（三） 全面推进依法行政阶段，时间为1999年至2003年
1999年3月，九届全国人大二次会议通过的宪法修正案规定：“中华人民共和国实行依法治国，建设社会主义法治国家”。依法治国的基本方略得到了国家根本大法的保障。为了总结政府法制建设的基本经验，明确新形势下政府法制建设的任务和要求，扎扎实实地贯彻依法治国的基本方略，全面推进依法行政，从严治政，建设廉洁、勤政、务实、高效政府，国务院决定于1999年7月在北京召开全国依法行政工作会议，国务委员兼国务院秘书长王忠禹在开幕式上作了题为《依法行政，从严治政，建设廉洁、勤政、务实、高效政府》的报告，国务院总理朱鎔基在闭幕式上作了题为《认真贯彻依法治国方略，切实全面推进依法行政》的报告。这次会议级别之高充分体现了中国政府对依法行政的重视。根据全国依法行政工作会议精神，国务院于同年11月出台了《关于全面推进依法行政的决定》，对全面推进依法行政作出了部署，对加强立法工作，加大行政执法力度，强化行政监督等提出了明确要求。
2001年12月11日，我国正式加入世贸组织，成为该组织的第143个成员。根据世贸组织有关协议的规定，中央政府应当确保我国有关或者影响贸易的法律、法规和其他政策措施，包括地方各级政府及其有关部门制定的这类规范性文件，符合世贸组织协议和加入议定书的规定，并确保世贸组织协议和我国加入议定书在全国得到统一实施。为了履行我国政府的承诺，我国在加入世贸组织前后对法律、行政法规、国务院部门规章以及地方性法规、地方政府规章和其他政策措施进行了全面清理，并确保新制定的影响贸易的法律、法规和其他政策措施与世贸组织的要求保持一致。 这一阶段，随着“依法治国”写入宪法，成为中国政府执政的基本方略，政府依法行政工作又上了新台阶。以贯彻《关于全面推进依法行政的决定》和履行中国政府的入世承诺为契机，各级政府和政府各部门全面清理了与依法行政要求不相适应的法律法规，更新行政观念，提高行政执法水平，规范对行政行为的监督，从而为全面建设法治政府的宏伟目标打下了坚实的基础。
（四） 建设法治政府阶段，时间为2003年至今
在这一阶段，建设法治政府的目标得以明确确立，推进依法行政进入了新阶段。主要表现在以下三个方面：
1. 依法行政作为本届政府的三项基本准则之一。2003年3月上一届国务院一成立，温家宝总理就提出要把科学民主决策、依法行政、人民监督作为政府工作的基本准则。《国务院工作规则》设专章规定了坚持依法行政，指出：依法行政的核心是规范行政权力。国务院及各部门要按照合法行政、合理行政、程序正当、高效便民、诚实守信、权责一致的要求行使行政权力，强化责任意识，不断提高依法行政的能力和水平。
2. 制定和发布《全面推进依法行政实施纲要》。2004年3月，温家宝总理在十届全国人大二次会议上所作的政府工作报告中，第一次明确提出了建设法治政府的目标。随后，国务院在认真总结各级人民政府依法行政的实践经验和吸收行政法学界理论研究成果的基础上，制定并发布《全面推进依法行政实施纲要》，正式以国务院文件形式确立了全面推进依法行政、建设法治政府的目标，明确了今后十年全面推进依法行政的指导思想和具体目标、基本原则和要求、主要任务和措施。《纲要》的发布，充分表明了国务院坚持执政为民、全面推进依法行政、建设法治政府的决心，是建设法治政府的纲领性文件，标志着中国的依法行政进入了新的发展阶段。
3. 行政审批制度改革和行政许可法的贯彻落实。行政审批是政府实施行政管理的一个重要而有效的手段，但是行政审批的实践中存在诸多问题，如设定行政许可的事项不合理、不规范，实施行政许可环节过多、手续繁琐、时限过长、“暗箱操作”，重许可、轻监管或者只许可、不监管的现象比较普遍，行政机关责权不统一，缺乏公开、有效的监督制约机制，等等。对此，国务院于2001年9月专门成立了行政审批制度改革工作领导小组，积极、稳妥地推进行政审批制度改革，分别于2002年10月、2003年2月、2004年5月和2007年10月分四批、共取消了1923项行政审批事项，此外，还改变了140项行政审批事项的管理方式。