吴汝纶所开大学堂国学书目包括“经、史、文、诗”四个部分，这种书目分类法显然是取法于传统中国图书经、史、子、集四部分类法，相当程度上保证了所列书目能系统、完整地传承国学。仔细推敲，也不难看出吴汝纶的书目分类法与古代中国图书的经、史、子、集四部分类法稍有差异。其差异一是剔除了“子”部，二是将“集”部中的文、诗分列出来。所以剔除诸子各家文章，显然与吴汝纶的学术立场有关。桐城派以古文名世，是清代影响最大的文学派别，桐城派还为清代理学的中坚，以维护程朱理学为己任。吴汝纶作为桐城古文一派末代领袖，对文、诗的重视与强调，对诸子之学的排斥都在情理之中。
吴汝纶所列书目带有很强的学派倾向，这种倾向不仅体现为对诸子的排斥，对诗、文的重视，还体现在其推荐的文部书目中，仅列《古文辞类纂》一书，足见他对桐城派古文的重视。《古文辞类纂》系桐城派三祖之一姚鼐所编，为桐城派的第一部古文选本。吴汝纶将该书列为大学堂学生学习国学的重要内容，是试图在大学堂的教育实践中实现与传承个人与学派的文化观。
吴汝纶所开《学堂书目》还带有很强的政治倾向。吴汝纶在26岁时就入曾国藩幕，先后在曾国藩幕府、李鸿章幕府中长期任职，是晚清湘军军阀集团与淮系军阀集团的重要成员。这一特殊经历本身就带有很强的政治倾向，这种政治倾向在其所列书目中的史部表现得尤为明显。上述史部所选书籍共15部，其中5部则与湘军、淮军有着密切关系，比例不可谓不重。这5部书籍分别为胡林翼所辑《读史兵略》；王闿运所著《湘军志》，该书为王闿运应曾国荃之请而作；周世澄所撰《淮军平捻记》，赵烈文为该书作序；朱仲武所撰《中兴将帅传》，朱仲武曾为曾国藩幕僚；李元度所编《先正事略》，曾国藩为该书作序。
值得注意的是，吴汝纶在《学堂书目》中还特别举出“中国专门学”阶段。从吴汝纶的安排看，“中国专门学”的学习年龄在二十岁后，为大学堂阶段后的专门教学，有些类似今天的研究生阶段的学习。为说明问题，现将其书目列于后：
经部书目有：“《十三经注疏》《易》(李鼎祚《集解》、欧阳公《易童子问》《程传》《汉上易传》)、《书》(吴文正公《纂言》、阎氏《尚书疏证》、孙氏《今古文注疏》)、《诗》(欧阳公《诗本义》、吕氏《读诗记》、陈硕甫《毛诗传疏》)、《仪礼》(朱子《经传通解》《钦定义疏》、胡竹邨《仪礼正义》)、《周礼》(王荆公《周官新义》《钦定义疏》)、《礼记》(卫正叔《集解》《钦定义疏》、夏氏《训纂》)、《左传》(顾氏《杜解补正》、顾氏《春秋大事表》、李氏《贾服注辑述》)、《公羊》(孔氏《通义》)、《穀梁》(钟氏补注)、《尔雅》(郝氏义疏)、《论语》(古注集笺、朱子集注)、《孟子》(朱子《集注》、焦氏《正义》)、《大戴礼》(孔氏补注)、《逸周书》(卢氏校本)、《说文》(段氏注、朱氏通训定声)、《广雅》(王氏疏证)、《韵学》(《广韵》《集韵》、吴才老《韵补》、顾氏《唐韵正》《佩文广韵汇编》)、《群经》(秦氏《五礼通考》、王氏《经义述闻》)。”
史部书目有：“《后汉书》《三国志》《新唐书》《新五代》《明史》《通鉴纪事本末》、李焘《续通鉴长编》、毕氏《续通鉴》《明纪》《宋名臣言行录》《贞观政要》《唐鉴》《国朝开国方略》《三朝实录》《十朝东华录》《国朝名人碑传集》《三通》《大清会典》《两汉纪》《唐六典》《开元礼》《唐律疏议》《明律》《大清律例》。”
子部书目有：“《老子》《庄子》《荀子》《楚辞》《韩非子》《吕览》《管子》《淮南子》《法言》《太玄》。”
集部书目有：“《文选》《古文辞类纂》(读碑志、辞、赋、哀祭)、曾文正公《经史百家杂钞》《十八家诗钞》、王姚诗选(增杜韩五言古、韩致尧元遗山五七律)、韩集、柳集、李习之集、欧集、王集、曾集、三苏集、归太仆集(以上文)；曹子建集、陶集、杜集、李太白集、李义山集、杜牧之集、黄集、陆放翁集、元遗山集(以上诗，韩、柳、欧、苏等诗已具在文集中)、陆宣公奏议，程、朱、陆、王集。”*
吴汝纶在大学堂阶段之后设置“中国专门学”，显示出他对于传承中华传统文化的真知灼见。中国国学博大精深，有必要在大学阶段之后再设立“专门学”进行系统、深入的学习、研究。与吴汝纶为大学堂阶段开列的国学书目相较，“中国专门学”阶段的书目有所不同：一是书目数量大幅增多，所列书目几乎囊括了中国历代国学典籍精华；二是书目分类有所不同，大学堂阶段的国学书目是分为经、史、文、诗四类，“中国专门学”则严格沿袭传统图书经、史、子、集四部分类法，有效地保证了所选书目的覆盖面。三是书目的选择覆盖面广、系统性强，这在史部书目与子部书目中表现得尤为清晰，史部书目涉及自汉至清的历朝史书，子部则基本收入了诸子各家的代表之作。总体来看，吴汝纶为“中国专门学”阶段开设的书目的倾向性并不明显，但这种倾向性仍然存在，如在集部书目中所列的姚鼐所编《古文辞类纂》与曾国藩所编《经史百家杂钞》就是明证。
二
由于京师大学堂在近代中国高等教育发展史上先行者的地位，故吴汝纶在《学堂书目》中有关大学堂阶段国学读书书目的设计就具有开创性的文化意义。吴汝纶之后，专为大学“国学”学习开设读书书目的近代学者不乏其人，其中以梁启超与胡适所开书目最有代表性。
1922年，胡适应清华学校学生胡敦元等4人要求而开列了《一个最低限度的国学书目》。清华学校为清华大学的前身，原为留美预备学校，分为中等科与高等科。1921年，高等科四年级改为大学一年级。至1925年，清华学校设立大学部，正式向完全大学过渡。
胡适所开书目列有184种书籍，其中工具书14种，思想史92种，文学史78种。该书目在《读书杂志》1922年第7期刊出后，清华学校学生主办的《清华周刊》的一位记者即来信质疑胡适所开书目范围过窄过深。1923年4月26日，梁启超应《清华周刊》之邀撰写了《国学入门书要目及其读法》。梁启超撰写的这篇文章及开设的书目相当程度上也是对胡适所开书目的直接回应。
胡适、梁启超在1922年至1923年间就国学书目展开论争时均在大学担任教职。梁启超在1920年以后即将重心由政治转向大学教学，1921年，他受邀在南开大学开设中国文化史讲座，1922年2月他又被清华学校聘为讲师，后又在清华大学国学研究院担任导师。胡适开列《一个最低限度的国学书目》时在北京大学任教，加之胡适的书目为应清华学校学生之邀而作，梁启超的书目为应《清华周刊》之邀而作，故两人所列的国学书目当主要以大学生为主要对象。