2.现有行刑衔接机制运行效率不高。目前，除少数省市建立了“网上衔接、信息共享”的行刑衔接运行方式外，绝大多数地区还是通过联席会议制度、案件查询、两书抄备审查(由行政执法部门主动抄送《行政处罚决定书》和《涉嫌犯罪案件移送书》)等来进行衔接。即便如此，受各种因素影响，现有制度仍没有得到充分落实。
3.衔接工作缺乏有力的组织协调。行刑衔接工作涉及多个部门，衔接机制的正常运行需要大量的协调工作。但由于缺乏强有力的部门牵头协调，导致绝大多数地区主要是通过刑事司法机关与各行政执法单位个别协调沟通、召开座谈会、个案协调会等方式来进行衔接，无法建立起覆盖所有行政执法机关、统一高效的衔接工作机制。
4.衔接范围有待于进一步扩展。(1)目前衔接的渠道比较狭窄，仅限于经济执法部门，没有扩展到所有行政执法部门。(2)衔接案件的范围狭窄，仅限于经济犯罪，而没有拓展到所有刑事犯罪案件。(3)仅限于单向衔接，过多强调的是行政执法机关与司法机关的衔接，而不是双向衔接。(4)移送案件出现不平衡的现象，如经济发达地区、垂直管理部门因行政执法的严格性、规范性相对较强，人事与拨款受地方政府影响较少，移送案件数量较多。
5.信息渠道不畅。目前，尽管一些地方建立了联席会议机制和信息流转平台，但真正通过信息共享平台或由行政执法机关定期向公安机关和检察机关通报而查处的破坏市场经济秩序的案件，仍然凤毛麟角。公安、检察机关获取涉嫌犯罪案件线索仍主要来自于群众举报、媒体曝光等。
6.对行刑衔接工作的检察监督具有局限性。首先，行政机关多具有管人、管钱、管物的权力，而检察机关为了自身发展的需要，不得不协调处理好与各个部门的关系，监督困难重重。其次，目前检察干警中比较缺乏熟悉行政执法中各行业专门知识的专业人才，势必影响监督职能的发挥。其三，法律中没有对检察机关的监督给予明确授权。
■完善行刑衔接工作机制的思考
(一)完善相关立法。
1.确立行政刑法的立法模式，明确犯罪的判断标准和移送的法律依据。行政刑法是指国家为了实现维护和分配公共利益的行政目的，将违反行政法规范同时又触犯国家刑律的行为规定为行政犯罪行为，并追究其法律责任的法律规范的总称。其中，行政犯罪行为既不同于一般行政违法行为，也有别于普通刑事犯罪行为，而是行政违法和刑事违法相交叉而形成的双重违法行为。行政刑法规范，也是一种特殊的、双层次的法律规范，而不同于一般的行政法律规范和一般的罪行规范。从行刑衔接的角度看，笔者认为，应当改变“空白刑法规范”的立法模式，在行政法律中明确犯罪的判断标准和移送的法律依据，以利于行政执法人员在行刑衔接时遵照执行。
2.完善刑法第四百零二条的规定。将故意或重大过失不移送刑事案件，行政机关集体决定的不移送刑事案件等情形纳入刑法规制的范围，严密法网。
3.明确检察机关对行刑衔接的法律监督权。在修订人民检察院组织法时，明确规定检察机关对行政执法机关、行政执法人员移送刑事案件的法律监督权，将检察机关的立案监督权延伸至行政执法领域。
4.完善证据法有关规定。对行政执法阶段收集的证据在刑事诉讼中的法律地位作出符合诉讼规律的规定和解释，对行政案件证据向刑事证据的自然转换进行规范，有效解决行政执法机关收集证据的使用问题。比如，修改刑事诉讼法中的刑事证据规则:一是对于立案前公安机关、检察机关提前介入的案件所提取的证据，应视为刑事证据，赋予其独立的法律地位。二是对于鉴定结论、检验报告等证据材料，只需进行形式审查，即可决定能否在刑事诉讼中使用。三是对于行政执法过程中收集的询问笔录等言词证据，如果在移送的证据中只有言词证据，或言词证据与其他证据相矛盾，应否定该类证据的转化。在刑事诉讼法第八十九条增加规定，公安机关、人民检察院对于行政执法机关、监察机关依法移送的涉嫌犯罪案件的相关证据材料，应当根据本章规定进行审查，对于收集程序合法并能够相互印证的证据材料可以在刑事诉讼中使用。