孔子是中国哲学的开端，牟宗三对孔子的评价自然极高。但是，牟宗三在其《历史哲学》一书中讲孔子时，只有三句话：
孔子通体是文化生命，满腔是文化理想，表现而为通体是德慧。其表现也，必根于仁而贯通着礼。此与耶稣、释迦，绝然不同。[2]（P104）
牟宗三充分肯定了在孔子的文化生命、文化理想和德慧之中“根于仁而贯通着礼”。“仁”是就“仁义”说的，“礼”是就“周文”说的。一方面，“仁义”的观念是孔子根据“周文”的合理性而反省、总结和概括出来的形而上的原理；另一方面，“仁义”一经孔子把握和确定以后，就在历史文化演进的脉络中和“周文”贯通与衔接起来，为中国的思想和文化开出一个前所未有的新方向，与此同时，笼罩在历史烟雾中的“周文”的合理性也得到了充分的肯定与彰显。牟宗三说：
现实的周文以及前此圣王之用心及累积，一经孔子勘破，乃统体是道。是以孔子之点醒乃是形式之涌现，典型之成立。孔子以前，此典型隐而不彰。孔子以后，只是此典型之继体。此谓大圣人之创造。[2]（P111）
一方面，牟宗三厘清了居于孔子思想中心的“仁”这一最为重要的概念的意涵，将“仁”提高到形上学的层面，打破了传统训诂学的拘泥纠缠和经学的僵化教条，使人清楚地意识到“孔子之仁体即宇宙之仁体”，“仁”“乃宇宙之悲怀”，“跨越形骸之间隔，而与天地万物为一体，通家、国、天下而为一”。孔子的“文化生命”与“文化理想”不仅是其“仁心”、“仁体”在现实社会中的表露与呈现，而且实化“为一人格世界中之人伦之至”的典范。另一方面，牟宗三指出孔子思想与“周文”的关系，即对“周文”的高度理性反省与承续，此即“仁义与周文得其粘合性，而周文遂得以被肯定”。
牟宗三在其《中国哲学十九讲》中明确地说“周文疲弊”[1]（P87）了，那么为什么“周文”还要“被肯定”呢？显然，这里对于“周文”的“肯定”并非一种形式上的肯定，而是哲学义理与文化根源上的肯定，即肯定“仁义”在哲学义理与文化根源上离不开“周文”之“王心”，即“亲亲”（“仁”）与“尊尊”（“义”）的精神和观念。这说明虽然“周文已疲”，但是“周文”中有真精神、活精神在焉。因此，“周文”不可全盘否定与摒弃。在孔子以前，“仁义”之道的原始典型隐而不彰；及至“周文已疲”，益发隐而无闻；自孔子出，则发掘与创造了斯道的典型，并活脱现世；“孔子以后，只是此典型之继体”。所以，牟宗三说“精神，在周文之肯定中，全体得其彰著，见其通透”，并“与个人生命、民族生命相契接”。在某种意义上说，孔子对于“周文”的肯定，不仅仅是形式上的“损益”，而是精神生命上的重大创造。这是孔子的创造，在哲学义理与文化方向上树立了万世之典范。
孔子不仅反省与肯定了“周文”的合理性而提出“仁义”的概念，而且以他所特有的方式，深刻地反省与处理了中国文化老传统中的“性与天道”问题，贯通了天人性命，为中国哲学与文化的发展开辟了一个非实体主义的方向，奠定了一种“文化生命”观的坚实基础。
三、“性与天道”：“超越的遥契”或“超越的契悟”
在中国哲学与文化的历史上，“性与天道”是在孔子以前就存在的一个十分古老的传统，并不是孔子最先提出来的。但是，这不表示孔子不关心这一传统问题。事实上，是否承认孔子具有“性与天道”思想的洞见，是一个十分重大的问题。这一问题不仅关涉儒学是否具有宗教的超越性的面向问题，而且牵连到儒学发展这一面向是否合法的问题。因此，对儒学来说，“性与天道”的问题，是一个不可回避的尖锐问题。众所周知，这一问题是由《论语？公冶长》中记载的子贡的一段话所引出的。子贡说：
