10．运行AutoDock4
与运行AutoGrid4 非常相似，ADT菜单：Run → Run AutoDock… 启动运行AutoDock图形界面。点击Program Pathname后的Browse按钮，选择之前放置在1HSG目录中的autodock4程序，以替换界面中默认的autodock3，Parameter File以及Log File程序一般情况都能自动设置好，如须修改点击相应的Browse按钮选择正确的文件即可（图29）。
图29：Run AutoDock对话框
点击Launch按钮，与运行AutoGrid相似，运行程序进行计算，同时弹出过程管理器，显示进程编号、运行时间及状态，还可以随时Kill该autodock4进程，运行完毕后该对话框会自动关闭。
此外，还可以在控制台中输入命令以运行autodock4： autodock4 –p ind.dpf –l ind.dlg & #注意文件名及路径
AutoDock4运行完毕后，程序运行记录以及最终的结果都被保存在“ind.dlg”文件中。
三、结果分析
1．读取对接记录文件（.DLG）
ADT菜单：Analyze → Dockings → Open … 打开对接记录文件“ind.dlg”，弹出信息窗口，显示此日志文件中包含10个对接结果的分子构象以及数据，这与我们之前设置的对接参数是一致的（图30）。
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图30：打开ind.dlg文件后弹出的信息窗口
2．观察对接好的分子构象
ADT菜单：Analyze → Conformations → Load … 将对接结果及分子构象载入到图形窗口中，并且在弹出ind Conformation Chooser对话框中单击列表中的相应分子构象编号后，上部显示窗口即可显示此分子构象的对接数据。而如果双击，则可以将该分子构象载入到分子显示窗口中，以便观察分析（图31）。
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图31：ind Conformation Chooser对话框及显示出来的构象及其对接信息
ADT菜单：Analyze → Conformations → Play …弹出ind播放控制对话框（图32），显示并播放对接分子构象，这样可以通过不同的前进/后退按钮选择不同的分子构象，还可以将所有对接构象按动画方式播放。
图32：ind播放控制对话框
单击ind播放控制对话框上的&按钮，打开Set Play Options对话框，钩选Show Info可显示当前构象的相关信息（图33）。
图33：Set Play Options及Info窗口
将Color by下拉菜单选为vdw，当前构象则按照范德华作用力的大小来进行着色（图34）。
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图34：使用Set Play Options对话框更改构象着色方式
点击Build All按钮可将所有构象重叠在一起显示显示（图35）；如果点击Build Current按钮则将当前显示的构象添加到显示窗口中，方便比较不同的对接构象。
图35：所有构象重叠显示效果
点击Play Parameters，则可设置动画播放选项，包括：帧速率、开始帧、结束帧以及步长（图36）。
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图36：播放参数设置面板
3．聚类构象
ADT可以将对接结果相似的分子构象进行聚类，这样会极大的方便对不同对接结果的分析和比较。
ADT菜单：Analyze → Clusterings → Show … 显示2.0 clustering交互式柱状图（图37），单击柱状图上相应的条带，分子显示窗口中将显示相应的分子构象，ADT默认只对tolerance（RMS值公差）2.0进行一次聚类。图中横坐标为结合能（Energy），纵坐标为分子构象数量（各条带构象数量总合为10）。
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