学界曾主张将中国经济学家分为四代，第一代包括卓炯、顾准、孙冶方和薛暮桥；第二代有马洪、吴敬琏、刘国光和厉以宁。在第二代经济学家中，马洪可以算得上“头号元老”。
一、东北“5种经济成分”对《共同纲领》中关于中国经济成分的划分具有重要参考价值
对于马洪而言，新中国成立前后的东北成为了他经济研究生涯的真正开端。1948年6月，马洪调往东北局政策研究室工作，他研究出一套全国经济改革的可操作性模式。马洪把调研成果撰写成《东北经济的构成和方针》，首次把东北经济划分为五种经济成分：国营经济、合作社经济、私人资本主义经济、个体经济和“秋林经济”。时任东北局宣传部部长、财经委副主任张闻天看到这报告，认为这5种经济成分的划分很有价值。于是立即向党中央汇报，并由专人呈送毛泽东主席。
毛泽东认为这是多年来难得一份真实的、有价值的经济论文报告。1949年3月，在河北省平山县西柏坡召开的中共七届二中全会上，毛泽东做的工作报告中就参照了马洪那篇报告的成果，提出了“要使中国稳步地由农业国转变为工业国，由新民主主义社会转变为社会主义社会”的战略思路。这次全会全部采用了马洪所归纳的5种经济成分，只是把“秋林经济”改为“国家和私人合作的国家资本主义经济”。10月，《中国人民政治协商会议共同纲领》也写入了这5种经济成分。一直到党的十五大、十六大报告中还涉及到这5种经济成分类似的概念。由此，足见马洪对经济成分划分的超前性与在中国经济改革中的借鉴作用。
二、“为商品经济翻案”，“为市场经济正名”
1984年7月，马洪在国务院领导同志的嘱托下，和中国社会科学院的几位同志一起，对社会主义商品经济进行调研和思考。马洪在调研的基础上，撰写了《关于社会主义有计划商品经济的再思考》一文。这篇文章对社会主义应当实行商品经济作了有力的论证。很多人认为这是为商品经济“翻案”，有些人则静观其变。9月马洪不顾政治风险上书中央，建议把“社会主义经济是有计划的商品经济”这一提法写进党的十二届三中全会《关于经济体制改革的决定》中，并说这个问题太重要了，如果不承认这一点，我们经济体制改革的基本方针和现行的一系列重要经济政策，都难以从理论上说清楚。“社会主义经济是有计划的商品经济”终于写进了十二届三中全会通过的《关于经济体制改革的决定》中，马洪为实现中国特色社会主义理论的重大突破作出了贡献。
在“有计划的商品经济”这一政治表达获得合法性之后，1988年，马洪又提出要“进一步解放思想，为市场经济正名”，并受中央主要领导人的委托，及时组织学者撰写了普及性读物《什么是社会主义市场经济》。最终，在1992年的中共十四大上，“社会主义市场经济”成为具有普遍合法性的中国经济模式的政治表达。
另外，在探索社会主义市场经济的具体路径中，在关于中国经济发展战略、扩大企业自主权等研究领域，马洪也取得了突出成就。
三、开我国咨询研究机构社会化、市场化改革试点之先河
1989年2月，在马洪的积极倡导和亲自组织下，经国务院批准，综合开发研究院（中国深圳）正式成立。马洪同志从研究中心成立开始，就提倡在研究中要了解国情，而了解国情，必须要进行全面调查。举例说，在“2000年的中国”的研究中，选择调研方案时，马洪同志提出要调查发展水平不同的地区，特别是要多去贫困地区和少数民族地区。经过这样的调查，对研究人员震动很大，加深了对我国国情的认识，看到发达地区和欠发达地区的差距，对确定总体研究方案和对策思路有重要作用。
马洪老当益壮，耄耋之年仍然不停下观察和研究中国经济的脚步，每每提出一些富于洞见的观点，对经济发展不无启发意义。如在“2001全球脑库论坛”上。马洪提醒发展新经济谨防泡沫。马洪说：“泡沫经济在世界各主要发达国家中是普遍存在的，这是新经济发展的一个副产品，颇值得世人警惕。要维护社会政治和经济的稳定，就必须建立新体制新机制，并要有正确的政策支持。否则的话，世界经济是很难走上自律增长的轨道的。”去年以来的全球范围内的金融危机，从某些方面再次印证了马洪这些富于前瞻性的经济观点。