生态补偿问题牵扯到许多部门和地区，具有不同的补偿类型、补偿主体、补偿内容和补偿方式。为此国家应建立一个具有战略性、全局性和前瞻性的总体框架，从宏观尺度来看，生态补偿问题可分为国际范围的生态补偿问题和国内生态补偿问题。国际生态补偿问题包括诸如全球森林和生物多样性保护、污染转移（产业、产品和污染物）和跨国界水资源等引发的生态补偿问题；国内补偿则包括流域补偿、生态系统服务功能的补偿、资源开发补偿和重要生态功能区补偿等几个方面（表1）。
表1 生态补偿的地区范围、类型、内容和补偿方式
地区范围 补偿类型 补偿内容 补偿方式 多边协议下的全球购买； 区域或双边协议下的补偿； 全球、区域和国家之间的市场交易 国内补偿 生态系统服务补偿 流域补偿 大流域上下游间的补偿 地方政府协调； 全球、区域和全球森林和生物多样性保国家之间的护、污染转移、温室气体排放、跨界河流等 国际补偿 生态和环境问题 跨省界的中型流域的补偿 财政转移支付； 地方行政辖区的小流域补偿 森林生态补偿 草地生态补偿 湿地生态补偿 自然保护区补偿 海洋生态系统 农业生态系统 市场交易； 企业与个人参与 国家（公共）补偿财政转移支付； 生态补偿基金； 市场交易 重要生态功能区补偿 水源涵养区 生物多样性保护区 防风固沙、土壤保持区 调蓄防洪区 中央、地方（公共）补偿； NGO捐赠； 私人企业参与 资源开发补偿 土地复垦 植被修复 受益者付费； 破坏者负担； 开发者负担 生态补偿重点领域的确定，应当本着国家和地区的需要，结合现有的工作基础进行综合考虑。补偿主体，可以按照责任范围进行划分。一般来说，对大面积的森林、湿地、草地等重要生态功能区和国家级自然保护区等生态系统服务的补偿主要由中央政府重点解决；对矿产资源开发和跨界中型流域的生态补偿机制应由政府和利益相关者共同解决；地方政府重点是建立好城市水源地和本辖区内小流域的生态补偿机制，并配合中央政府建立跨界中型流域的补偿问题。对于区域间以及重要生态功能区的生态补偿问题，应当是在流域和生态系统服务诸要素的生态补偿的基础上进行整合，并结合不同区域的特点和生态系统服务的贡献等进行综合考虑。
4.2 生态补偿的主体和补偿原则
生态补偿主体应根据利益相关者在特定生态保护/破坏事件中的责任和地位加以确定；生态补偿的付费和补偿可根据下面三个原则确定。 4.2.1破坏者付费原则
破坏者付费原则（简称DPP），主要针对行为主体对公益性的生态环境产生不良影响从而导致生态系统服务功能的退化的行为进行的补偿。这一原则适用于区域性的生态问题责任的确定。 4.2.2使用者付费原则
生态资源属于公共资源，具有稀缺性应该按照使用者付费原则，由生态环境资源占用者向国家或公众利益代表提供补偿。该原则可应用在资源和生态要素管理方面，如占用耕地、采伐利用木材和非木质资源、矿产资源开发，企业在取得资源开发权时，需要向国家交纳资源占用费。 4.2.3受益者付费原则
在区域之间或者流域上下游间，应该遵循受益者付费原则，即受益者应该对生态环境服务功能提供者支付相应的费用。如对国家生态安全具有重要意义的大江大河源头区、防风固沙区、洪水调蓄区等区域的保护与建设，国家级自然保护区与国家级地质遗迹或自然与文化遗产的保护，受益范围是整个国家乃至世界，国家应当承担其保护与建设的主要责任。同时，国际社会亦应承担相应责任。区域或流域内的公共资源，由公共资源的全部受益者按照一定的分担机制承担补偿的责任。
4.2.4保护者得到补偿原则
对生态建设的保护做出贡献的集体和个人，对其投入的直接成本和丧失的机会成本应给予补偿和奖励。
4.3 补偿标准确定的方法与依据
生态补偿标准的确定一般参照以下4方面的价值进行初步核算：生态保护者的投入和机会成本的损失；生态受益者的获利；生态破坏的恢复成本；生态系统服务的价值。
4.3.1按生态保护者的直接投入和机会成本计算
生态保护者为了保护生态环境，投入的人力、物力和财力应纳入补偿标准的计算之中。同时，由于生态保护者要保护生态环境，牺牲了部分的发展权，这一部分机会成本也应纳入补偿标准的计算之中。从理论上讲，直接投入与机会成本之和应该是生态补偿的最低标准。 4.3.2按生态受益者的获利计算
生态受益者没有为自身所享有的产品和服务付费，使得生态保护者的保护行为没有得到应有的回报，产生了正外部性。为使生态保护的这部分正外部性内部化，需要生态受益者向生态保护者支付这部分费用。因此，可通过产品或服务的市场交易价格和交易量来计算补偿的标准。
