还有一些人认为是大学现行业绩激励制度存在缺陷。大学教师的晋升、奖金发放都与发表的论文数紧密挂钩，致使教师把发表论文的数量作为头等大事。这种观点将诱因找到了，但是，如果因此取消晋升、奖励与论文发表挂钩，又势必造成缺乏激励，干好干坏一个样，同样也会影响大学的创造力。国际学术界普遍实行用论文发表衡量学术成就的方法，也有“要么发表要么死掉”的戏言，但没有哪个国家像中国那样全力以赴，以一种让任何西方国家都难以想像的速度增加“科学生产力”。因此，“问题—对策”式的措施，难以系统地解决当前大学学术研究中存在的问题，诱因作用机制还需要更加细致地加以研究。
三、大学科研管理的“他山之石”
在国际范围内，美国联邦政府以其对科研的巨额资助闻名于世。从“星球大战”计划，到人类基因组研究，再到教师专业发展标准的制定，都是美国联邦政府科研资助下的产物。在美国的一流大学中，以斯坦福大学为例，科研是它最大的收入来源，科研收入占其总收入的40%。而其中，美国联邦政府又是科研项目的主要资助者。可以说，美国联邦政府的科研资助对美国一流大学的科研活动起着不可替代的支持作用。
实际上，除巨额的资助令其他国家羡慕外，美国联邦政府对其委托给大学的科研项目的管理方式也为提升科研质量提供了关键性的制度基础。美国联邦政府并不直接管理大学（西点军校除外），对大学也没有直接拨款。在这种条件下，美国联邦政府的科研制度中有哪些要点支撑了管理的有效性？
1、统一的科研委托行为
目前，美国联邦政府有14个内阁机构，100个以上的各类委员会。它们都可以在本部门的预算中设计科研项目预算，分年度向预算管理办公室（OMB）提出申请，经OMB汇总提请国会批准后，这些联邦政府机构就可以委托大学或其他科研机构进行研究活动了。在这个过程中，各个联邦机构都必须遵守对高等教育机构、医院和其他非营利组织间协议的管理规定，统一经费拨付的程序和协议格式，保证了众多联邦机构按照一致的程序和要求管理他们和大学间的科研项目。
规范、统一的科研委托行为，还意味着大学间平等、独立的竞争地位。美国联邦政府的委托项目对所有大学开放，不管是公立大学还是私立大学，只要有能力承担科研项目都可以获得政府的资助。从事实上看，联邦机构科研项目资助主要集中在几十所研究型大学身上，但是，他们获得项目资助不是因为他们拥有什么“头衔”，而是这些著名大学有能力完成这些项目，这和我国大学热衷于不断“升级”以便从政府那里获得各种各样“身份”，进入政府划定的各种各样的“重点圈子”的做法形成了鲜明的对比。
大学治理的核心议题在于选择合适的制度来保证大学理念与目标的实现。大学治理包括一系列问题：从外部而言，涉及到政府与大学的关系；从内部而言，涉及到大学的内部权力结构、大学各职能之间的关系等等。美国联邦政府在资助科研项目时，承认大学在科学研究中的不可替代的作用，于是，联邦机构委托大学从事科研活动，就是按照支出目的，而不是按照物品或者服务的性质进行划分的成本核算方式，充分尊重了大学内部各种关系。
2、尊重大学的经济利益
在美国研究型大学中，科研是大学最重要的收入。而且，是真正的收入，不是账面上的数字。美国联邦机构委托项目包括两类成本：人员成本和大学设施和管理成本。科研项目一经批准，相应比例的人员成本就进入大学的收入账户，成为大学从联邦科研项目中获得的人员成本补偿收入；除人员经费补偿外，大学为联邦科研项目的完成还提供了不可明确分割的服务成本，如图书馆和办公室设施，以及科研管理人员提供的服务，因此，大学要收取一定比例的费用。设施和管理费的收取比例，由大学和联邦机构的委托方讨价还价。最后，所有向联邦机构提起的科研项目申请书都要经大学科研预算办公室、伦理审查办公室审核后，由学校科研管理部门送出，保证该大学所有的科研项目不存在有悖于大学理念的伦理问题，保证大学向联邦机构提出的成本补偿要求是严肃的和基于精确计算的。