对于治理大学学术腐败问题，不同领域的学者提出了各自的解决之道。伦理学家看到的是学术道德的丧失，加强学术道德建设是他们的“处方”；政治学家看到了大学自主权的缺失，呼吁限制行政对大学权力的侵犯；法学家则提出政府与大学间要签订“宪章”，保证大学的独立地位。从制度建设的角度看，将大学科研、教学和社会服务功能整合起来，通过大学会计准则，建立明确清晰的规则，各行其道，却又有机统一，才是长远的解决之道。
当然，制订合理的大学会计准则，还需要政府本身进行相应的改革。在美国，预算管理办公室是直接归总统管辖的部门，它超越部门利益，集合各种专业人员，综合性地为各项事业提供预算管理标准，从预算入手规范包括大学在内的各类机构对联邦资金的使用。在我国，发改委被期望履行此类责任，但实际上，发改委的角色主要体现为规范各类经济投资行为，还没有把注意力过多地投入到这方面来。财政部虽然有专门部门负责会计准则的制订，但和部门预算行为分离。建立健康的大学科研秩序，需要人事、财务制度和大学内部关系相匹配，如何打破条块分割，为大学科研奠定合理的基本制度，还需政府各主管部门协作完成。