夫子之文章，可得而闻也；夫子之言性与天道，不可得而闻也！
这段话大意是说，孔子一生的追求和事业（即所谓“文章”，古人也称为“道德文章”）是可以闻见而知道的，但孔子对于“性与天道”问题的看法，就难以知道和了解了。子贡所说的“不可得闻”究竟是什么意思呢？历来有两种不同的理解：一种说法是孔子认为“性与天道”的问题过于玄妙深奥，索性根本不谈论；一种说法是孔子并非不讲“性与天道”的问题，只是这一问题不易为一般的青年学生所领悟，孔子主张“因材施教”，所以对于大多数学生都很少提及。牟宗三提出了第三种解释，认为子贡说出“不可得而闻”这句话的时候，年龄一定不小了，在最低限度上也能嗅出其中的些许意味，相对于乃师孔夫子来说，他只能是略懂一点“性与天道”的道理。尽管如此，子贡已经是很了不起了。因此，子贡所谓“不可得而闻”一语，其实是对于孔子的赞叹。这一赞叹，表示子贡对于“性与天道”有若干的解悟。
牟宗三说：“天道与性稍不同。帝、天、天道、天命之观念是显著之老传统，孔子对之自极亲切而熟习，何以亦可说孔子不常言？纵或言之，何以子贡竟亦不可得而闻？此亦必有可得而言者。”[3]（P228）仅从《论语》看，孔子的确很少谈论“性与天道”的问题，但孔子五十而读《易经》，韦编三绝，并对《易经》赞赏不止，说明孔子对《易经》下过一番功夫1，而《易经》的中心是贯通“性与天道”。事实也证明了这一点。2对于孔子的“性与天道”思想，牟宗三在20世纪60年代初期与末期的两部著作《中国哲学的特质》3与《心体与性体》第一册中均做过相当深入的探讨，并做出了大致相同的诠释，可以称之为“超越的遥契”说（简称“遥契”说或“契悟”说）。“超越的遥契”说（或“超越的契悟”说）乃是相对于“内在的遥契”说而言的。孔子暂时撇开从外在的“天命”、“天道”的老传统说“性”，而是从内在的心性与道德实践的工夫方面开辟了仁、智、圣的生命领域。[4]（P27）“只要践仁成圣，即可契悟天道。”[4]（P29）就是说，孔子是以仁、智、圣来遥契“性与天道”的。仁、智、圣的遥契作用，可以由内外两个方面得到说明：“仁的作用内在地讲是成圣，外在地讲的时候，必定要遥契超越方面的性与天道。仁和智的本体不是限于个人，而是同时上通天命和天道的。”[4]（P30）对孔子来说，这是由“下学上达”的方式来实现的。也就是说，孔子努力践仁，使自己的生命与天的生命相契接，与天成为知己。不难想见，孔子谈论仁、智、圣的时候，内心必定具有一种超越的企向，或一种内在的超越鼓舞，这就是孔子对于天命天道的虔敬与契悟。孔子说自己“五十而知天命”，这种“知”不是经验知识或科学知识的“知”，而是“知天”的“知”，即对于天命或天道的敬畏意识。这是一种宗教意识。这种意识是从遥契而来的。从“知天命”到“畏天命”，显示出作为仁者的孔子的生命与作为超越者的天命或天道的契接关系。“孔子在他与天遥契的精神境界中，不但没有把天拉下来，而且把天推远一点。虽在其自己生命中可与天遥契，但是天仍保持它的超越性，高高在上而为人所敬畏。因此，孔子所说的天比较含有宗教上的‘人格神’（PersonalGod）的意味。而因宗教意识属于超越意识，这种遥契可以称之为‘超越的’（transcendent）遥契。”[4]（P38）孔子所开辟的这种超越的遥契之路，与后来《中庸》“天命之谓性”的下贯的“内在的”（immanent）契接路线正好相反。