出现同一项目，从出租人角度被认定融资租赁，从承租人角度被认定为经营租赁，从而双方都无法计提折旧。
最后，带来企业所得税应纳税所得额和会计税前利润的差异。会计准则规定，在租赁期开始日，承租人应当以租赁开始日租赁资产公允价值与最低租赁付款额现值两者中较低者作为租入资产的入账价值，与《企业所得税法实施条例》的规定不一致，从而带来企业所得税纳税调整，增加对递延所得税资产（负债）烦琐的核算。
(四)融资租赁的印花税政策适用标准不一。融资租赁的印花税政策把适用“借款合同”的融资租赁合同纳税的出租方主体界定为银行及其金融机构，但是对于飞机租赁业务中，却又可以不考虑出租方主体，根据双方签订合同的形式来界定应适用的税目。“借款合同”适用的税率为万分之零点五，“财产租赁合同”适用的税率为千分之一，差距非常大，融资租赁的印花税政策适用标准不一，不利于从事融资租赁业务企业的正常竞争和发展。
(五)鼓励融资租赁业发展的税收优惠政策欠明确。以开展飞机租赁业务为例，根据财税字[1999]6号和财关税[2000]43号文件规定，航空公司进口或从国外租赁公司租用25吨以上飞机的适用1%的关税和4%的增值税优惠税率，而对国内金融租赁公司根据航空公司要求以融资租赁方式引进飞机的适用政策却没有明确规定，国内融资租赁公司在开展飞机租赁业务时税收成本较高，因此，目前国内航空公司主要依赖信贷融资和从国外租赁公司租用飞机。
船舶出口也面临同样问题。为鼓励出口，目前国内造船厂向国外船东出售新船，造船厂可享受出口退税政策。但对国内租赁公司购置船舶后租给国外企业是否可认定为出口并享受出口退税并没有明确规定。