6、基因上游调控区分析
（1）启动子预测：推荐使用冷泉港开发的FIRSTEF程序
（http://www.77cn.com.cn/tools/FirstEF/）进行启动子预测。用RT-PCR等实验方法获得的mRNA往往缺少完整的5’端，采用FirstEF 程序可以对第一外显子（尤其是非编码的第一外显子）和CpG相关启动子进行预测。
方法：以FastA格式输入起始密码子上游序列。
（2）转录因子结合位点分析：推荐使用TFSEARCH程序
（http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html）及MATCH程序
（http://www.77cn.com.cn/pub/programs.html#match）对转录因子数据库TRANSFAC（http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/）进行搜索，寻找可能的转录因子结合位点。
方法：输入起始密码子上游序列。结果将给出很多可能的转录因子结合位点，注意选择其中分值较高的位点。
（二） 蛋白质序列分析
1、跨膜区预测
各个物种的膜蛋白的比例差别不大，约四分之一的人类已知蛋白为膜蛋白。由于膜蛋白不溶于水，分离纯化困难，不容易生长晶体，很难确定其结构。因此，对膜蛋白的跨膜螺旋进行预测是生物信息学的重要应用。
推荐使用TMHMM软件（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/）对蛋白进行跨膜预测。TMHMM综合了跨膜区疏水性、电荷偏倚、螺旋长度和膜蛋白拓扑学限制等性质，采用隐马氏模型（Hidden Markov Models），对跨膜区及膜内外区进行整体的预测。TMHMM是目前最好的进行跨膜区预测的软件,它尤其长于区分可溶性蛋白和膜蛋白，因此首选它来判定一个蛋白是否为膜蛋白。所有跨膜区预测软件的准确性都不超过52％，但86％的跨膜区可以通过不同的软件进行正确预测。因此，综合分析不同的软件预测结果和疏水性图以获得更好的预测结果。
方法：输入待分析的蛋白序列即可。
2、信号肽预测