3、二级结构分析
二级结构是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构象，是多肽链局部的空间结构（构象），基本的二级结构有α螺旋，β折叠， β转角，无规则卷曲（coils）以及模序（motif）等蛋白质局部结构组件,它们是构成蛋白质高级结构的基本要素
使用工具：PredictProtein ——http://www.predictprotein.org/
（1）可以获得功能预测、二级结构、基序、二硫键结构、结构域等许多蛋白质序列的结构信息，能提供多项蛋白质性质分析，并有较好准确性
（2）该方法的平均准确率超过72%，最佳残基预测准确率达90%以上。因此，被视为蛋白质二级结构预测的标准。
（3）用户需要注册ID、验证E-mail后，才能使用PredictProtein工具。
分析方法：
将蛋白质序列粘贴文本框中→点击“PredictProtein”提交序列
结果分析
4、结构域分析
结构域是介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。所谓结构域是指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域，又称为辖区。首先，在多肽链某些区域，相邻的氨基酸残基形成有规则的二级结构，然后，又由相邻的二级结构片段集装在一起形成超二级结构，在此基础上多肽链折叠成近似于球状的三级结构。对于较大的蛋白质分子或亚基，多肽链往往由两个或多个在空间上可明显区分的、相对独立的区域性结构缔合而成三级结构，这种相对独立的区域性结构就称为结构域；对于较小的蛋白质分子或亚基，“结构域”和“三级结构”往往是一个概念。
从功能角度看，很多属于多结构域的酶蛋白，其活性中心都位于结构域之间，这是基于:(1)通过结构域容易构建具有特定三维排布的活性中心；(2)结构域之间常只有一段肽链相连，使域间容易发生相对运动，这将有利于
活性中心结合底物或施加应力，有利于别构中心结合调节物和发生别构效应，以利于酶对反应的催化。
蛋白质结构域数据库
结构域预测工具：InterProScan ——http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/ 提供在线提交和本地分析工具（Linux系统）