通过市场交易来确定补偿标准简单易行，同时有利于激励生态保护者采用新的技术来降低生态保护的成本，促使生态保护的不断发展。 4.3.3按生态破坏的恢复成本计算
资源开发活动会造成一定范围内的植被破坏、水土流失、水资源破坏、生物多样性减少等，直接影响到区域的水源涵养、水土保持、景观美化、气候调节、生物供养等生态服务功能，减少了社会福利。因此，按照谁破坏谁恢复的原则，需要通过环境治理与生态恢复的成本核算作为生态补偿标准的参考。 4.3.4按生态系统服务的价值计算
生态服务功能价值评估主要是针对生态保护或者环境友好型的生产经营方式所产生的水土保持、水源涵养、气候调节、生物多样性保护、景观美化等生态服务功能价值进行综合评估与核算。国内外已经对相关的评估方法进行了大量的研究。就目前的实际情况，由于在采用的指标、价值的估算等方面尚缺乏统一的标准，且在生态系统服务功能与现实的补偿能力方面有较大的差距，因此，一般按照生态服务功能计算出的补偿标准只能作为补偿的的参考和理论上限值。
参照上述计算，综合考虑国家和地区的实际情况，特别是经济发展水平和生态破坏，通过协商和博弈确定当前的补偿标准；最后根据生态保护和经济社会发展的阶段性特征，与时俱进，进行适当的动态调整。
4.4 生态补偿的途径与方式
生态补偿的方法和途径很多，按照不同的准则有不同的分类体系。按照补偿方式可以分为资金补偿、实物补偿、政策补偿和智力补偿等；按照补偿条块可以分为纵向补偿和横向补偿；从空间尺度大小可以分为生态环境要素补偿、流域补偿、区域补偿和国际补偿等；而补偿实施主体和运作机制是决定生态补偿方式本质特征的核心内容，按照实施主体和运作机制的差异，大致可以分为政府补偿和市场补偿两大类型。 4.4.1政府补偿方式
根据中国的实际情况，政府补偿机制是目前开展生态补偿最重要的形式，也是目前比较容易启动的补偿方式。政府补偿机制是以国家或上级政府为实施和补偿主体，以区域、下级政府或农牧民为补偿对象，以国家生态安全、社会稳定、区域协调发展等为目标，以财政补贴、政策倾斜、项目实施、税费改革和人才技术投入等为手段的补偿方式。政府补偿方式中包括下面几种：财政转移支付，差异性的区域政策，生态保护项目实施，环境税费制度等。
4.4.2市场补偿机制
交易的对象可以是生态环境要素的权属，也可以是生态环境服务功能，或者是环境污染治理的绩效或配额。通过市场交易或支付，兑现生态（环境）服务功能的价值。典型的市场补偿机制包括下面几个方面：公共支付，一对一交易，市场贸易，生态（环境）标记等。
5．几个重点领域的生态补偿机制 5.1 流域的生态补偿
多年来，为保障各流域的生态安全、保证流域水资源的可持续利用，大多数河流上游地区都投入了大量的人力、物力和财力进行生态建设和环境保护。而我国大多数河流的上游地区又往往是经济相对贫困、生态相对脆弱的区域，很难独自承担建设和保护流域生态环境的重任，同时这些地区摆脱贫困的需求又十分强烈，导致流域上游区发展经济与保护流域生态环境的矛盾十分突出，如何协调好这种关系，就需要下游受益区和中央政府来帮助流域上游区分担生态建设的重任。因此，建立流域生态补偿机制，实施中央及下游受益区对流域上游地区的补偿机制，可以理顺流域上下游间的生态关系和利益关系，加快上游地区经济社会发展并有效保护流域上游的生态环境，从而促进全流域的社会经济可持续发展。
建立流域生态补偿机制的关键在于理顺各责任主体的关系，而责任主体的关系因流域尺度不同会有差异。流域生态补偿机制设计的总体思路主要包括：一是确定流域尺度；二是确定流域生态补偿的各利益相关方即责任主体，在上一级环保部门的协调下，按照各流域水环境功能区划的要求，建立流域环境协议，明确流域在各行政交界断面的水质要求，按水质情况确定补偿或赔偿的额度；三是按上游生态保护投入和发展机制损失来测算流域生态补偿标准；四是选择适宜的生态补偿方式；五是给出不同流域生态补偿政策。
流域生态补偿的主体包括两个方面：一是一切从利用流域水资源中受益的群体；二是一切生活或生产过程中向外界排放污染物，影响流域水量和流域水质的个人、企业或单位。补偿客体是执行水生态保护工作等保障水资源可持续利用做出贡献的地区，一般是流域上游区域(包括流域上游周边地区)。
流域生态补偿方式包括：资金补偿、实物补偿、政策补偿等。