在中国医药分离难
本药物制度初步建立是这个阶段的最大成果。但最艰难的公立医院改革尚未触碰核心。
在17个国家联系的试点城市、37个省级试点城市和18个省745家公立医院进行的探索中，多数改革仅涉内部管理和服务方面。
此时，县级医院成为卫生部期望打破“以药养医”利益链条的突破口。卫生部党组书记张茅表示，选定以县医院作为公立医院改革的突破口，不可忽视的因素还有县医院改革“相对简单”，县一级的执行力比较强。
据媒体报道，中国县级医院数量超过了6000家，服务的人口总数也达到9亿。而县级医院的生存状况堪忧：技术落后、医疗设备差、医护配比不合理、科研能力弱，医生人才匮乏以及患者对基层医生不信任等问题也普遍存在。
“以药养医”现象尤其严重。据李玲教授对一家县医院的跟踪调研显示，2008年到2010年，该医院住院药品费用从460万元增加到2515万元，次均住院药费从741元增加到3068元，药占比从42%上升到67%，医改越改越贵。
在药品和检查费用不降反升的同时，县级医院的负债率也不断攀升。2010年南方医科大学的一个医改研究课题揭示：在广东全省192家县级医院中，没有负债的仅有4家。188家负债的县级医院可谓债台高筑，平均负债额度达到4826万，其中有118家平均负债更达到6213万，最高的一家医院负债超过10亿。
调查同时显示，不少县级医院负责人表示，当地政府对医院的投入几乎为零，基本自生自灭，而政府投入多以医保体系建立等隐性形式呈现，医院实际上并没拿到经费。
在中国医药分离难
理顺补偿机制之难
在不少业内人士看来，此次改革的实质是改变医院“以药养医”的状况，政府财政对医院给予相应的经费补贴，并实行药品收支两条线管理，切断药品收入与医院的经济联系，但时至今日这个问题依然难解。
各地为此也纷纷进行了许多探索。广东从今年开始选取30%的县（市）先行试点取消药品加价，探索建立长效的基层医疗卫生机构经常性收支差额奖补机制。河北省在近期提出“一零一免一降一提”改革措施，药品和高值耗材实行零差率销售和使用，通过调整诊查费、护理费、手术费等医疗服务价格，增加政府投入弥补医院的合理减收。
而最具探索性质、最为引人关注的则是陕西的“神木模式”。由政府把神木县医院的保机构、保运算、还欠账的所有费用全部买单，就连县医院的从业人员工资、奖金也由政府买单。
有业内人士表示，不管哪种模式，最终都指向政府投入上，政府投入不到位，不论哪种模式都很难推开。
根据李玲教授的调研，一个全县人口为37万的县医院，如果药品和检查都严格执行成本价，财政或医保额外补偿2000万元，即可维持医院的运行。如此一来，群众的医疗负担将下降2000万元。如果不合理用药下降，药品费用还有大幅下降的空间，政府支出还可以减少。
以此测算，一个100万人口的大县，1000张床位的县医院，一年增加支出最多8000万元，全国县域医院每年增加支出432亿即可。
李玲对记者表示：“同乡镇卫生院相比，县级医院本身已经有很强的自生能力。