增值税转型方案，允许企业抵扣新购入设备所含的增值税，但是没有明确企业以融资租赁方式取得的货物能否进行增值税抵扣。在增值税转型试点方案中规定，只有企业从无资质的融资租赁公司取得的租赁货物的所有权未转让给承租方的货物才可纳入抵扣范围，也就是说只有对那些缴纳增值税的融资租赁货物才可抵扣。
以融资租赁方式取得的货物无法直接进行增值税抵扣意味着如果承租方是增值税纳税人（如制造业企业），就会要求在获得设备同时取得增值税发票进行抵扣，否则通过融资租赁取得设备的税收成本将会远高于直接购买设备时的税收成本。而有资质的融资租赁公司从事融资租赁业务和无资质的融资租赁公司从事租赁货物所有权不转让给承租方的融资租赁行为是适用营业税，无法开出增值税发票，因此融资租赁公司只有让设备的出卖方直接将增值税发票开给承租方，而作为设备出租方的融资租赁公司，由于没有发票，对租出设备的所有权将难以得到保证。
此时如果发生租赁货物所有权转让给承租方的融资租赁行为，则当承租方是制造业等缴纳增值税的行业，由于不具备资质的融资租赁公司适用增值税，可以直接开具增值税发票，对该项业务的开展就能获得税收上的比较优势。
(三)融资租赁折旧政策不利于融资租赁业务的发展。从目前的情况看，融资租赁由承租人提折旧，不利于融资租赁业务的发展，给会计处理和税收处理都增加了复杂性。首先，出租人无折旧可抵扣，租金必须全额纳税，增加出租人的税收负担。
其次，在会计处理前，要对租赁的性质进行判断，如果是融资租赁由承租人提折旧，如果是经营租赁由出租人提取折旧，但是融资租赁和经营租赁很难截然区分。在实务中有可能