PyMOL使用入门
接下来，咱们来做第二张和第三张图片
看到这两张图，可能你会觉得很简单，不就是把蛋白show出surface模式吗？可是如果真的这么做 show surface,prol show surface,pror 会发现效果竟然是下面这张图
咦，这是什么情况？！怎么这个图里两个蛋白表面连到一起了？还有蛋白和
DNA的交界面怎么会是裂开的啊？
还记得前面说过的Object和selection的区别吗？前面没理解的话，在这里会有深刻体会的。前面说过Object是实实在在的物体或东西，而selection不过是一个指代名称。选择链l为prol，不过是用prol指代3cro中的链l，但链l和链r还是在3cro中，而没有独立出来，两个蛋白链l与r和DNA链a与b共处在一个object中，它们是一体的，而不是独立的。既然大家都是一体的，显示表面时相互之间当然就是连接的，所以只显示蛋白的表面当然显示出裂开的蛋白DNA交界面，如果你只显示prol的话，还会出现裂开的蛋白交接面呐，见下图
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那怎么显示出锁钥契合而不是相互连成一片的表面呢？既然大家共处一个object办不到，那就独立门户各成一体。建立object使用下面的命令 create pro1,prol create pro2,pror 上面命令的意思就是创建一个名为pro1的object，这个object的原子坐标取自3cro中的prol。
建好object了，就分别显示蛋白的表面 show surface,pro1 show surface,pro2 这一次是不是不再连成一片了？
最后设置一下surface的透明度，把表面内的cartoon显示出来 set transparency,0.4 透明度取值从0到1，0是完全不透明，1是完全透明。
到此再ray一下，保存即可得到第二张精美图。
第三张图只是把表面的颜色改了改，如果用前面所学的color改的话，连cartoon的颜色也会改掉，而只想改变surface的颜色，得使用下面的命令 set surface_color, gray70,pro1 or pro2 把pro1和pro2的表面颜色改为灰70，gray70配合白色背景非常好。也可以只改pro1或pro2的表面颜色。ray一下，保存即可得到第三张精美图。
好啦，总算做完这三张图了\\(^o^)/
最后再补充一点，这么精美的构图打了这么半天命令才打出来，能不能把这
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个效果用软件保存下来，以后直接打开这个保存文件就能恢复呢？
当然可以了，不知你有没有发现，PyMOL是没有撤销功能的，而只能通过不断的保存中间文件来代替撤销功能。怎么保存呢？菜单栏file里有个save session，点击并起个文件名保存为pse格式即可。双击这个pse文件就能恢复。
3. PyMOL学习
上面介绍的只是PyMOL的基本命令和操作，很多功能都没有涉及，比如距离、角度及二面角的测量、静电势分布计算、氢键显示、蛋白结构编辑、突变残基、动画制作以及python编程等等。这些功能可随用随学，不必一下子全学会。如果感兴趣，可继续学习《pymol教程》。当然，别忘了PyMOLwiki网站！
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