厂址选择最根本的要求有两点,一是从保证拟建工厂直接的经济效益出发,要满足工厂的经济生命力和职工生活的要求。二是从保证间接的、社会的效益出发,要求厂址的布局能促进城镇或区域的经济文化发展,而不造成对四邻和所在城镇、区域的景观与环境生态平衡的破坏。
显的好处，首先是使值班人以外的人员都远离危险区；其次是必须工作在或必须通过危险区的人员完全熟悉存在的危险情况，可以相对安全。同时还应该注意到危险集中的不利之处，一个容器起火或爆炸有可能波及相邻的容器，造成更大的损失。但是经验告诉我们，集中的危险会受到更密切的关注，有一定的可能会减少事故，把危险分散至全厂而不为人所注意会更具危险。 作为安全工具，可以设计和配置一些物理设施，如救火水系统、安全喷射器、急救站等，以备对付危险之用。
二、工厂的定位问题
考虑工厂定位，我们面对的是一个计划中的工厂和一个现实的环境，要解决的问题是把工厂建于何处。生物柴油工厂定位，一般遵循以下基本原则：
(1)有原料、燃料供应和产品销售的良好的流通条件；
(2)有贮运、公用工程和生活设施等方面良好的协作环境；
(3)靠近水量充足、水质优良的水源，
(4)有便利的交通条件，
(5)有良好的工程地质和水文气象条件。
工厂应避免定位在下列地区：
(1)发震断层地区和基本烈度9度以上的地震区；
(2)厚度较大的Ⅲ级自重湿陷性黄土地区；
(3)易遭受洪水、泥石流、滑坡等危害的山区；
(4)有开采价值的矿藏地区；
(5)对机场、电台等使用有影响的地区；
(6)国家规定的历史文物、生物保护和风景游览地区；
(7)城镇等人口密集的地区。
工厂定位时除了谨遵以上禁忌外，考虑得更多的是经济问题。固然，高风速、地震、雨雪量、雷电频发率等不安全因素，在工厂定位时会给予适度考虑，但这些往往会淹没在经济考虑之中。比如，世界上多数大型石油化工企业都建立在原料产地附近，就是出于原料流通经济上的考虑。对于这方面的内容，不再赘述。
三、工厂选址的安全问题
工厂选址仍然是一种工厂相对于其环境的定位问题。生物柴油工厂对其所在的社区可能会有多种危险，从工厂飘逸出的有毒或有害气体会进入居民区或其他人口稠密的地区；易燃气体会飘过如其他工厂的煅烧炉之类的火源；冷却塔的烟雾会飘过交通繁忙的高速公路或道路等等。隔开距离，把厂址选择在一个孤立地区可以解决上述问题。如果客观条件不允许实现以上举措，可以依据主导风，把工厂置于社区的下风区域。虽然风并不总是沿着主导的方向吹，但这至少可以部分改善上述危险产生的困扰。
工厂高构筑物可能的坍塌是对社区的另一种潜在的危险。在许多城市，建筑法规要求，高建筑物或构筑物都要留有一定的间距，防止落体砸伤行人、汽车司乘人员或砸坏邻近的设施。 工厂会产生需要排除的废液。应该确保预期的排污方法不会污染社区的饮用水。特别是对于渔业，对海洋生物的毒性作用会成为严重问题。可能含有爆炸混合物的日常排污管道务必不可穿越公共的或私人的地界。
对工厂的主要进出口点要格外小心。上下班时进，出厂的交通车量剧增，如果不适当安排或疏散，会引起严重的交通事故。如果工厂邻近高速公路，会有车辆离开公路冲人工厂的危险。 毗邻的工厂可能会释放出毒性或易燃气体飘入工厂，引起人员中毒或由于火花或加热面而起火。在这种情况下，如果能够避免最后避免，如果不可能，最好是把工厂建于上风区，或是隔开一定的距离。