负责港口企业、水路运输企业及服务业的年审年检工作；负责集装箱国际班轮航线的审核，水运、港口及相关企业有关资料和信息的收集、统计、分析与传递工作。
深圳港引航站为深圳市交通局（港务管理局）的事业单位，从1996年起实行“一港一引航”的体制，主要负责深圳港各港区的船舶引航工作，其主要职责是对外轮实施强制引航，为国轮提供引航服务。
还有港口工程质量监督站负责港口及其配套建设项目的工程质量和安全工作的监督；广东省船舶检验局深圳检验分局负责部分深圳港籍船的检验和服务工作。
十八、创建资源节约型和环境友好型港口
吞吐量虽然是衡量港口实力的重要指标，但不是唯一指标，也难以全面体现港口的综合竞争力和对区域经济的服务能力。港口发展包括三个方面：速度、质量与可持续性。就深圳的现实情况而言，发展质量与可持续性尤为重要。随着深圳港规模的不断扩大，港口及与港口相关产业发展所带来的岸线、后方陆域、集疏运条件、环境影响等压力越来越突出。港口岸线及后方陆域是一种不可再生的稀有资源。只有根据实际情况和发展需求，做好充分、高效、负责任及可持续的开发与利用，是港口发展的永恒主题。深圳港在迈向国际大港的进程中，必须向资源节约、环境友好、人与自然和谐发展的方向努力。
打造“环境友好生态型港口”规划先行
为确保深圳港的可持续发展，深圳港委托交通部规划研究院对修
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编的《深圳港总体规划》开展环境影响评价，力求深圳港在保持健康快速发展的同时，建设“环境友好生态型港口”，并将环境评价结果作为总体规划的重要部分。不再沿用总体规划制后开展环境评价的作法，使港口总体规划与环境评价同步进行、产生互动，为建设“环境友好生态型港口”奠定坚实基础。
政府高度重视采取有效措施 （一）扶持政策
根据深圳港主要依靠公路集疏运的现实情况，为建设资源节约、环境友好、人与自然和谐型港口，减轻陆路运输压力，减少汽车尾气排放和产生的噪音，进一步促进港口及相关产业的发展，市政府在2007年2月份出台了《关于进一步促进深圳港发展的若干意见》,并制订了《深圳港航产业发展财政资助资金管理暂行办法》，明确对有利于资源消耗低、环境污染少的运输方式——江海联运和海铁联运的发展进行奖励或资助，包括对在深圳港新增的集装箱国际班轮航线、沿海内支线和公共驳船班轮航线的经营人给予相应的奖励；对组织集装箱重箱从内河和沿海水路到深圳港中转出口的经营人给予一定的奖励；对开通海铁联运“五定”班列的实际经营人给予相应的奖励。通过这些政策措施，运用政府有限的财政资源，在促进港航产业链均衡发展的同时，鼓励企业开展环保运输，以达到进一步提高深圳港整体竞争力的目的。
（二）大力推进海铁联运和江海联运
由于铁路运输具有运量大、安全、环保、不受燃油影响的特点，
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深圳港大力发展集装箱海铁联运，通过平盐铁路、平南铁路延伸到东西部港区。目前已开通成都至深圳、南昌至深圳、长沙至深圳、昆明至深圳集装箱运输班列。盐田港区2007年4月已开通了广州大朗至盐田、赣州至盐田的集装箱货运班列，并充分发挥自有铁路——平盐铁路的专用疏港铁路的作用，通过接驳京九及京广线，可为铁路沿线的进出口企业提供工厂到盐田港区一站式海铁联运服务。西部港区通过平南铁路除进行集装箱疏运外，还将进口铁矿石运输到广东、江西、湖南的炼铁厂。2007年通过铁路运输的集装箱吞吐量达到4万标准箱左右。
