1.“新三会”与“老三会”的冲突
尽管不少国有企业改革之后实行混合所有制，成立董事会、监事会以及股东大会。实际上，依然还是有不少的企业依然存在党代会、职代会和工会，两种模式在观念上的冲突剧烈：“新三会”是现代企业制度的法人治理结构模式，股东是企业的所有者，股东委托董事会进行企业的管理运作；“老三会”是传统企业的管理模式，职工是企业的主人。两轨并存的企业，必然会出现“新、老三会”在权益分配上的矛盾。
2.核心高管职位配置不当
企业核心高管职位的配置实际象征着控制权的分配。对于国有控股的混合所有制企业来说，董事长的任命权掌握在管辖该国企的国资委手中，其他高管层的选择也容易受到政治影响——如总经理的职位，虽说是由董事长任命，但是也需要经过政府的考察才能上任。因此，对于国有控股的企业来说，国有资本掌握的实际控制权较多，“一股独大”的现象普遍，可能再次出现改革之前的行政化状态，僵化企业的结构和日常运营。
3.中层领导对于新晋升机制的抵制
由各级政府参与投资并控制的国企大多是关乎国计民生的重点行业，因而在国企控制权的安排上独具匠心，国企逐步形成了一套特色的人事任免体系。
混合所有制改革之后，国企“至上而下”的人事任免体系和内部晋升渠道与公司制企业的人才考核方式不一样，对中层领导来说累积的政治资源和晋升机会被新的人才培养机制破坏，使得其对于混合所有制改革抵触情绪比其他既得利益者更大。
4.任人唯亲现象存在
国有企业明显的层级结构，在混合所有制改革之后依然存在。在中国传统文化背景中，大多数人更愿意采取抱团行动的方式来降低个人遇到伤害时的风险。这在一定程度上决定了领导更愿意提携和自己合得来的人，而不是选择与自己能力互补的人。这种极具官僚气息的抱团现象极大的阻碍了公司决策的制定和推行。
四、国有控股混合所有制下领导架构的治理优化建议
1.完善股权结构，合理制衡权力
当国有大股东和非国有大股东的持股比例适中时，多个大股东并存的股权结构可以起到良好的制衡作用，避免一股独大的“一言堂”和“隧道掏空”（指控股股东通过证券回购、资产转移、转移定价等方式将底层公司的资产转移到其自己手中，从而使得底层公司小股东的利益受到侵害的行为）行为出现。根据调查数据显示，在改制的企业中，法定代表人和财务负责人仍然由原国企的相应干部留任。董事会是公司的核心决策机构，第二大股东应争取在董事会中派驻董事，进驻核心职位，增加其话语权和控制权。同时，多个大股东之间可以事先约定核心职位的安排，将控制权合理地进行配置，在公司的重大战略方向的制定上保证更公正有效地进行决策。
制衡第一大股东的另一种方法就是发挥独立董事的作用。引导建立公正的独立董事选拔程序，削弱第一大股东对于独立董事直接安排的权力。公司的其他投资者要积极参与关于选举独立董事的会议，对于不满意的选拔提出异议，将提名独立董事作为董事会的权力，而非董事长的权力。
2.发挥“老三会”作用，淡化“新、老三会”冲突