一些国际组织也在这一行动进程中积极发声。联合国教科文组织在1988年发表的《利马宣言》（Lima Declaration）中建议重组高等教育机构，维护其在运行过程中的自主管理权力以及独立性[3]。同年发表的《欧洲大学宪章》（Magna Charta Universitatum）指出，大学是一个独立自主的机构，通过研究与教学审慎地创造与传播文化，为满足当今世界发展的需要，大学的研究与教学必须在道义以及智力上独立于整个政治权威、经济权威以及思想意识权威。1999年，旨在推动共同建设欧洲高等教育区而签署的《博洛尼亚宣言》（Bologna Declaration）强调，大学的独立与自治是高等教育与研究系统不断适应需求之转变、社会之希望及科技进步之能力。2009年，欧盟组织在发布的《布拉格宣言》（Prague Declaration）中再次强调，只有提高现代大学的自治能力，才能灵活提升现代大学在一系列教学以及学术研究工作中的创新能力，才能使现代大学更加自如地应对社会的剧变[4]。同年恰逢《博洛尼亚宣言》实施十周年，进程报告《鲁汶公报》（Leuven Communique）提及了2010～2020年欧洲教育发展的战略目标，也要求政府充分放权给高校，并予以政策与财政支持，促进高等教育更充分灵活的发展。对此，欧盟委员会给予政府教育职能部门必须提供充足的资金支持以保障高等教育与研究的持续健康发展、鼓励与吸引社会团体与其它机构对高等教育进行投资与扶持等建议，明确将国家角色定位于高等教育发展的调整者与推动者而非供给者[5]。
二、现代欧洲大学自治之表征
博洛尼亚进程对知识欧洲的追求强化了现代欧洲大学的地位，在高等教育一体化建设的进程中，自主办学、学术自治、社会公平的概念已提升至欧洲价值观的高度，逐渐进入欧洲主流意识形态并影响了许多国家的教育政策。在近些年，部分欧洲国家掀起的拯救大学于危机时刻的改革浪潮中，其高等教育方面的政策均呈现出放松管制、组织自治以及更加关切个体公民的特征，大学逐渐摆脱国家的控制而演化成欧洲舞台上一支关键与独立的力量。以下我们将根据托马斯·埃斯特曼（Thomas Estermann）对高等教育自治的研究分类，主要从组织、财政、人事以及学术四个维度审视现代欧洲大学的治理结构。
（一）组织自治
大学不单纯是简单的高等教育机构，它是一个极其复杂又自成完整体系的有机组织，每一部门根据特定分工执行专门职能，各项任务又以各种方式经人们共同完成。追求大学组织机构良性运作的目的在于通过健全的治理机制分配、制约、协调好利益相关者间的各种权力，以最终实现大学目标。
目前欧洲大学内部主要以双元制与单一制两种治理架构为主。多数国家秉持前者模式，即治理实体由董事会（委员会/理事会）与评议会构成，董事会通常负责为学校的长远发展保驾护航，评议会负责决议学校的具体学术事项，各机构间分工明确，共同维护大学的平稳运行。挪威、丹麦、瑞典、匈牙利等少数国家实行单一治理结构，即大学发展的所有事项均由一个决策主体负责。此外，受新公共管理主义的影响，外部利益相关者也开始不断介入现代欧洲大学的治理过程，且欧洲高等教育区建设之所以能够按照年度议程不断向前推进的一个重要原因就是充分发挥了利益相关者的作用。在欧盟机构的协调管理下，各利益主体以“多层治理”理论为指导，遵循尊重差异、协同发展、非强制操作的原则，共同管理大学事务。
大学校长构成了现代欧洲大学自治制度的核心，他们是学校的主要执行领导人，其选拔程序大体存在四种模式：一是由群众选举出的专门选举委员会投票选举，见于比利时、爱沙尼亚等国家；二是由学校评议会投票选举，在匈牙利、罗马尼亚等国如此；三是由学校理事会直接任命，在卢森堡、丹麦等国实行这一模式；最后一种是由学校董事会和评议会联合推举产生。多数国家的政府机构会介入大学校长的选拔过程，如意大利、冰岛、希腊等一些国家的大学校长要由教育部长（或高等教育部长）直接任命；捷克、斯洛伐克等国大学校长由国家或州政府首脑确认；西班牙大学校长由地方政府任命等。关于校长的竞选资格，多数国家也都有相关规定。一般而言，校长都在本校或外校的全职教授中产生，也有像丹麦、挪威等少数国家大学校长不受学者身份的限制。每届校长任期根据法律条款3～4年不等，多数国家可连任一届。除英国、荷兰、丹麦、意大利、芬兰、爱尔兰、爱沙尼亚、塞浦路斯、瑞士没有关于校长解聘的法律条款外，其余国家皆有相关条例，多数国家将校长的解聘权交由大学，在大学校长出现严重行为不当或违纪的情况下可将其解除。校长与大学治理实体的关系主要有两种，一是校长独立但向治理实体负责，二是校长隶属于治理实体，其中后者要占绝大多数。
在欧洲大学协会（European University Association，EUA）追踪的高等教育系统中，约三分之二的成员允许大学在国家法律规定的框架内自主确定内部学术结构，并主要由教授治校、教授治学，其余国家在确定大学内部学术结构时或多或少会受到外部力量的限制，如卢森堡、塞浦路斯、斯洛伐克三国未经法律许可，大学不得随意建立或调整院系以及其它管理部门；土耳其和希腊的大学可自行设立一些院系，但要经过国家高等教育委员会的批准。