遂杀契丹所置监国少监，欲求议和。上先遣按力不也奴、答儿拜二人使其国。亦都护大喜，待我礼甚，即遣其官别吉思、阿邻帖木儿二人入奏，曰：‘臣窃闻皇帝威名，故弃契丹旧好，方将遣使来通诚意，躬自效顺。岂料远辱天使降临下国，譬云开见日，冰件得水，喜不胜矣！而今而后，当尽率部众为仆为子，竭犬马之劳也。’ ”
1211年亦都护巴而术阿而忒遵照成吉思汗的命令，到怯绿连河（今蒙古之克鲁伦河）朝见。成吉思汗给他以很大的荣誉，“使尚公主也立安敦，且得序于诸子”，即不仅娶了公主作妻子，而且排在术赤、察合台、窝阔台、拖雷之后，成为成吉思汗的“第五子”。以后在蒙古征服中亚的战争中，巴而术阿而忒“将部曲万人以先，纪律严明，所向克捷”；他又参加征西夏，皆有大功”[元史·巴而术阿而忒的斤传]。因此，高昌回鹘王国在大蒙古国里与其他被征服国家的政治待遇不同，仍作为一个附庸国保存下来，日本学者安部健夫称之为“第五汗国”。巴而术阿丽忒死后，他的子孙继续作为国王统治着高昌回鹘（元代译作畏兀儿或畏兀）。都哇叛乱后，高昌王带领一部分回鹘人迁居河西走廊的永昌一带，仍称“高昌王”，“治其部”，一直延续到天历（1328～1330年）之后。原来的高昌回鹘王国故地，一部分元朝设官直接统治，一部分为察合台汗国归并。
高昌回鹘王国，德国学者冯·加班认为不是汗国性质，而是王国性质，“王国内部秩序很好，精神生活活跃，物质生活富裕。”王国的官制深受汉文化的影响，从保存下的文书中看，有宰相、枢密使、金紫光禄大夫、检校太师、左神武大将军、御史大夫、上柱国封剿谯县开国子、监使、判官、都督等官名、爵位和勋位等；同时也保留着北方游牧民族的官名、爵位，如于越、于尔奇、断事官、特勤，伯克等。