来到地下, 帕伽索斯再次派出“变相怪杰”部队，所有战斗环境开始时为山。一路深入,在门前再次遇到迷宫兄弟(LP15000),战后游戏独自阻挡迷宫兄弟，让主角独自前往帕伽索斯城。
来到帕伽索斯城，西蒙告诉主角要穿越无限的路必须拿到魂的光芒，到各地去借助同伴的魂之卡片的力量。.
去各地找伙伴决斗,广场--铝场,得到人造人,童守码头--孔雀舞,得到神鹰女郎,地下墓地--骨冢,得到鬼王南瓜怪,考古场--龙崎,得到双头恐龙，遗迹--渔太,得到传说渔人,羽蛾,得到昆虫女王。最后来到帕伽索斯城,进入无限循环迷宫,与5个假扮同伴的喽罗决斗(LP10000),顺序是骨冢,龙崎,羽蛾,渔太,铝场,舞。过了无限循环迷宫后看到海马也在这里，但随后出现的木马却遭到洗脑，海马无法与木马决斗，于是只好拜托主角了,战后木马清醒，海马认为要打败大邪神必须要三张神卡，于是决定与主角决斗，战后得到巨神兵。
来到封印之间，遇见幕后帕伽索斯，原来他叫众人来的目的，是为了得到决斗者的心作为大邪神复活的供品，他已经得到了游戏的决斗者之心了。为得到最后的心决战 (LP20000)。他的心变和直接伤害卡组很棘手，尽量不要令LP受损过度。
最后黑暗大邪神的封印解除, 帕伽索斯感到奇怪为什么自己战败的心可以令大邪神复活，依西兹解释到因为他有一颗真正的决斗者的心。可是面对强大的大邪神主角因为之前一战已经没有余力了，这时海马，游戏，城之内赶来协助主角。帕伽索斯则将千年积木的碎片交还给游戏，千年积木再次复元，三人强大的力之结晶将大邪神的力量削弱。主角则上前与作大邪神最后决斗(LP40000)。他的怪物几乎全是恶魔族和黑魔族的,因此战前准备些白魔族和幻想魔族。光之护封剑，强欲之壶，激流葬等超级卡1的数量高达3张。4星怪物很多2000攻击力以上,以属性相克和装备魔法来拼吧。不过更可怕的是他居然也有3神卡.........不能让他有召唤的机会！胜利后大邪神的思想进入了帕伽索斯体内，但没想到他为自己的失败感到耻辱竟要求主角将他封印，三张幻神卡终于将大邪神的力量封印了，帕伽索斯城也因为之前的激斗而倒塌，众人迅速逃离……ENDING(爆机后的剧情很搞笑哦).
通关后追加场景'永恒之间',里面的NPC都很强,算是对觉得还不够过瘾的高手们的一种补偿吧?(笑).
3.隐藏人物攻略
就是永恒之间里的角色，共同特点为光之护封剑，强欲之壶，激流葬，羽毛扫等超级卡的数量高达3张。开始环境即为暗。
西蒙：LP30000，以各类型的4星2000攻击力为主的怪物组成。最强怪物是机械王。只要配合装备魔法就行了。
帕伽索斯：LP30000，以钠祭之魔和千年钠祭为主的心变卡组，对抗手法是以直接伤害为主的卡组。