建立文本的方法: 利用文本工具
,在所希望出单击即可。需要重新编辑的话,在原文本处单击。在工具
栏Text下拉菜单中,可以改变字体,字形,以及字号。
在字形子菜单中包括三种常见字的操作:Superscript、Subscript、Formula,Superscript是上标,Subscript是下标,Formula字形,数字自动缩小,比如输入C6H6时,自动形成C6H6。 文本文件默认的是左对齐,在Text下拉菜单中有Flush Left(左对齐), Centered(中间对齐), Flush Right, Justified(两端对齐)Stacked Above(上标记调整)。如图2-6。 ? Flush Left,第一行首字母与键相连。全部左对齐 ? Centered,中间字母与键相连。
? Flush Right,第一行首字母与键相连。全部右对齐。 ? Stacked Above,最后一行最左面的字母与键相连。
以上各点需注意,根据所标记原子的位置来选择正确的操作。否则会出现原子与结构的重叠等错误。
图2-6Examples of the atom label justifications
输入希腊字母和一些化学符号时,有两种方法:
1) 通过模板中的special character中的字符进行输入。这种操作优点是方便快捷,缺点
在于对字号无法改变,放置位置不好掌握。 2)
在Text菜单中的Font子菜单选择Symbol,字母与希腊字母对应关系
α-a,β-b,π-p,ω-w等等,基本根据形声进行对应。8.0以上版本中,在view菜单中,选择Show Character Map Window即可看到对应。如图2-7
4.2原子符号的标记
选择文本工具,在一个原子上定位,单击即可输入。实键工具双击进入标记。
图2-7Character Map Window
在标记原子是可以采用快捷键,具体见后面第8节技巧的使用。
有一个方法可以重复标记相同的原子,选择文本,标记一个原子,在其他位置,双击既可重复。而选择实键工具等时,双击标记原子,三击重复标记。
在File/Preference对话框中,有两个选项,Require ALT+ENTER to Create a New Line in Atom Labels,Require ALT+ENTER to Create a New Line in Captions,分别表示在原子标记和说明文本中对换行的控制,选中,则代表需要用ALT+ENTER进行换行,直接回车则退出。
第四节绘制轨道和符号
4.1轨道工具
点击会出现一系列子目录,使用方便,可以绘制各种轨道,没有过多要说的。
4.2化学符号
即可进入,分别就一些并不常用的符号工具举例进行演示。
1)
和
分别表示沿Z轴向平面外伸和进入的H原子。如图2-8
图2-8 H点H划的应用
2)
和
阳离子阴离子符号,在对应原子附近定位,当出现反色的小方块时,点击即可,符号会自动集成到原字上。表示带电的基团。 其他的仅举一例,如图2-9。
图2-9正电荷符号的应用
另外,所有化学符号,按住shift键同时拖动鼠标可以进行旋转。
第五节化学查询工具
query tools1)
,化学查询工具,用于绘制化学查询结构,已用于在数据库中的查询。
,可以用来编辑可替代基团的索引,例子如图2-10
2-10Alternative groups
2) 3)
,在任意原子处点击,出现*,表示查询时*处原子上的取代基可以为任意结构。 ,可以标记化学反应中原子位置的变化,以原子序数说明。如图2-11。
图2-11 Atom to Atom Tool
4) 连接点工具,用于连接点的编号,这些编号表示子结构和母结构的对应。
5) 立体化学标旗,用于给结构分配一个特殊的符号来确定一种解释,如图2-12
图2-12外消旋,绝对和相对符号
? Racemic-A racemic mixture.
? Absolute-A pure enantiomer of known configuration. ? Relative-A pure enantiomer of unknown configuration.
6) 元素列标记和非列标记
查询结构为指定元素之一或者除去所有指定元素,格式如下
结构绘制完成后,保存为F1查询文件,可以在数据库及chemfinder中进行调用。查询原子和键的属性还可以在Structure/Atom Properties和Structure/Bond Properties中进行设置。因为使用较少,不在这里赘述,如果需要可以在帮助菜单中查寻。另外帮助菜单中还有各个属性与不同数据库的匹配,均可进行参考。
第六节绘制箭头,弧及其他图形
6.1箭头工具
所有箭头工具如图2-13,根据需要选择,按中shift并用鼠标指向箭头头部,按住鼠标 左键可进行箭头的拉伸,缩短和转向。
选中箭头,可以进行整体的旋转,具体方法见选中工具。