图37：2.0 rms聚类结果
以上仅按照2.0 rms进行聚类显然还是不容易比较分析对接所产生的10个构象，所以我们分别按rms：1.0，2.0和3.0对对接结果进行重新聚类。
ADT菜单：Analyze → Clusterings → Recluster …重新聚类，将tolerance（RMS值公差）设为1.0，2.0和3.0，输入输出文件名称，点击OK重新聚类。
图38：Cluster ind Conformations对话框
ADT菜单：Analyze → Clusterings → Show … 选择RMS值公差后显示聚类图表（图38）：
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图38：选择不同rms进行聚类的结果
以ind：2.0 rms为例，点击柱状图中最左边条带（纵坐标为2包含两个分子构象），分子构象载入分子显示窗口，同时出现ind对话框，通过点击左/右键可以很方便的切换这两个分子（图39）。
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图39：观察聚类后的分子构象
4．在Receptor环境中观察对接构象
ADT菜单：Analyze → Macromolecule → Open … 载入Receptor刚性部分分子“hsg1_rigid.pdbqt”，这样就能看到Ligand分子在Receptor分子中的情况（图40）。
图40：载入Receptor分子刚性部分后的效果（为了方便观察，将hsg1_rigid以Ribbon模型显示，
两种颜色表示两个亚基）
ADT菜单：Analyze → Grids → Open …打开O原子的AutoGrid Map文件“hsg1.OA.map”（图41，42，43）。
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图41：选择不同原子类型Map文件
图42：设置isocountour的IsoValue值（Kcal/Mol）
图43：打开“hsg1.OA.map”，IsoValue=0.5的显示效果
通过上面的操作虽然能显示不同类型原子的操作，但是确不能很好的将Ligand分子与周围
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Receptor分子氨基酸残基的相互作用表现出来。现在，按照前面介绍过的方法将Receptor上两条链中的两个ASP25氨基酸残基显示为求棍模型，调整观察角度及位置。从下图（图44）中不难看出，抑制剂中（Ligand）O2原子，被两个ASP25残基上的O所形成的氧亲和性口袋所浸没。而且如果你载入其他能量较低的分子构象，你会发现不同对接构象中的这个氧原子同样被浸没在这个口袋中，可见这个O在这个抑制剂中起了至关重要的作用。
图44：Receptor的两个ASP25残基上的O与Ligand上O的相互作用
ADT 菜单：Analyze → Dockings → Show as Spheres … 将对接得到的所有分子构象结果都以小球的形式显示。下图（图45）中每一个小球表示该构象的几何中心，以方便不同构象之间的观察比较。
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