diamond 3 教程系列1.01 - 图文(2)

2019-08-17 14:13

功能可以实现结构的对接,但是必须要注意的是不同结构可能由于空间群的不同无法实现对接,这是可以采用如下的方法:

新建一个空文档>>打开C60结构文件:调解两个窗口的大小以适合显示:直接复制C60结构,粘贴到pyrene文档中,无法实现,相反的复制-粘贴过程也被警告无法进行。提示如下(图2.3):

图2.3 结构复制时对称操作信息必须考虑

图2.4结构复制时消除对称操作

通过对pyrene文档Structure>>Remove Translational Symmetry(图2.4)消除了对称操作后,选择,复制并粘贴C60结构,得到如下结果:

图2.5 结构的对接

很明显,这时新的结构并没有任何对称操作,需要增加对称操作。那么,反过来,将消除了对称操作的pyrene粘贴到C60文档中,仍然不被允许。对接的技巧,读者可以自己试验,这样不必在设计结构时一个一个原子的输入,大大节省了我们的时间。Paste 选项仅仅能实现结构的粘贴,并不能实现外部数据(如图片或结构)的导入。 2.2.3 Copy Style及Paste Style选项:

该选项可以实现将某些设定好的类型选项直接通过类似Word 中格式刷的功能进行类型更换。操作起来可以首先选择某个原子或键,然后点击Copy Style,然后再选择一些原子或键,点击Paste Style:

图2.6 右键点选下的Copy Style操作

图2.7 Paste Style操作

图2.8 Copy>>Paste Style操作后的效果

由于我们在Paste Style操作中选择了部分H原子,使得这部分的原子的颜色和半径都和碳原子一样,但仍需注意,Style的复制粘贴只限于原子或键的格式,并不能复制粘贴原子的种类,换句话说,那些氢原子格式发生了改变,但仍是氢原子。 这两种功能在细化处理时很有效,不必一个一个原子的去设置,同时又避免了大面积选择时的失误操作。

2.2.4 Select系列操作:

Select all 就不必介绍了;Invert Selection 是常用的功能,比如我们在处理一个很复杂的结构时,需要改变其中一个较大部分的类型,很明显,Select all无法实现,而一一选择费时

且在diamond中目前仍必须按住Ctrl,才可以复选或多选原子,数目太多,容易前功尽弃,这时,我们可以通过先选择较少部分,然后Invert Selection来实现。

Select Molecule(s) 该功能中所说的分子并不等同于在其它软件中的分子。本软件中,只要成键,就被认为是分子中的一部分,同时,一个分子中的部分如果键被打断则被认为是不同分子。这种功能非常实用,尤其是在配位聚合物的结构分析中。

图2.8例图

如图2.8中所示的红色键,是人为加入的一条键,当左键点击选择相互连接的两个分子时,程序认为这其实是一个分子。

图2.9 右键点选下的Select Molecule(s)操作

图2.10 Select Molecule(s)操作效果图

该功能的快捷操作还可以用鼠标右键中的Select Molecule(s)选项:

图2.11 左键点选下的Select Molecule(s)快捷操作

Lasso Selection 该功能与Photoshop、Chemdraw的功能非常相似,可以实现精挑细选,而不像按住左键进行方框选择功能那样笨拙,操作时,和其它软件一样,选择完毕后必须回到出发点才结束一次选择。


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