2. 定位快捷标记原子
建立一个化学结构,把键工具或者文本工具放在原子处,此时出现选择块,按快捷键即可。如果元素原子,氢会被自动加上。
此功能有覆盖的功能,在已经标记的原子处,点击新的快捷键,原原子将被覆盖。 使用选择工具可以标记被选结构中所有的原子。如图2-20。
图2-20标记所选结构原子
特别要说明的,再添加新的键或者删除键时,H原子数会自动进行添减。 3. 默认的快捷键
在主界面上有一些默认的快捷键,很好用,将鼠标移至所标记原子处,按动以下键,会得到意外的效果。
1) Enter键:打开原子标记文本框 2) Space(空格键):删除光标处原子标记
3) /键:显示原子属性对话框或键属性对话框,依照所指向内容而定。
4) =键:显示列举俗名对话框,比如Me代表甲基等。点击则标记所选基团,详见8.2 5) . 键:增加一个连接点。(关于连接点,详见第五节查询结构)
4.快捷键的对应,在chemoffice2002\\chemdraw\\chemdraw items目录下可以找到cs chemdraw hotkeys文件。里面有个快捷键所代表的标记。列在下面 a A A Ac b Br
c C C Cl d D e Et E COOCH3 f F h H i I k K l Cl m Me n N N Na o O p P P Ph q Q r R s S S Si t TMS T OTs
x X 1 n-Bu 2 s-Bu 3 t-Bu 4 Ph 5 Ac 6 CH2OH
可以在此文本文件中增加新的快捷键,在新的一行中,输入想用的键,输入空格,在输入这个键所代表标记,保存即创立新的快捷键。
8.2俗名(nickname的应用) ?
俗名,英文是nickname,也就是一些集团的缩写,在
chemoffice2002\\chemdraw\\chemdraw items目录下有文本文件generic nicknames,在其中可以看到各种官能团的名称,比如Ph代表苯环,Me代表甲基等等。
? 察看俗名可以在File下拉菜单中点击list nicknames,也可以使用前面讨论的快捷
键”=”
? 俗名的输入: 1) 通过文本键入俗名
2) 定位于已绘制的结构中的原子处。
按“=”键
从中选择所需要结构,回车或者点击OK即可。
? 定义新的俗名比较复杂,而且很少应用,故不再次赘述。
? 对于已含俗名的结构,可以通过structure菜单中expand/ contract label进行展开和标
记。 8.4多中心结构
在这里以二茂铁为例,进行说明。如图2-21。
图2-21二茂铁
1) 在模板中,找到cp rings子菜单,分别选择最左列第一个和第三个
2) 选择一个环戊二烯基,从Structure菜单中,选择Add Multi-Center Attachment,此时
结构的中心会出现一个*号立一个单键。
3) 选择这根实键,从Object下拉菜单中选择send to back 4) 在键端键入Fe
5) 为了看起来更舒服,可以使用Alt键进行键的拉长 6) 同样方法对另一个五元环进行处理。
7) 选中所有结构,从Object下拉菜单中选择Group。如图2-22
,表明它有一个中心节点。选择实键,在*处按动建
图2-22二茂铁的绘制
需要注意的是,实际绘制时,系统总是给出出错信息,看具体出错原因知道是因为原子与键或另一个原子距离过近,可以忽略。点击鼠标右键,去掉display warnings即可。
8.5检查结构信息
1. 检查结构structure/check structure 将会在对话框中给出出错信息。 2. 分析信息view/show analysis information
在其中会给出分子式(formula),精确质量(exact mass),分子量(molecular weight),元素分析(element analysis),也就是结构中每种元素的质量百分比。可以有选择的进行复制粘贴。 3.结构整理
Clean up structure主要是规范键长键角,大部分结构不需要整理,像交叉双肩,三键,大环等不能进行整理。适用于结构整理的,据我自己的实践主要是一些用单键绘制的链式或者五元六元环结构。