图6 泛素Licorice, Tube and NewCartoon显示方法
1．4 学习不同的着色方法
1 现在，让我们来改变所显示图像的颜色。选择Coloring Method——ResType图5（c），这可以区别非极性基团（白色），碱性基团（蓝色）、酸性基团（红色）和极性基团（绿色）。
2 选择Coloring Method —— Structure (c)，确定NewCartoon表示的图形与二级结构相一致。
1．5 学习不同选择
让我们来看一看分子中不同的独立的部分。
1 如图5（f），在Graphical Representations窗口的Selected Atoms文本输入框中删去“all” , 输入helix，然后按下apply按钮或者按下键盘上的Enter或者Return键（每当在文本框中输入后都可执行同样的操作），VMD会显示出分子中的α螺旋结构。
2 在Graphical Representations窗口中选择Selections标签，如图7（a）。在Singlewords (b)这一部分中你可以发现可以输入的选项表列。例如，要显示β折叠而不是α螺旋，就可以在Selected Atoms的文本输入框中输入合适的词。
布尔操作组合也可以用于选择时的文本输入。
3 为了看分子除了α螺旋和β折叠的部分，可以在Selected Atoms中输入：(not helix)and(not betasheet) :
4 Selections标签 （b）的Keyword (c)栏可根据蛋白质某些部分的特定值来进行选择。看一看Keyword resname (d)中的可能值。输入(resname LYS)或者
(resname GLY)可以显示蛋白质中所有的赖氨酸或者甘氨酸。赖氨酸在泛素的构型中扮演重要的角色。 .
5 现在，把当前显示的Drawing Method改变到CPK模式，把Draw Style中的Coloring Method改到ResID。在屏幕中可以看到不同的赖氨酸和甘氨酸。每一种有多少个你能数得清吗？
6 在Selected Atoms的文本输入框中输入water。选择Coloring Method ——Name。你可以看到在整个系统中的58图7 Graphical Representations窗口和Selection标签 个水分子（实际上只有氧被显示出来）。
7 为了看一看哪些水分子离蛋白质分子更近一些，可以用within命令。输入waterwithin 3 of protein，这就选择了距离蛋白质3埃之内的所有的水分子。
8 最后，在Selected Atoms中键入下列内容： : Selection Action protein resid 1 (resid 1 76) and (not water) (resid 23 to 34) and (protein) Shows the Protein The first residues The first and last residues The _ helix
前述的选项提供了研究蛋白质或其他分子的有力工具。
1．6 多重显示
如图8（a），在Graphical Representations窗口中，用Create Rep按钮可以创建多重显示图像。因此，你可以让分子的不同部分显示不同的样式和颜色。
1 对当前显示，把Drawing Method 设为NewCartoon，把Coloring Method 设为Structure.
2 在 Selected Atoms 中键入 protein.
3 按下Create Rep键（a），现在，用Draw Style菜单项和Selected Atoms文本输入框来更改新的图形显示，可以把Drawing Method设为VDW，Coloring Method设为ResType，并键入resname LYS，使其成为当前选择。
4 重复前述步骤，产生下列两种新的显示方法：： Drawing Style 图8 泛素的多重显示方法
Selection Water Resid 1 76 and name CA Coloring Method Name ColorID1 CPK VDW ，
5 再次按下Create Rep按钮，创建最后一个图形显示法。选择Drawing Method —— Surf, Coloring Method —— Molecule，在Selected Atoms中键入protein。在Material 部分(c)中选择Transparent菜单项。
6 用鼠标你可以选择已创建的不同的显示法，并可以独立地改变其中的任何一种。你也可以用双击鼠标或者Delete Rep按钮打开或关闭它们。关闭第二个和最后一个图形表示法。在这一部分的最后，Graphical Representations窗口的显示如图8 ，
1．7 Sequence Viewer Extension 当第一次处理一个蛋白质分子的时候，快速找出和显示不同的氨基酸是非常有用的。Sequence
Viewer Extension可以让你很容易地选出和显示氨基酸残基。
1 选择Extensions ——Analysis—— Sequence Viewer菜单项，一个包含氨基酸（图9e）和它们属性的列表（b）和（c）的窗口（图9 a）会出现在屏幕上。
2 用鼠标点击列表中不同的氨基酸残基（e），观察它们是如何被标记为高亮的。另外，高亮的残基还会在OpenGL Display窗口中以黄色bond drawing方式显示，因此你可以很容易地观察它们。用鼠标右键可以解除选择。
3 用Zoom滑块控制窗口（f），使其能够显示所有残基。这在大的蛋白质分子中比较有用。
4 按住shift键时同时按下鼠标，就可以同时选择多个残基。看一下图中显示的残基48, 63, 11
图9 sequence窗口 和29 (e)。.
5 观察Graphical Representations窗口，用SequenceViewer Extension，你应该能发现一种新的显示所选残基的方法。就像你以前做过的那样，你可以修改、隐藏、或者删除这种显示方法。 赖氨酸的相关性。多个泛素链可以被C和N末端肽键连接，也可以通过lys48，63，11或者29连接（就是你在sequence窗口中选择的）不同连接形成的链有着与功能相关的不同的属性。
关于残基的信息用柱状彩色标记表示，它们是从STRIDE中得到的。B-value表示的是温度因
子的变化，struct表示二级结构，在图中，各种颜色所代表的意义都用字母作了标注。 . T E B H G I C Turn Extended conformation (_ sheets) Isolated bridge Alpha helix 3-10 helix Pi helix Coil
1．8 保存结果
用VMD创建的图形可以与创建的图形显示法，VMD环境设置一起保存。这里提到的VMD环境设置包括你开启一个新的VMD环境所需要的所有信息，这就不会使你以前的工作成果丢失。
1 在VMD主窗口，选择File ——Save State菜单项，写上一个合适的文件名（例如：myfirststate.vmd)保存。
File —— Load State菜单项允许你导入一个保存过VMD环境设置，就像保存时一样，虽然设置好的VMD环境允许你用VMD来处理蛋白质的图像，探索它的性质，但是你通常需要得到能用于论文和其他各种文件的图像。VMD可以润色图像，产生一个可作它用的图像文件。如下所述：
2 用你已经学过的所有关于VMD的知识，用缩放、旋转和改变分子位置的方法找到蛋白质分子的合适的视野。打开和关闭不同的显示方法，提高选择的分辨率，调整其他属性。如果你想得到一个质量很高的分子，注意每一个显示方法的分辨率。
3 注意你用Sequence Viewer extension创建的新显示法。如果需要的话，隐藏或者删除它们。
4 在润色图像之前，选择Graphics —— Colors菜单项，改变背景颜色。选择Display category, Background name和 8 white color.。这样背景就变成白色的了。
5 选择File—— Render菜单项(渲染)，一个叫做File Render Controls的窗口会在屏幕上出现。
6 可以用不同的文件包来润色分子。如果你用的操作系统是Unix或者Mac OS X，就在Render using菜单中选择TachyonInternal，否则选择Tachyon。
7 在Filename文本输入框中键入图像要保存的文件名，例如：picture.tga 或者picture.dat (默