回到思想政治教育学原理体系来看，我们必须明确下面两个问题：第一，我们原先建构这一体系的逻辑思路是什么？第二，我们如果要变更这种体系，新的逻辑思路又是什么？
如果从教育活动的分类看，是否可以按照当年马克思分析生产活动时的逻辑，即引起、调整和控制的逻辑思路？这样一来，是否能将整个教育活动看成是学、教、管三大领域交互作用的过程？每个领域都有自己的核心概念，如学生领域的学生学习、学生发展，教师领域的教学论、课程论、教育过程等，教育管理领域的决策、教育资源的有效配置、教育队伍建设等。在此基础上，再将教育活动界分为教育传播、教育认同、教育内化、教育协同等。
关键问题是，表征这些教育活动属性和特点的基本概念是什么，我们学科的概念群是什么？实际上，搞清楚这些基本概念的相互关系，就明确了思想政治教育学原理的基本体系。
二、思想政治教育学基本理论和基本范畴的内涵还需进一步明晰和优化
思想政治教育学原理多年来致力于明确自己的基本理论和基本范畴，特别是对基本理论的探索可谓殚精竭虑，但目前学界同仁对既有研究成果的学术确认程度还需不断提高，即人们的理论共识程度还不高。原因之一在于思想政治教育学原理理论形态的表现还不够饱满。
那么怎样的理论形态才算是饱满呢？不妨借用英国著名科学哲学家拉卡托斯提出的“科学研究纲领”来作比喻。他所说的科学研究纲领实际上就是一个具有严密内在结构、处在不断发展变化状态的理论体系，它由“硬核”“保护带”“反面启示法”“正面启示法”这四个相互联系的部分构成。所谓硬核，是指不可证伪的理论或无法拒绝的公理，它一般由若干个最能反映这种理论体系特征的核心概念组成。这些硬核为研究者从事科学研究提供了一个基本的理论框架。如果这些硬核受到反驳或否定，整个理论体系就受到反驳或否定。所谓保护带，是指一组附属性假说或假设，这些假说或假设可以通过科学研究或经验证据来加以检验、证伪或拒绝。保护带的作用是保护硬核不受经验事实的反驳或否定。保护带本身可以被修改、调整和替换。所谓反面启示法，简单说来就是在研究中“告诉我们要避免哪些研究道路”的方法论规则。所谓正面启示法，则是“告诉我们要寻求哪些道路”的方法论规则。［1]
我们也可以将这种理论改换一种说法，即一个立得住脚的学科的理论体系，应该由三部分构成，即理论硬核、中层理论和表层理论。理论硬核居于整个理论体系的核心，起统摄作用；中层理论起连接理论硬核与表层理论的作用，它一方面对理论硬核起保护、辩护和具体化的作用，另一方面又起支持、涵养、修补受到外部冲击而不断破损的表层理论的作用；表层理论在外围对包括自身在内的整个理论体系进行保护、调整、修复、更新等。三种成分有不同的特征，理论硬核基本是稳定不变的，是不容怀疑的，有时甚至是不可定义的。中层理论则成为一种既稳定又有变化的“缓释缓冲带”，过于抽象的理论硬核经由它的诠释可以变得具体而明确，而外部实践对理论硬核所发起的质疑、否定与冲击则经由它的解释而得以和缓、化解或消退。同时，中层理论又会不断支撑、修复和调整受到外部环境强力冲击、经常处于破损状态的表层理论，让它们继续发挥具体化、世俗化、通俗化、生活化的解释、说服、激励等功能。更通俗地讲，在哲学社会科学研究中，历来的传统是比较讲究宏大叙事式的抽象研究，它们后来被人们称之为宏观研究。这种宏观研究比较抽象，无法经由人们的生活经验所验证或证实，缺乏操作性。于是，近现代兴起的实证主义特别是行为主义就大力主张微观研究，但这种研究又太具象琐碎，缺乏普遍性和通用性。在这种情况下，有人就提出要注重中层理论的研究，它是介于抽象综合性理论与具体经验性命题两者之间的中观理论，能够实现宏观理论与微观理论两者的联结。
思想政治教育学原理所阐释的基本理论是否也表现出这样一种由理论硬核、中层理论和表层理论所组成的理论结构或理论体系（或形成由宏观理论、中观理论与微观理论相统一的某种结构）？甚至更进一步说，这些不同形态和结构层次的理论在功能发挥上是否已起到相互支撑、相互印证、相互补充的作用？应该承认，思想政治教育学原理的理论形态在目前还没有如上的清晰表现，或者说如果现有的理论形态已初步具备三种理论表现，但至少形态还不丰满，结构还不完整，如目前比较缺乏宏观理论和中观理论，因此有学者大力呼吁建设宏观思想政治教育学。目前的微观理论尽管十分丰富，但大都在事务工作层面驻留或徘徊，缺乏理论提升和经验凝练。至于目前最缺乏的中层理论方面，我们至今还提不出属于本学科的中层理论。目前所用的中层理论，基本上都是借鉴其他学科而来，并且不清楚怎样才能生产自己的中层理论，或者从怎样的实践基础上总结与凝炼出管用的中层理论。
更值得关注的问题是，目前在思想政治教育学科建设中存在着思想理论建设与学生实务工作两大领域的不同话语如何交集的问题。也就是说，以思想政治教育学科建设为主的一批研究者所使用的一套理论研究话语与高校从事大学生思想政治教育实务工作者所运用的工作话语两者之间缺乏必要的交汇，或者说两套话语成为不相交的“两张皮”。一方面，从事思想政治教育学科建设的教学科研人员，由于自身的教学和科研特点所驱使，比较倾向于关注思想理论建设方面的问题，而对大学生日常思想政治教育的现实观照不够，尤其对大学生思想政治教育的实践经验缺乏有效总结、概括和凝练。另一方面，高校从事大学生思想政治教育实务工作的人员对思想政治教育学科建设的成果也缺乏关注，他们通行着学生工作的一套话语，对目前思想政治教育学科的理论知识处于一种可有可无的随机选择之中，甚至不认为思想政治教育学科是自身开展学生工作的支撑学科，他们所了解的少许思想政治教育学原理也没有成为指导自己工作的工具。但他们同时又迫切希望有一定的理论指导，于是有一些人员主张建立一门能够更直接指导自己实务工作的“辅导员学”。从以上两方面的情况看，这种话语体系“两张皮”现象的存在，直接影响着思想政治教育学建构相关中层理论的进程，于是到目前为止，思想政治教育学还没有产生令其他学科学者也有所称道的中层理论。而其他学科都有一些不仅有令本学科学者钟情的中层理论，而且这些理论也被他学科的一些学者所知晓并采用，如思想政治教育学的研究者几乎都知晓心理学方面的一些中层理论，如费斯廷格的“认知不协调理论”、维果茨基的“最近发展区理论”等。这些年来，我们热衷于开展“三观教育”（无论是俗称的“大三观”即世界观、人生观和价值观，还是俗称的“小三观”即价值观、政治观和道德观），但这方面的成功经验尚未凝练和抽象出一定的理论，更没有产生响当当的学术影响力。按理说，我们注意将“三观”统一起来进行教育，是最有希望推出一定的理论成果的，但至少到目前还没有。而其他国家不把“三观”之类统合起来教育，如美国的政治教育（政治社会化）和道德教育分别由政治学学者与道德教育专家进行研究，前者如派伊、海曼、戴维·伊斯顿等，后者如柯尔伯格等，他们之间的研究并没有交集，但居然都提出了令人关注的理论观点。