（二）依法行政工作进展不平衡。《纲要》提出：“经过十年左右坚持不懈的努力，基本实现建设法治政府的目标”。自治区人民政府制定的贯彻国务院纲要的《指导意见》，从八个方面确定了推进依法行政、建设法治政府的35项主要任务，并明确规定了贯彻落实这35项任务的牵头或者协同部门，同时强调各级人民政府和各部门的主要负责人要加强领导，切实担负起贯彻落实《纲要》、全面推进依法行政第一责任人的责任，一级抓一级，逐级抓落实。从两次调研的情况看，我区的依法行政工作与《纲要》确定的目标有很大差距,地区之间、部门之间工作进展很不平衡，特别是一些基层行政机关不依法决策、不依法办事的问题还比较突出，依法行政工作呈自上而下逐级递减趋势，对依法行政“说起来重要，干起来次要，忙起来不要”并非个别现象，十年基本实现建设法治政府的目标任重道远。
（三）依法行政制度建设不完善，落实力度不够。虽然大多数地州市县政府和部门都按照《纲要》的要求，建立了科学民主决策、行政执法责任、评议考核、行政执法过错责任追究、领导干部学法等制度，但制度建设质量不高，有的只是做作样子，针对性和可操作性不强。同时，重制度建设、轻制度落实现象普遍存在，特别是执法过错责任追究制度形同虚设。
（四）立法工作需要进一步加强。社会利益格局深刻变化，政府立法工作如何平衡和正确处理各种利益关系，做好协调工作，难度越来越大。
（五）行政执法行为需要进一步规范。一些行政执法部门特别是基层，重复执法、交叉执法、多头执法、执法力量分散的现象仍然存在，执法扰民与执法缺位并存；执法权力与利益挂钩、与责任脱钩的问题还没有从根本上解决；有法不依、执法不严、违法不究的问题仍然比较突出，侵害人民群众合法权益和以权谋私的腐败现象仍时有发生。
（六）对行政行为的监督尚需强化。行政权力的监督、制约制度和机制还不够完善，行政机关内部的层级监督、人大监督和政协民主监督、社会舆论和人民群众监督的机制还没有完全建立起来，监督的联动机制尚未形成；现有的一些监督制度、制约机制也还没有很好地运作起来，监督作用尚未得到有效发挥，违法的或者不当的执法行为还不能及时得到纠正；规范性文件在制定过程中未经法制机构审查把关，违法、不当文件仍然存在，距“有件必备，有备必审，有错必纠”的要求仍有很大的差距；政府通过行政复议解决行政争议的能力，还有待进一步提高。
（七）对依法行政的考核亟待加强。对依法行政缺乏科学合理的考核指标和具体办法，重发展、轻法治，经济发展与依法行政“两张皮”的现象在一些地州市县和部门还比较突出，特别是一些领导干部把依法行政与经济发展对立起来，一谈经济发展，就不顾法律约束，擅闯法律“禁区”。
（八）政府法制理论研究工作与指导依法行政实践的要求差距很大。我区政府法制理论研究无论是“面”上的整体推动，还是“点”上的专题研讨、理论提升，均处于较低水平，业务交流、理论研讨的形式还比较单一，研究成果匮乏，与指导依法行政实践的要求还有很大差距。
（九）政府法制机构和队伍建设与所承担的职责任务极不相应。根据国务院办公厅贯彻落实纲要的《实施意见》和自治区人民政府《指导意见》对贯彻落实《纲要》分解的八个方面35项任务中，确定由政府法制机构牵头的工作有10项，协同的工作有14项；另外，确定由政府办公厅牵头需要法制办参加的工作有6项，总数合计为30项，占全部任务分工的85.7%。按照国务院规定，政府法制机构作为本级政府依法行政的参谋、助手和法律顾问，随着依法行政各项工作的逐步向前推进，任务越来越繁重。而我区的法制机构和队伍建设在全国处于落后地位，自治区法制办是目前全国仅有的6个副厅级法制办之一，在全国省级法制办中内设处室、人员编制、业务经费、交通工具等是最少的；地州市县特别是县级政府法制机构的设置、人员配备、人员素质和经费保障问题更加突出，与所承担的工作任务极不相应。各级政府法制机构和队伍建设对我区依法行政工作全面向前推进的制约日渐突出。