PyMOL使用入门
然后你能看到下图所示的帮助信息了。其他命令的帮助信息也可通过同样的方式获得，比如help color、 help select、help show等等。
到此为止，基本操作就算学完了，已经学过了如何选择如何显示各种模式如何着色如何做标签，一副精美而有科学意义的图片是由基本命令组合使用完成的，这一点只能多用多练。
2.4 Object和selection
PyMOL中还有一点非常重要但是解释起来挺麻烦，我试着阐述一下。最初下载7cel生成一个7cel小框，后来做选择时也生成了一个geng小框，这两者有区别吗？可以点击一下A按键，看看两者显示的工具框是否不一样，如下图所示
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PyMOL中管7cel叫Object，而所做的选择叫selection。两者什么区别呢？Object是实实在在的物体或东西，而selection是一种虚指。Object删除后，selection也就消失了；而selection删除后被选择的原子不会从蛋白中消失，对object没有任何影响，所删除的只是一个指代名称而已。
管他object还是selection，这对显示有什么影响呢？很有影响，在一些操作中，这两个概念区分不开，常常达不到需要的效果。下面咱们就做几张精美图片，组合运用一下基本操作，练练手。
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2.5 实例操练
上面三张图展示的是λ噬菌体的一种阻遏蛋白和DNA结合的晶体结构，这个阻遏蛋白结合到DNA后可阻止DNA的表达，PDB号是3cro。
下面一步步解释操作过程
删除7cel结构或所有结构 delete 7cel delete all 下载PDB 3cro fetch 3cro 调整蛋白的姿势 orient 点击S按键查看序列中有几条链，或者点击L按键中的Chains使其显示出来，由图可知DNA有A和B两条链，还有两个蛋白分别为L链和R链。
隐藏label直接输入Label即可。
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分别选择DNA和两个蛋白，并命名为dna,prol,pror select dna,chain a or chain b select prol,chain l select pror,chain r 隐藏所有显示模式 hide all 设置dna的显示模式为sticks，设置DNA中的P原子为spheres和cartoon模式。 show sticks,dna show cartoon,name p show spheres,name p 设置两个蛋白为cartoon模式 show cartoon,prol or pror 改变两个蛋白的显示颜色 color red,prol color yellow,pror 改变背景颜色为白色 bg_color white
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此时是不是已经基本显示出下图的效果了？ 但好像还有点粗糙。另外，怎么把做好的图保存下来啊？难道要用截图工具截图吗？
结构打光并保存图片 ray png 001 打光命令ray就像在照相馆照相时需要专门的灯光设备，这里ray打光后，图像显示出景深和立体效果，更加逼真和精美。
保存图片命令非常简单，png后面加上你起的任意文件名即可，回车后图片自动保存在当前工作路径下，图片文件格式是png，看看后缀就清楚了。注意当前工作路径在哪里，还记得pwd命令吧O(∩_∩)O
高清大图怎么做呢？无非就是像素调高一些呗，还是ray命令，不过后面加上横轴和纵轴的像点数 ray 2000,2000 png 002 看一看是不是高清多了，文件也大多了。如果ray后不加参数的话，那么就以PyMOL软件窗口的大小作图，你调的窗口大它就大，你调的小它就小。
好了，现在咱们已经完成第一张精美图片的制作了，很有成就感吧↖(^ω^)↗
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