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统一规划和协调管理。从地域来看，存在地域间行政管理的条块分割。受行政划分利益影响，物流中心、物流园区均表现出重复建设、恶性竞争的状况或趋势。突出表现为港口竞争、园区竞争和财税政策竞争等，由于没有跨区域利益经营主体，缺少物流产业整体布局和全局优化的观念。
3． 绿色物流技术装备比较落后
绿色环保与科学技术是相互联系的， 技术创新和技术升级整合资源，既完善了供应链， 又可以节约物流成本，减少对生态环境的破坏。例如，实现物流管理信息化， 对运营管理系统、客户服务管理系统、电子商务管理系统和企业管理系统等四大管理系统进行全面集成，实现供应链管理的优化升级。
绿色物流政策的贯彻实施离不开绿色技术的支持，与发达国家相比，我国物流技术离绿色化要求还有较大的差距。例如，在物流系统规划方面，缺乏全局性的统一规划；在物流设备方面，设备的省力化、清洁化技术水平还需要进一步提高；在包装材料及包装方式的处理上， 与绿色物流倡导的可重用性、可降解性也存在较大的差距；另外，信息技术和信息系统功能的限制，也会导致物流路径的迁回和不合理。
4．物流研究相对落后、绿色物流专业人才短缺
与国外发达国家相比，我国在物流上存在着物流初级人才过剩,中高级人才紧缺的严重问题。
物流初级人才过剩主要是由于物流业中的大部分从业人员文化素质偏低、专业知识不全面或严重老化，难以适应现代物流业快速发展的需求。
物流中高级人才的紧缺，主要是由于目前高等院校及社会培训机构在人才培养质量方面存在某些缺陷，有效的人才供给不足。例如，2006年 8月底，全国本科类高校中共有97所高校开设物流管理或物流工程专业的教学，在校本科生数量近1.6万人，研究生不到3000人，各类高职院校物流管理类专业的在校生约有 1.5万多人，这样一年为社会输送的各类物流专业人员只有8000多人，即使算上在职人员每年约3.5万人的培训规模，也远远无法满足快速发展的物流业对物流人才的需求。根据中国物流与采购联合会的权威预测，中国的物流人才缺口为 500万左右，其中高级物流人才缺口约为40万左右。
5. 物流行业信息化的难题