GPU(CPU)版安装gromacs完整步骤(2)

# mkdir build-cpu # cd build-cpu

# sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-cpu # sudo make

# sudo make install

编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 目录下生成 bin、

include、lib 和 share 四个子目录。

编译 GPU 版本

建一个编译的工作目录 build-gpu，在其下操作，编译成功后，

/opt/gromacs-4.6.5-gpu 下生成相关目录。

# mkdir build-gpu # cd build-gpu

# sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include–DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-gpu

# sudo make

# sudo make install

编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目录。

说明：

可以将比较长的命令保存为脚本文件，然后 shell 调用执行。如我们可以建立

cpu.sh 和 gpu.sh，内容为：

cpu.sh的内容：

cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so \\ -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include \\

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-cpu

那么，编译 CPU 版本的工作简化为：

# mkdir build-cpu

# cd build-cpu # sudo sh cpu.sh # sudo make

# sudo make install

gpu.sh的内容：

cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so \\ -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include–DGMX_GPU=ON \\ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-gpu

那么，编译 GPU 版本的工作简化为：

# mkdir build-gpu # cd build-gpu # sudo sh gpu.sh # sudo make

# sudo make install