1.MEGA构建系统进化树的步骤
2.CLUSTALX进行序列比对 1.MEGA构建系统进化树的步骤
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。如图：
2. 打开MEGA软件，选择\- \Explorer/CLUSTAL\，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：
。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，
单击右键，选择delete即可，如图：
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4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：
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5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设
置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：
在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：
在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：
在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，
如图：
6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
CLUSTALX进行序列比对
1.将下载的序列放入一个Text文本文档中，序列按一定的格式， >pig
AGAGACGGCCGCATCTTCTTGTGCAGTGCCAGCCTCGTCCCGTAGACAAAATGGTGAAGGTCGGTGTGAACGGATTTGGCCGTATTGGGCGCCTGGTCACCAGGGCTGCCATTTGCAGTGGCAAAGTGGAGATTGTTGCCATCAA的格式复制过来，放在一个文本文档里。
新建文本文档.txt
注意：CLustal 1.83分析出了全序列比对，彩色比对区上门的*越多，表示这段序列越保守
2.在File--load sequence载入序列,如图所示
3.Alignment进行全序列比对
--4.点击align