。在承认程序公正具有独立价值的前提下，规范我们的执法行为，彻底摈弃刑事程序碍手碍脚、妨碍惩罚犯罪的实体价值等观念，真正认识到它既有其内在的独立于实体正义存在的价值，同时也是实现刑罚效益的保证。
2.克服执法行为“随意、懒惰、无原则”现象。要使程序与实体并重必须克服本文上述的各种程序工具论的现象：一是执法时做到有计划、有规律、有预见；二是严格执行“一案三卡”制度，将执法人员的行为进一步规范，防止权力的滥用；三是查办职务犯罪讯问时，必须同步录音录像，这既是固定口供的较好方法，也是对侦查人员的有效保护；四是对违反诉讼程序的行为建立惩诫制度，一方面对非法证据坚决予以排除，另一方面对相关责任人员进行纪律处分，形成一定的保障机制。
3.改造程序结构中非正义性功能。虽然我们呼吁实体与程序并重，但现行程序法中非正义条文也为数不少，笔者建议刑诉法修改时应重点研究下列问题：一是侦查阶段赋予辩护人完全的辩护权；二是建立“非法证据排除规则”；三是对人身、财产权的限制应引入监督机制；四是研究符合中国国情的“沉默权”制度；五是建立特定证人拒绝作证制度。