现行的以多重账户为基础的分级分散收付制度存在诸多弊端。一是重复和分散设置账户，导致财政收支活动透明度不高，大量预算外资金游离于预算管理之外，不利于实施有效管理和全面监督。二是财政收支信息反馈迟缓，难以及时为预算编制、执行分析和宏观调控提供可靠依据。三是收入执行中征管不严，入库时间延滞，退库不规范，财政收入流失问题时有发生。四是支出执行中资金分散拨付，相当规模的财政资金滞留在预算单位，难免出现截留、挤占、挪用等问题，既降低了资金使用效率，又容易诱发腐败现象。
因此，现行的以多头设置账户为基础，分散进行的资金缴拨方式，已经不适应新形势下建立公共财政框架的发展要求，必须从根本上进行改革。
2、实行国库集中收付制度是建立与社会主义市场经济体制相适应的公共财政框架的内在要求。
当前正在进行的各项改革，如部门预算改革、国库集中收付制度改革、"收支两条线"改革、政府采购制度改革等都属于建立与社会主义市场经济发展相适应的公共财政框架的财政改革，这些制度是社会主义市场经济条件下公共财政预算管理的核心制度，这几项改革紧密联系，互为条件，缺一不可。特别是国库集中收付制度，它是整个财政管理的有机组成部分，是预算执行的制度性保障。
3、实行国库集中收付制度，有利于提高政府对财政资金的调控能力。
近几年来，我县财政收入连年增加，但支出矛盾仍然十分突出，其主要问题就在于各部门的资金分散管理，分散使用，攥不成拳头，削弱了政府的宏观调控能力。一方面财政资金紧张、调度困难，另一方面，各部门、各单位又存在一定量的闲置、沉淀资金。
实行国库集中收付后，预算内外资金集中在一起，政府和财政部门掌握了所有的财政资金，这在很大程度上解决了在当前财政转移支付制度不完善的情况下，地方财政收入的季节性不均衡与支出之间存在的矛盾，实现由粗放型管理向集约型管理的转变，增强地方政府的宏观调控能力。
4、实行国库集中收付制度，有利于提高依法理财水平，强化预算执行过程监督。
实行国库集中收付后，预算执行实现了以支列支，保证了政府预算支出与单位财务支出的一致性；对单位财务管理从资金管理转移到指标控制，实现了指标、资金分离运行的管理模式；对收入缴库和支出拨付实施全程监控，为预算编制、执行分析提供了准确依据；通过整理、对比和分析各单位的会计信息资料，使得我们有条件对预算执行情况进行评价，确保预算编制准确有效；财政管理、财务管理信息通畅、透明，有利于加强财政内部监督，提高办事效率。
5、实行国库集中收付制度，有利于国库资金统一调度，降低财政资金运行成本，提高资金使用效率。
实行国库集中收付后，可以有效解决过去财政资金多环节拨付和多户头存放问题。预算单位的资金全部集中在国库中，预算支出所需资金由财政账户直接拨付，减少了中间环节，使预算资金到位及时，从而有效降低资金划拨支付成本，提高了预算资金的使用效率；同时也改变了资金由预算单位层层下拨，环节多、在途时间长、支付程序繁琐、工作效率低下的局面，方便各单位支出需要。
6、实行国库集中收付制度，有利于防止腐败现象的发生，促进廉政建设。
通过集中收付和加强对各部门、各单位每项收支的审核，将所有县直部门和单位的财务账目、资金来源和使用去向，全部纳入依法治理、规范管理的轨道，提高了收入来源和资金使用的透明度，规范了资金使用者的行为，能够较好地杜绝不合理支出和各种违规、违纪支出，这样也就可以在很大程度上防止腐败问题的发生，从而促进廉政建设。