对树的解释：
NJ法根据修正净差异值先确定节点，再根据各部分到节点的距离构建树。各节点所标的数值为该节点到前一节点的距离。由图可看出，这16条序列是同源序列，具有共同的祖先序列，即'SIVmon Cercopithecus Monkeys'序列。 1. 系统发生分析的步骤？ 主要为三步
（1）分子序列或特征数据的分析； （2）系统发生树的构造； （3）结果的检验。
2. 为什么不直接使用序列的全长，而只是部分序列？
一是由于序列的长度过长，造成比对时的误差较大，同时，由于各序列的长度不同，可能造成比对的失真，同时，比对过长的序列，造成的损耗大，而对比关键的部分序列，效率更大，更能找出差异与联系。
3. 为什么在构建进化树之前需要进行多序列比对？对多序列比对结果应该如何进行处理？
同时比对一组序列对于研究分子结构、功能及进化关系更为有用。例如，某些在生物学上有重要意义的相似性只能通过将多个序列对比排列起来才能识别。同样，只有在多序列比对之后，才能发现与结构域或功能相关的保守序列片段。多序列比对有时用来区分一组序列之间的差异，但其主要用于描述一组序列之间的相似性关系，以便对一个基因家族的特征有一个简明扼要的了解。应进行简单的分析与评判，并进行初步的处理与优化，达到进一步的结果，从而对构建进化树起更加准确的结果。
4. 常用的构建树的方法有几大类？
系统发生树的构建方法分为两大类：
一是基于距离的构建方法。有非加权组平均法、邻近归并法、Fitch-Margoliash法和最小进化方法。
二是基于离散特征的构建方法。有最大简约法、最大似然法、进化简约法和相容性方法。 或者根据建树算法在执行过程中采用的搜索方式，系统发生树的构建方法也可以分为以下3类。 （1）穷尽搜索方法
即产生所有可能的树，然后根据评价标准选择一棵最优的树。 （2）分支约束方法
即根据一定的约束条件将搜索空间限制在一定范围内，产生可能的树，然后择优。 （3）启发式或经验性方法
根据先验知识或一定的指导性规则压缩搜索空间，提高计算速度。 5. 树是如何进行统计学评估的？ 对于所构建的系统发生树，统计分析的误差可能会影响所建树的可靠性。运用大量的模拟实验可以比较这些树的建树方法的统计可靠性。即运用多种方法建树，得到的结果应比较类似，这才说明树构建的合理性。