MassARRAY
图〔1〕
MassARRAY系统由美国Sequenom 公司开发，在癌症研究、遗传学分析、分子诊断和药学等领域已经得到越来越广泛的应用，受到全球多个顶尖研究中心的推崇。
应用领域
飞行时间质谱技术搭配不同Sequenom的检测和软件模块，可以在一个平台上实现以下技术：
SNP分型以及SNP位点等位基因频率计算
体细胞突变检测和分析 甲基化定量分析 基因表达定量分析 CNV检测分析
寡核苷酸质量控制和检测
检测服务流程
客户提供DNA或者各类生物样本以及检测位点信息
样本完整性检测以及前处理 引物设计、合成
PCR扩增、SAP纯化、延伸或转录裂解 点样 质谱分析 分析报告
SNP分型
1、技术名称
Sequenom MassARRAY SNP基因型分析技术
MassARRAY技术流程：
2、技术原理
Sequenom SNP 检测系统基本原理为基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 技术。主要特点是，PCR扩增后的产物，加入SNP序列特异延伸引物，在 SNP 位点上，延伸 1个碱基。然后将
制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入质谱仪的真空管 , 而后用瞬时纳秒 (10s) 强激光激发，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率加以分离，在真空小管中飞行到达检测器。MALDI产生的离子常用飞行时间（Time-of-Flight,TOF）检测器来检测，离子质量越小，就越快到达。理论上讲，只要飞行管长度足够，TOF检测器可检测分子的质量数是没有上限的。MASSARRAY SNP 检测的质谱范围为5000到 8500 Dalton。
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图2：飞行时间质谱法对SNP进行分型的原理示意图
质谱检测
3、 技术特点
灵活：
¨ 可以自由选择感兴趣的SNP位点
¨ 一张芯片上，样本的数量和位置可以自由选择 ¨ 一张芯片上，样本和SNP位点的配对可以自由选择 准确：
¨ 直接检测待测物分子量，准确度超过99.7%
¨ 质谱技术灵活检测PCR实验失败或三等位基因的存在 高通量：
¨ 一张芯片上可完成384个样品的多重iPLEX GOLD实验 ¨ 每个反应孔可实现多达40重反应 ¨ 每天最多能进行十万个基因型分析 性价比高：
¨ 无需荧光标记，成本大大降低
¨ 即便在低通量的情况下每个基因型分析的成本仍然很低
4、优势：
（1）质谱仪检测的是分子最本质的特征之一——分子量，不涉及荧光标记、凝胶电泳等，就能检测一个碱基的差异，准确性高，机器本身出错的概率非常低；
（2）质谱仪的灵敏度非常高，检测窗口内，任何pmol级别的物质都能被检测出来； （3）通量高：几秒就能检测完一个反应孔；
（4）操作简单，仪器要求简单，除质谱仪外，都是常规PCR仪器； （5）灵活：每天可以完成几个反应至上万个反应；
（6）便宜：引物不带荧光标记，普通长度（3条引物总长80bp左右），此外在一个反应孔内能完成4个或更多的反应，即通常所说的4重反应；
（7）兼容性强：质谱仪还能在核酸的其它方向，以及蛋白质组学、微生物鉴定等领域也能应用。 （8）质谱技术是“一管式操作”，即反应体系在生化学实验过程中始终在一个试管内反应，没有多次转移，这样就减少被污染的概率。
甲基化研究
DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用。
MassARRAY 分子量阵列基因分析系统EpiTYPER DNA甲基化分析技术结合了碱基特异性酶切反应和MALDI-TOF测序原理。两者的完美结合使得该技术成为高准确性、高通量及高灵敏度的DNA甲基化定量分析手段。
MassARRAY分子量阵列基因分析系统EpiTYPER DNA甲基化分析技术是高通量DNA甲基化定量技术。实现多重CpG的甲基化位点的定位定量检测。配套的EpiTYPER软件为用户提供便捷的数据分析和报 告工具。
实验原理：
碱基特异性酶切（MassCLEAVE）
实验从亚硫酸盐处理待测DNA开始。经过亚硫酸盐处理DNA中的未甲基化的胞嘧啶（C）转变为尿嘧啶（U），由此在DNA模板中产生了甲基化特异的序列变化。利用5末端带有T7-启动子的引物进行PCR扩增。产物经虾碱性磷酸酶（SAP）处理后用于碱基特异性的酶切反应。酶切后DNA片段的大小和分子量取决于亚硫酸盐处理后的碱基变化。配套软件EpiTYPER则能自动报告每个相应片段的甲基化程度。
图原理流程