海防与塞防之争的第一阶段，即“复奏”阶段，表现为防俄与防日之争，是一个空间问题。争论的实质是，沙俄和日本谁是中国最大的敌人？对此，清王朝内部出现了防日派和防俄派。军机大臣兼总理衙门大臣文祥、直隶总督李鸿章、原江苏巡抚丁日昌、浙江巡抚杨昌睿、两江总督李宗羲等认为，日本是清朝最大的敌人。“复奏”阶段，朝廷收到的第一个奏折就是文祥的（同治十三年十月十八日），他认为防日是当务之急，而购铁甲舰是防日的必备武器。文祥称：“目前所难缓者，惟防日本为尤亟。以时局论之，日本与闽浙一苇可航。倭人习惯食言，此番退兵，不能保其必无后患”；“日本东洋一小国耳，新习西洋兵法，仅购铁甲船二只，竟敢借端发难。……此次之迁就了事，实以制备未齐之故，若再因循泄沓而不殛求整顿，一旦生变，更形棘手。”直隶总督李鸿章曾“对于中国在反对西方侵略的斗争中实现中日合作，抱有某种模糊的希望”，称日本与我为近邻，“笼络之或为我用，拒绝之则必为我仇”。１８７４年日本入侵台湾，李鸿章改变了对日本的看法，彻底放弃“联日制俄”策略，转而力主“联俄制日”，他确信，清朝的边患已由西北陆疆转到东南海疆；清朝的最大威胁不是英国和沙俄，而是“阴柔而有远志”的日本。李鸿章后来承认不惜暂弃新疆，全力经营海防，打造北洋海军，主要是为了抵御日本。原江苏巡抚丁日昌认为日俄之间，日本更可怕：俄人对我“不过得步进步，志在蚕食，不在鲸吞”；倭寇则“志在鲸吞，而不在蚕食”。浙江巡抚杨昌睿、两江总督李宗羲都认为，台湾为清朝第一门户、防海之要地，“此倭人所以垂涎也”。李鸿章等洋务派，在海防问题上虽有“海防论”和“江防论”之分；在购买军舰问题上有“造舰派”和“买舰派”之别，但他们的防御方向都是出兵台湾、窥视中国的东洋日本。与此同时，醇亲王奕环、盛京将军都兴阿、漕运总督署山东巡抚文彬、江苏巡抚吴元炳、山东巡抚丁宝桢等认为沙俄是最大的敌人，当务之急是“严备俄夷”。山东巡抚丁宝桢在奏折中对日俄两国的分析，得出了与丁日昌完全相反的结论，他说：“各国之患，四股之病，患远而轻，俄人之患，心腹之疾，患近而重”。醇亲王奕环把文彬、吴元炳、丁宝桢等人的“严备俄夷论”，称为“急应筹办要务，切近之忧，甚于海防。”通政使于凌辰的奏折（光绪元年二月二十七日）称“外患莫大于俄夷，尤莫急于东北”。湖南巡抚王文韶则认为，“防俄之急，在西北”。于是，防俄派又有“东北”和“西北”之不同。
海防与塞防之争的第二阶段，即“廷议”阶段，表现为传统与现实之争，是一个时间问题。争论的实质是何以救国，是固守封建礼教典章制度，还是学习西方现代文明？为此，清王朝内部形成了传统派和洋务派。以大理寺少卿王家壁、通政使于凌辰为代表的传统派，梦想以“天朝上国”文物制度抗衡西方工业文明，以“天朝礼治文化”应对西方强权政治；固守“重陆轻海、重北轻南”传统观念，无视西方列强已从陆海两面入侵的现实，反对学习西方，反对筹建海防，并认为李鸿章的海防主张和洋务活动是“以夷变夏”，是卖国。通政使于凌辰的奏折（光绪元年二月二十七日）称，在“复奏”阶段疆臣的奏折中，诸如“战胜在朝廷，固结民心，预防俄夷，专重陆军皆切中要肯”；“惟丁日昌、李鸿章罗列洋人造船，简器；复请各督抚设立洋学局，另立洋务进取格，是讨好外夷。”他认为“布置一切防夷事宜，非不简器，但修我陆战之备，不必争利海中也；非不练兵，但固我士卒之心，结以忠义，不必洋人机巧也”。值得注意的是，传统派因反对海防，而主张塞防，与左宗棠的塞防主张有本质区别，并非出于国家战略考虑，而是认为西北是“祖宗基业”，万不能丢；其思想深处仍以大国心态评价日本，对日本的强盛不以为然。１８７４年４月１７日《申报》之《再论东洋将征台湾事》称：“该国因得西式之船，效西式之兵法，不过如此而已。……东洋人且不忘其己之为国不过区区，中国之为邦严严广大也。”[11]认为日本效法泰西，也不能改变其小国寡民之地位。从本质上讲，传统派反对海防，是反对洋务，反对变法，反对学习西方。李鸿章等洋务派面对现实，承认落后，坚决主张“舍变法用人”不足以自强；舍洋务不足以御侮。传统与现实之争，是海防与塞防争论的深化，争论的实质是何以救国，是固守传统礼教还是承认现实？是坚守封建典章制度还是引进西方现代文明？
晚清海防与塞防之争论，从“复奏”阶段到“廷议”阶段，经历了一个从空间意义到时间意义的转化过程，是一个逐步深化的过程，防日与防俄之争是表象，传统与现实之争才是实质。“复奏”阶段的防日派往往是“廷议”阶段的现实派；“复奏”阶段的防俄派大多是“廷议”阶段的传统派（左宗棠事实上是海防与塞防并重论者，不是“塞防派”），防俄的背后是重陆轻海。只有把海防与塞防之争放在“更为绵长的时间里和更为广阔的空间里”，才能发现海防与塞防之争何以发生；只有通过海防与塞防争论过程中从空间意义向时间意义之转化及其互动关系，才能发现争论背后的实质问题。海防与塞防争论的结果，清政府选择了海防与塞防并重，即防日与防俄并重、西北与东南并重；既保证台湾的安全，又维护新疆的完整，既维护了传统又关照了现实，是一种典型的理想主义选择。但实践证明，海防与塞防并重战略，既不能改变清政府面临的安全环境，更不能消除来自陆海两面的威胁。