农业综合开发办公室为主，水利、农业、林业等有关部门参加的专项工作领导小组，进行论证和实地踏查，优中选优，择优立项。项目区成立以镇长为组长，各相关站所为成员的项目建设领导小组，具体负责项目的实施、协调工作，扎扎实实做好各项工作。
项目建成后，镇政府水管站负责项目技术指导工作，工程竣工后形成的固定资产根据实际情况，由村委会管理。由村委会组织成立农民用水者协会，引导农民参与灌溉用水管理，由用水协会进行日常用水管理及灌溉工程的维护。农田防护林一次性拍卖到农户，落实各项工程的所有权、使用权、管理权，实现责、权、利的统一。