Ubuntu 14.04 系统下安装 Gromacs 4.6.5
对于初学者来说安装软件比较麻烦，在网上找到安装教程往往安装步骤不全，不能完全安装，导致安装失败，我是刚入门小白，把安装经验记录下来供大家参考。
本文描述了在 Ubuntu 14.04 系统下安装 Gromacs 4.6.5（CPU 版和 GPU版）的详细步骤。
第一步.安装CUDA （在线安装，下载速度有点慢，要有耐心啊）
转自 http://blog.csdn.net/xizero00/article/details/43227019
首先验证你是否有nvidia的显卡（http://developer.nvidia.com/cuda-gpus这个网站查看你是否有支持gpu的显卡）：
$ lspci | grep -i nvidia
查看你的linux发行版本（主要是看是64位还是32位的）：
$ uname -m && cat /etc/*release
看一下gcc的版本：
$ gcc --version
首 先下载nvidia cuda的仓库安装包（我的是ubuntu 14.04 64位，所以下载的是ubuntu14.04的安装包，如果你是３２位的可以参看具体的地址，具体的地址是 https://developer.nvidia.com/cuda-downloads）
wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1404/x86_64/cuda-repo-ubuntu1404_6.5-14_amd64.deb
下载完成之后可以使用如下命令安装它，注意文件名修改为cuda-repo-ubuntu1404_6.5-14_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-
安装好仓库之后，就可以更新你的本地仓库。
sudo apt-get update
最后开始安装cuda以及显卡驱动（安装cuda的同时就会把显卡驱动也全部安装好，这个真的很方便。但是下载的时间有点长。）
sudo apt-get install cuda
需要注意的是，我这里提供的安装方法跟网络上各种安装方法都不一样，他们的方法往往很
复杂
主要是因为：（１）有些教程是手工安装显卡的驱动程序，手工屏蔽系统的默认开源的驱动 （２）安装cuda也是手工进行
使用这个方法的时候千万要注意几个问题：
（１）cuda6.5已经不支持老旧的显卡了所以sm11 等等都必须删除。可以参考我的另一个文章，关于编译opencv3.0的
（２）ubuntu14.04是64位的，并且不要一开始就更新系统补丁什么的，因为系统更新过之后，再安装显卡驱动就会无法进入图形界面，我查看了相关的日志发现是卡在了dbus那边。所以，我建议一安装好ubuntu 14.04就不要更新系统补丁。
安装完之后你需要设置环境变量：
$ export PATH=/usr/local/cuda-6.5/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-6.5/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
设置完毕之后，你还可以选择是否安装cuda附带的示例代码（
$ cuda-install-samples-6.5.sh
cat /proc/driver/nvidia/version 查看nvcc编译器的版本
nvcc -V i
编译cuda的示例代码:
cd ~/NVIDIA_CUDA-6.5_Samples 然后make一下编译代码。 进入bin路径运行devicequery
cd ~/NVIDIA_CUDA-6.5_Samples/bin ./ deviceQuery
具体的安装过程可以参考英文。
http://docs.nvidia.com/cuda/cuda-getting-started-guide-for-linux/index.html
这里必须要强调的是一定要是新的ubuntu14.04 在安装显卡驱动之前千万别更新，否则就无法进入桌面，这个问题困扰了我很久了。重装了是十几遍的系统。
这篇guide只是一些零散的安装步骤以及给后来人对于cuda的一些坑上的提醒。
当然，如果你愿意手工安装显卡驱动等等，你可以参考：https://ouxinyu.github.io/Blogs/20140723001.html 但，还是请参考官方文档为准。
这里我做统一回答，评论里面有人问虚拟机可以用CUDA吗，我回答是不可以，这是个常识性的问
题。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
虚拟机的显卡是虚拟出来的，首先并不是NVIDIA的显卡，而是一个软件显卡。 性能跟实际的显卡没法比。再说CUDA即使装了也用不了GPU计算。
第二步.安装 gromacs
编译机器安装的 NV 显卡驱动为 319.82，CUDA 版本是 5.5（安装在
/usr/local/cuda目录下），已经正确安装软件 freeglut 和 g++。当时安装的时候没有注意这两个软件，如果电脑上没有最好安装一下
转自http://blog.csdn.net/u011622506/article/details/30460261
安装之前，需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版本和规划要安装的目录如下：
序号 软件 1 fftw 2 openmpi 3 cmake 4 gromacs 由于安装过程需要对 /usr/bin 目录进行写操作，建议由管理员用户进行安装。
版本号 3.3 1.6.5 2.8.9 4.6.5 安装目录 /opt/fftw /opt/openmpi 系统设定 /usr/bin /opt/gromacs-4.6.5-cpu（CPU 版） /opt/gromacs-4.6.5-gpu（GPU 版） 使用的软件包： fftw-3.3.tar.gz
openmpi-1.6.5.tar.gz cmake-2.8.9.tar
gromacs-4.6.5.tar.gz
说明：
红色字是输入内容
1. 在用户的家目录下建立一个工作目录 gromacs，将 4 个软件包拷贝到该目录下；
2. 在 /opt 目录下建立 fftw、openmpi、gromacs-4.6.5-cpu 和 gromacs-4.6.5-gpu 目录，用于
安装相应文件；
3. 安装及配置openmpi
# cd
# cd gromacs
# tar xvf openmpi-1.6.5.tar.gz # cd openmpi-1.6.5
# ./configure --prefix=/opt/openmpi
由于 openmpi 要安装在 /opt/openmpi 下，所以 --prefix 指定了目录。 # sudo make
# sudo make install
这时候在 /opt/openmpi 目录下生成 bin、etc、include、lib 和 share
五个子目录。
4. 安装 fftw
# cd ..
# tar xvf fftw-3.3.tar.gz # cd fftw-3.3
#./configure --prefix=/opt/fftw --enable-float --enable-shared
由于 fftw 要安装在 /opt/fftw 下，所以 --prefix 指定了目录。 # sudo make
# sudo make install
这时候在 /opt/fftw 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目
录。
5. 设置环境变量
# vi ~/.bashrc
修改 PATH 内容，增加 cuda 和 openmpi 的 bin 目录；修改
LD_LIBRARY_PATH 内容，增加 cuda、openmpi 和 fftw 的 lib 目录。
具体到本机，.bashrc 增加如下内容：
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存退出。
关掉当前终端窗口，重新开启一个终端窗口。
6. 安装 cmake
# cd
# cd gromacs
# tar xvf cmake-2.8.9.tar.gz # cd cmake-2.8.9 # ./bootstrap # sudo make
# sudo make install
7. 安装 gromacs
# cd ..
# tar xvf gromacs-4.6.5.tar.gz # cd gromacs-4.6.5 编译 CPU 版本
建一个编译的工作目录 build-cpu，在其下操作，编译成功后，
/opt/gromacs-4.6.5-cpu 下生成相关目录。