跟踪审计是对建设项目全过程的审计，需要审计人员在建设项目过程中频繁地介入进行审计，提出审计建议，供建设单位纠正和改进工作，很容易使审计人员偏离监督咨询建议的目标，介入到建设项目管理的职能范围中。比如，关于现场签证问题，国家明确规定了建设单位、监理单位的职责和具体操作规范，而在实际工作中，他们往往先要跟审计人员表态后自己才签署。这样很容易造成各方利益的冲突，破坏跟踪审计所建立的权力制衡机制
1. 违法违规分包和转包独立取证较难。违法违规分包和转包（影响各项建设目标实现）把握和证据、独立取证较难；应对措施是审计组是从侧面了解情况，针对性地对个别标段进行专项检查，对其项目部主要人员采取诸如与投标文件比对、网上查询、参加建设单位主管部门及省行业主管部门组织的动态检查等多种方式和手段进行调查，发现问题后在审计信息中进行披露，并跟踪整改执行的效果。
2.主材质量抽查检测手段不足。主材质量抽查（影响质量目标，寿命期降低，增加使用维护成本）由于检测手段不足将主要依靠外观质量检查、质检资料抽查和出厂“三证”核查三者相结合进行，从中发现以次充好的材料用于本项目中的问题。
3.基础处理和材料设备等对工程质量影响较大。重点工序检测存在审计技术手段方面的困难，解决办法是合理选择有资质的检测单位和提议建设单位主管部门选择另一家进行抽查复检。该审计事项需琏设单位和监理单位配合，审计组在驻点后即与建设及监理单位沟通提出初步解决方案。
4.较大、重大变更方案经济比对是节约投资的重点和难点。解决办法是征询专家意见，向有关部门取证，及时掌握各种有用信息，多方案进行经济比对，及时做出造价咨询意见和建议。
5.重大索赔事件责任划分、理赔费用计算是一大难点。解决办法是从索赔事件开始，着重记录施工组织中人、材、机的变化，注意明确甲乙双方责任，及时测算损失情况，在核实报审的损失清单时不仅做到主动且有理有据。 第三部分 审核程序及方法 （一）、竣工结算的审核
依据《中华人民共和国合同法》、《建设工程设计合同条例》、《建设工程质量管理条例》（国务院第279号令）等有关法律、行政法规、遵循平等、自愿、公平和诚实信用的原则。以科学为基础，以事实为依据，以法律法规为准绳。做到“独立、诚信、公正、公开、求是”，维护建设和施工双方的合法权益。
1）、结算的审核程序 施工单位根据要 求提交送审资料 报监理公司
2）、建设工程竣工结算审核工作流程
监理公司初审并出具详细审核明细 监理公司初审后经业主交审计项目组审核 a) 明确咨询标的、目的及相关事项，接收相关资料；
b) 委派项目负责人，配置业务专业人员； c) 收集并审阅资料、踏勘现场、了解情况； d) 制定咨询实施方案并报相关部门核准； e) 召开咨询审核前的协商会议；
f) 开展工程造价的各项计量，形成咨询初步意见； g) 将咨询初步意见向有关各方征询并形成会议纪要； h) 经公司三级审核后，形成咨询初步成果； i) 召开咨询成果的定案会议，达成共识后会签；
j) 如被审单位有异议，必须在接到咨询初步成果15日内提书面意见，逾期未答复的视为已被认可；
k) 对被审单位的书面意见，项目负责人报公司专业技术委会进行再审议，对合理意见应采纳，作适当的修订、调整，形成决定性意见；
l) 项目负责人起草成果文件，报技术负责人签批； m) 完成资料交接整理立卷归档； n) 咨询服务回访与总结； o) 咨询成果的信息化处理。
3）结算的审核期限约定
单项工程竣工后，承包人应在提交竣工验收报告的同时，向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，应按以下约定时限进行核对（审查）并提出审查意见。
工程竣工结算报告金额 审查时间 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起20天 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起30天 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起45天 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起60天 1 500万元以下 2 500万元－2000万元 3 2000万元－5000万元 4 5000万元以上 建设项目竣工总结算在最后一个单位工程竣工结算审查确认后30天内汇总，送发包人后60天内审查完成。
（二） 审计方法与操作要点 一）审计方法
具体审计方法采用查阅资料、复核计算、专家咨询、现场取证、会议座谈、信息披露和经验总结等方法。
二）操作要点
1．参加监理例会，全程参加监理单位主持的例会，与建设单位主管部门、监理单位、设计单位、施工单位等部门联动协调，随时提示审计程序的合规要求，审核计价的合理报审等事宜。
2．参加内部审计会议及建设单位主管部门联席会议定期及不定期（重要及临时事宜）举行内部审计会议，沟通汇报项目进展情况，及时计划下一步审计工作并开展实施，有效组织审计工作的执行。
3．实时跟踪现场，做好重要事项的查勘、取证、见证工作，审计组派代表常驻现场，进行日常查勘、见证施工进度及监理工作程序，对于重要事项，审计组参与会议、检验等事宜。做好相关资料的收集取证工作，见证事项真实性，为审计工作进行奠定基础。
4．独立进行市场考察，参加设备、材料采购统一市场考察，履行设备、材料的询价采购参考职能，坚持独立考察市场，同时参加建设单位主管部门集体讨论，确定设备、材料采购的统一市场考察，了解建材市场真实销售状态，完成审核谈判委托工作，为建设单位主管部门确认采购价格做出决策参考。
5．编制审计日记，审计组坚持全程编写审计日记，记录程序及实质问题，为审计工作保存第一手资料，验证审计工作过程。
6．编制审计底稿，随项目实施进行，审计组对于涉及造价控制的招标、合同等文件管理，价款审核的费用内容、费用分配、计价性质，以及市场询价状况等方面，采集对造价有影响的相关事项，编制审计底稿，记载其产生、解决和效果等内容，为审计工作总结经验。
7．编写过程简报及总结, 照月份及施工阶段，审计组编写工程简报和总结资料，及时与各方进行沟通汇报，使审计工作及时为项目管理和实施服务，以及提示风险，进行价款控制监督。同时，接受各相关部门的对等审查监督，做到依法审计。
8．非书面咨询服务, 合建设项目实施的时间及地点特征，随时为各方提出口头性或纪要性咨询意见，提供即时的造价咨询服务。