全力推进和实施“珠江战略”，加强深圳港与珠江水系港口的合作和联盟，增强深圳港对支线货源的吸纳能力，与香港珠江船务发展有限公司签订了《战略合作框架协议》；西部港区的“华南公共驳船快线”业务取得了良好的进展，在包括广东珠三角和海南海口、广西北海、防城在内的17个城市的39个港口开通了24条定期定班、10条不定期驳船航线；开通了首条澳门至深圳的水路集装箱货运航线。为推动客户选择“华南公共驳船快线”服务，深圳西部港区的码头公司积极开拓水路驳运业务，通过到货源地举办推介会等方式，让班轮公司、货主及贸易公司对“华南公共驳船快线”高效便捷、节约成本等方面的优势有了更深入的了解，近几年该快线的运量在不断增长。
积极实施节能减排，走可持续发展的道路
深圳港在高速发展的同时，十分注重“绿色港口”的建设，目前正在积极实施节能减排，把港口发展和资源利用、环境保护有机地结
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合起来，大量采用新技术、新工艺来保护生态环境，走资源消耗低、环境污染少、增长方式优、规模效应强的可持续发展道路，努力建设“绿色港口”。
（一）借鉴国外先进经验
2007年6月12日，盐田国际集装箱码头与美国长滩港在深圳签订了《关于环境保护倡议协议的备忘录》，这是深圳港在借鉴国际经验保护港口环境方面迈出的重要一步。长滩港是全球环保港口建设的楷模，赴长滩港取经的国际港口很多，但与之正式签订环保合作备忘录的，盐田国际集装箱码头是第一家。
（二）采取措施，节约用电
盐田港区目前的环保手段涵盖管理与技术两个层面，管理上，在公司内部成立环保委员会，制订了详细的环保计划，让环保观念普及到每位员工、每个角落；技术上，实行一系列设备与技术改造。如岸吊若连续15分钟不作业，其控制电源便自动关掉，38台岸桥每年可节约用电198万度；堆场采用泛光明技术和中央空调使用变频器等，每年可节约用电50余万度。
太阳能是取之不尽的清洁能源，该码头通过安装太阳能路灯实现零电耗，安装70台太阳能热水器每年节省用电12万千瓦时，
（三）技术改造，减少废气排放
盐田港区通过利用波形校正仪改造龙门吊节省用油5%，同时逐步以电能取代燃油改造龙门吊，克服柴油机械带来的废气、噪音污染，节省运营成本近80%；
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此外，将强制船舶进入港区时减速，船舶靠泊后要关闭发动机，采用码头电源供能，确保今后完全实现港区无柴油化。
（四）港区废水处理，减少海域污染
盐田港区通过建设污水处理站和增加油水分离器，将港区产生的污水进行回收处理，达标后排放；将油污水收集后，通过油水分离器提取废油，集中回收；在经过处理后排放的水中养鱼，确保水质达标。国家环保总局领导到港区考察后，给与充分肯定。
（五）其他港区环保措施
本着回馈社会，对自然环境及社会长远发展负责的经营理念，深圳港各港口企业也正在为打造“绿色港口”贡献自己的一份力量。
蛇口集装箱码头将于近期启动一项名为“绿色港口”的计划，为更好地配合和实施这一计划，该码头也将于近期推行ISO14000环境保护管理体系，以规范公司内部组织的环境保护行为，节省资源、减少环境污染，改善环境质量，打造“绿色码头”。SCT与劳氏、BV等多家认证公司及顾问公司磋商。增设环境健康主任、环境健康专员，专职负责公司环保体系的建设和完善。同时积极发动和邀请上下游商业合作伙伴加入绿色环保行动，共同打造可持续发展的绿色物流供应链。在操作及工程技术、流程上，施行的节能减排项目包括有：全面推广龙门吊“油改电”、开展流机“油电混合动力”减排30%试验中央空调节能等。在社区公益活动上鼓励员工积极参与环保，多次组织清洁南山、植树等活动，体现在环保节能方面应尽的社会责任和义务。
正在建设的大铲湾港区集装箱码头一期工程，开港前该码头便打
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